More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4432 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4432  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 271 aa  543  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4406  IclR family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 258 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2380  IclR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 254 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102909  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2367  IclR family transcriptional regulator  44.31 
 
 		 253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.054523  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0667  regulatory protein IclR  40.98 
 
 		 252 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  31.3 
 
 		 265 aa  136  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 276 aa  133  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  29.51 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  30.28 
 
 		 261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  32.52 
 
 		 260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  32.52 
 
 		 260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 260 aa  125  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  29.8 
 
 		 256 aa  125  7e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  31.71 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  30.74 
 
 		 277 aa  122  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 254 aa  122  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  29.84 
 
 		 290 aa  122  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  31.02 
 
 		 259 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  29.39 
 
 		 257 aa  119  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  31.62 
 
 		 279 aa  119  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 269 aa  116  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  27.02 
 
 		 273 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 273 aa  115  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  26.8 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  28.63 
 
 		 263 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  32.11 
 
 		 265 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 272 aa  112  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 260 aa  112  6e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  28.8 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.23 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  28.23 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  28.63 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  28.63 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  28.23 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  28.23 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  28.23 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  28.23 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  28.63 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  28.63 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  28.63 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  28.81 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  31.25 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  28.23 
 
 		 263 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 284 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3009  transcriptional regulator, IclR family  32.26 
 
 		 248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.592723  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  30.49 
 
 		 260 aa  109  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  33.74 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 		 263 aa  108  8.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  33.74 
 
 		 262 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  31.98 
 
 		 256 aa  108  9.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  29.67 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  29.03 
 
 		 263 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  26.51 
 
 		 265 aa  106  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  30.38 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 263 aa  105  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  29.72 
 
 		 263 aa  105  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  29.72 
 
 		 263 aa  105  8e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0211  transcriptional regulator IclR  29.15 
 
 		 262 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3600  regulatory protein, IclR  33.2 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 262 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6634  IclR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0992864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  29.72 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0645  transcriptional regulator, IclR family  32.26 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  32.81 
 
 		 265 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  29.03 
 
 		 252 aa  102  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  27.02 
 
 		 263 aa  102  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  30.47 
 
 		 251 aa  102  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  27.35 
 
 		 252 aa  102  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1381  transcriptional regulator, IclR family  30.92 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0265697  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2380  IclR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.610686  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  32.08 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  29.03 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 269 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19700  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 		 272 aa  99.4  5e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.089385  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  30.61 
 
 		 276 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  31.28 
 
 		 287 aa  99.4  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5126  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 255 aa  99  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3711  transcriptional regulator, IclR family  34.03 
 
 		 257 aa  99  8e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.498866 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 265 aa  97.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 259 aa  97.8  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0223  Transcriptional regulator IclR  32.79 
 
 		 246 aa  97.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.093608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>