More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4433 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  56.52 
 
 		 254 aa  303  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 260 aa  224  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  40.56 
 
 		 260 aa  189  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  39.52 
 
 		 258 aa  185  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1433  IclR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 252 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  37.5 
 
 		 254 aa  175  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  39.82 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  39.3 
 
 		 294 aa  173  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 266 aa  169  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 254 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 250 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0296  transcriptional regulator IclR-like protein  36.25 
 
 		 252 aa  169  4e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  39.22 
 
 		 275 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  38.08 
 
 		 267 aa  167  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 250 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  37.92 
 
 		 254 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 254 aa  165  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  39.67 
 
 		 278 aa  165  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  38.02 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  36.97 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 275 aa  159  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 273 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1512  IclR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.388908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 252 aa  152  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 299 aa  148  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  36.99 
 
 		 278 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 269 aa  138  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  35 
 
 		 260 aa  137  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  34.03 
 
 		 260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  31.98 
 
 		 280 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  32.65 
 
 		 265 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  32.34 
 
 		 257 aa  129  6e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 272 aa  127  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  33.19 
 
 		 252 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  28.28 
 
 		 246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  31.49 
 
 		 256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 261 aa  125  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  33.64 
 
 		 290 aa  125  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  32.81 
 
 		 263 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  39.02 
 
 		 267 aa  125  9e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  31.95 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  32.77 
 
 		 260 aa  123  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  32.77 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  31.93 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  31.08 
 
 		 275 aa  122  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  32.02 
 
 		 263 aa  122  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  34.84 
 
 		 264 aa  122  6e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  28.63 
 
 		 255 aa  122  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  31.6 
 
 		 254 aa  122  6e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 261 aa  122  8e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 262 aa  121  9e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 254 aa  121  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4383  IclR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0499083 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  31.22 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  32.88 
 
 		 252 aa  119  7e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 263 aa  119  7e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  30.83 
 
 		 263 aa  118  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 283 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3036  IclR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 277 aa  117  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 265 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 263 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 263 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  34.19 
 
 		 265 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  31.23 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3482  IclR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 263 aa  116  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  30.42 
 
 		 259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08220  transcriptional regulator, IclR family  34.03 
 
 		 257 aa  115  5e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  28.63 
 
 		 276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  32.02 
 
 		 252 aa  115  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.56 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  30.56 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  31.98 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  30.68 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  30.56 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  30.56 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  30.56 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  29.01 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  30.56 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  32.77 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  30.56 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>