263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1701 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1701  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
373 aa  737    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00120296 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1862  FAD dependent oxidoreductase  51.39 
 
 
363 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2012  FAD dependent oxidoreductase  51.99 
 
 
365 aa  343  2e-93  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1260  FAD dependent oxidoreductase  52.22 
 
 
363 aa  338  7e-92  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0182  D-proline dehydrogenase  54.83 
 
 
365 aa  333  3e-90  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1963  FAD dependent oxidoreductase  35.28 
 
 
365 aa  220  3e-56  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.416429  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1414  D-proline dehydrogenase  32.4 
 
 
368 aa  183  4.0000000000000006e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000836219  hitchhiker  0.0027626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.14 
 
 
432 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  23.51 
 
 
418 aa  70.5  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.42 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  25.42 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.42 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.42 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.42 
 
 
434 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.42 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  25.42 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.42 
 
 
432 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.42 
 
 
434 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  25.13 
 
 
415 aa  69.7  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  27.07 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0244  D-amino-acid dehydrogenase  26.21 
 
 
418 aa  68.6  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51607  normal  0.227624 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  23.6 
 
 
462 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.09 
 
 
429 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.36 
 
 
434 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.36 
 
 
434 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  27.27 
 
 
417 aa  66.2  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.12 
 
 
434 aa  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.35 
 
 
434 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  26.17 
 
 
382 aa  65.1  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.54 
 
 
434 aa  64.3  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.47 
 
 
432 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25 
 
 
429 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  25.55 
 
 
419 aa  63.2  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  25.06 
 
 
420 aa  62.8  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.97 
 
 
433 aa  62.4  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  25.43 
 
 
419 aa  61.6  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  26.21 
 
 
417 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.44 
 
 
416 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.12 
 
 
417 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.56 
 
 
416 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.77 
 
 
429 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  25.12 
 
 
410 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  24.15 
 
 
417 aa  60.5  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.2 
 
 
434 aa  60.1  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  24.18 
 
 
416 aa  60.5  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4473  D-amino-acid dehydrogenase  23.4 
 
 
417 aa  60.5  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  23.4 
 
 
419 aa  60.1  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  25.78 
 
 
416 aa  59.7  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  24 
 
 
411 aa  59.7  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.53 
 
 
425 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  24.46 
 
 
415 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  23.65 
 
 
440 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  22.78 
 
 
418 aa  58.9  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.11 
 
 
432 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.11 
 
 
432 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  26.92 
 
 
420 aa  58.5  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  25.12 
 
 
418 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  23.02 
 
 
427 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  27.49 
 
 
417 aa  58.9  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.11 
 
 
432 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.88 
 
 
421 aa  58.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26 
 
 
432 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1152  glycine oxidase ThiO  27.87 
 
 
360 aa  58.2  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  25.25 
 
 
416 aa  58.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.11 
 
 
432 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.11 
 
 
432 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25 
 
 
417 aa  58.2  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26 
 
 
432 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  24.82 
 
 
419 aa  57.4  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  22.89 
 
 
427 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26 
 
 
432 aa  57.4  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  30.86 
 
 
439 aa  56.6  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  25.06 
 
 
420 aa  56.6  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  23.49 
 
 
420 aa  56.6  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  24.4 
 
 
416 aa  56.2  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  26.83 
 
 
440 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.93 
 
 
428 aa  56.2  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.46 
 
 
434 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1426  FAD dependent oxidoreductase  26.19 
 
 
374 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0313349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2748  FAD dependent oxidoreductase  25.41 
 
 
384 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0267692  normal  0.0112002 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  27.88 
 
 
411 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0592  putative amino acid dehydrogenase  25.3 
 
 
416 aa  55.8  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2192  FAD dependent oxidoreductase  25.06 
 
 
375 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.46 
 
 
434 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2742  DadA family oxidoreductase  25.59 
 
 
371 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00153462  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2489  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  24.87 
 
 
371 aa  54.7  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000926626  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  26.29 
 
 
416 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  26.08 
 
 
421 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  25.91 
 
 
410 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.88 
 
 
419 aa  55.1  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3891  FAD dependent oxidoreductase  24.39 
 
 
410 aa  55.5  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  25 
 
 
418 aa  55.1  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1340  glycine oxidase ThiO  29.44 
 
 
375 aa  54.3  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.55181  hitchhiker  0.0035061 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2430  FAD dependent oxidoreductase  25.13 
 
 
371 aa  54.3  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0834847  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  24.82 
 
 
415 aa  53.9  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  23.1 
 
 
417 aa  54.3  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  25 
 
 
411 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.55 
 
 
418 aa  54.3  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.58 
 
 
434 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2732  oxidoreductase, DadA family  25.07 
 
 
371 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>