More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0182 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0182  D-proline dehydrogenase  100 
 
 
365 aa  720    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1862  FAD dependent oxidoreductase  78.24 
 
 
363 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2012  FAD dependent oxidoreductase  78.63 
 
 
365 aa  551  1e-156  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1260  FAD dependent oxidoreductase  77.69 
 
 
363 aa  541  1e-153  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1701  FAD dependent oxidoreductase  55.11 
 
 
373 aa  378  1e-104  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00120296 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1963  FAD dependent oxidoreductase  38.62 
 
 
365 aa  249  6e-65  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.416429  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1414  D-proline dehydrogenase  35.92 
 
 
368 aa  206  3e-52  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000836219  hitchhiker  0.0027626 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 
415 aa  90.5  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  27.71 
 
 
440 aa  83.6  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  24.32 
 
 
462 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  26.68 
 
 
416 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  26.49 
 
 
419 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  26.57 
 
 
428 aa  78.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  29.46 
 
 
415 aa  77  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  27.32 
 
 
421 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.54 
 
 
432 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.39 
 
 
432 aa  75.9  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.08 
 
 
434 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.08 
 
 
434 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.08 
 
 
434 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  27.3 
 
 
415 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  27.3 
 
 
415 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  27.3 
 
 
415 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  27.3 
 
 
415 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  27.3 
 
 
415 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  27.3 
 
 
415 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.12 
 
 
433 aa  73.6  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.91 
 
 
434 aa  73.6  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4473  D-amino-acid dehydrogenase  26.46 
 
 
417 aa  73.2  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  27.32 
 
 
415 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  22.74 
 
 
418 aa  72.8  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  27 
 
 
423 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  27.11 
 
 
416 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  25.06 
 
 
419 aa  71.6  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  25.12 
 
 
444 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.53 
 
 
428 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  24.09 
 
 
417 aa  70.9  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  25.06 
 
 
418 aa  70.1  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.65 
 
 
429 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.92 
 
 
445 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.34 
 
 
432 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.89 
 
 
421 aa  67.8  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0244  D-amino-acid dehydrogenase  25.81 
 
 
418 aa  67.4  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51607  normal  0.227624 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.16 
 
 
434 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  24.56 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  27.49 
 
 
414 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.34 
 
 
432 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6239  FAD dependent oxidoreductase  26.71 
 
 
414 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.36 
 
 
434 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  25 
 
 
413 aa  67  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.36 
 
 
434 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  24.81 
 
 
427 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  26.73 
 
 
436 aa  67  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.55 
 
 
432 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  26.49 
 
 
436 aa  66.6  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6408  FAD dependent oxidoreductase  26.71 
 
 
414 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6641  FAD dependent oxidoreductase  26.71 
 
 
414 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  26.65 
 
 
424 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 
428 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.15 
 
 
434 aa  66.2  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 
428 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25 
 
 
416 aa  65.5  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1346  D-amino acid oxidase  22.59 
 
 
415 aa  65.5  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0584052  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.46 
 
 
416 aa  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1018  FAD dependent oxidoreductase  23.7 
 
 
415 aa  65.5  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0864419  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.16 
 
 
416 aa  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.24 
 
 
432 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  23.24 
 
 
432 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 
428 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.12 
 
 
434 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.24 
 
 
432 aa  64.7  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 
428 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  23.24 
 
 
432 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.24 
 
 
432 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  28.29 
 
 
414 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.21 
 
 
432 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  24.31 
 
 
427 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 
428 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.12 
 
 
425 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 
428 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.18 
 
 
428 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1324  FAD dependent oxidoreductase  23.5 
 
 
375 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.24 
 
 
432 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.24 
 
 
432 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2489  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.58 
 
 
371 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000926626  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.18 
 
 
429 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.24 
 
 
434 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
433 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  28.72 
 
 
405 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  24.01 
 
 
417 aa  64.7  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.24 
 
 
434 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  26.62 
 
 
416 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  32.16 
 
 
434 aa  63.9  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.82 
 
 
416 aa  63.9  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.06 
 
 
433 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  23.81 
 
 
439 aa  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.96 
 
 
428 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  24.77 
 
 
441 aa  63.2  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.46 
 
 
428 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.25 
 
 
428 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>