More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4406 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4406  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4432  IclR family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 271 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2380  IclR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 254 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102909  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2367  IclR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.054523  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0667  regulatory protein IclR  40.98 
 
 		 252 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  35.25 
 
 		 265 aa  156  4e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  37.25 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  31.97 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 276 aa  125  7e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  35 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  32.13 
 
 		 267 aa  121  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 267 aa  119  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  30.43 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  30.43 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  30.43 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  30.43 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  30.43 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  28.86 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3711  transcriptional regulator, IclR family  36.12 
 
 		 257 aa  119  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.498866 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 284 aa  118  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  30.24 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 280 aa  116  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  31.43 
 
 		 259 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  28.11 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  28.24 
 
 		 263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  32.16 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  32.89 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.46 
 
 		 263 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 263 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  31.43 
 
 		 257 aa  112  5e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  28.46 
 
 		 263 aa  112  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  28.46 
 
 		 263 aa  112  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  28.46 
 
 		 263 aa  112  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  28.46 
 
 		 263 aa  112  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  28.46 
 
 		 263 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 260 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  28.46 
 
 		 263 aa  111  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3169  transcriptional regulator, IclR family  30.8 
 
 		 278 aa  111  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669044  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0968  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1340  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  28.06 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1505  IclR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.18867  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  29.8 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0323  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0600  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614585  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1229  IclR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2490  IclR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1301  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  30.92 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  28.16 
 
 		 261 aa  109  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  30.92 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1101  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.250867 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 260 aa  108  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  30.74 
 
 		 265 aa  108  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  27.06 
 
 		 263 aa  108  7.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 254 aa  108  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3980  IclR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 310 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0269788 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1109  IclR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0131457  normal  0.23204 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0179  IclR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3654  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3307  IclR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 275 aa  107  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4713  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.171207 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0115  transcriptional regulator, IclR family  31.09 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.587027  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  32.54 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5587  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152901 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3988  IclR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245997  normal  0.0520052 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 260 aa  106  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  31.75 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7063  transcriptional regulator, IclR family  27.24 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 282 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4107  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.903735  normal  0.0536886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4572  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000944679 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  27.84 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5595  IclR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 285 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.328221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3662  IclR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 285 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.115277  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4705  IclR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 285 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0690054  normal  0.155835 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4237  IclR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  30.12 
 
 		 260 aa  105  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  27.16 
 
 		 265 aa  105  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  30.04 
 
 		 279 aa  105  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  27.45 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19700  transcriptional regulator, IclR family  33.74 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.089385  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  27.45 
 
 		 263 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  32.54 
 
 		 262 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3598  IclR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213229  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 262 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  32.54 
 
 		 262 aa  102  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>