More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4708 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
416 aa  836    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  69.86 
 
 
415 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  69.86 
 
 
415 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  69.86 
 
 
415 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  69.86 
 
 
415 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  69.86 
 
 
415 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  69.86 
 
 
415 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  69.62 
 
 
415 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  69.21 
 
 
445 aa  530  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4441  D-amino acid dehydrogenase 2 small subunit  60.79 
 
 
417 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136724  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3716  D-amino-acid dehydrogenase  51.13 
 
 
429 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276162 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0700  D-amino acid dehydrogenase small subunit  48.22 
 
 
425 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  48.14 
 
 
415 aa  364  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  46.84 
 
 
413 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  46.44 
 
 
416 aa  354  1e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  48.28 
 
 
416 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  49.26 
 
 
416 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2589  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.41 
 
 
426 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1999  D-amino-acid dehydrogenase  47.28 
 
 
403 aa  320  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.83 
 
 
416 aa  313  4.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2074  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.24 
 
 
422 aa  312  6.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00739126  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  47.15 
 
 
406 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.9 
 
 
421 aa  310  2.9999999999999997e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1385  D-amino-acid dehydrogenase  41.65 
 
 
401 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.71736  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2467  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.72 
 
 
422 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.38 
 
 
416 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.42 
 
 
421 aa  300  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  40.54 
 
 
417 aa  301  2e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.87 
 
 
433 aa  300  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  41.77 
 
 
419 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.47 
 
 
418 aa  297  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.4 
 
 
418 aa  297  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  38.98 
 
 
417 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  40.76 
 
 
443 aa  295  8e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.57 
 
 
416 aa  295  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0069  D-amino-acid dehydrogenase  45.23 
 
 
411 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3877  D-amino-acid dehydrogenase  44.47 
 
 
398 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1936  D-amino-acid dehydrogenase  45.8 
 
 
429 aa  293  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0466359 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  40.91 
 
 
419 aa  293  4e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.38 
 
 
416 aa  293  5e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  40.81 
 
 
436 aa  292  6e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4738  D-amino-acid dehydrogenase  46.53 
 
 
408 aa  292  7e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1556  D-amino-acid dehydrogenase  43.7 
 
 
397 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.33 
 
 
416 aa  291  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  40.63 
 
 
421 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.57 
 
 
418 aa  290  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  40.33 
 
 
436 aa  290  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.42 
 
 
416 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  39.56 
 
 
434 aa  289  6e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3638  D-amino-acid dehydrogenase  44.36 
 
 
397 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.764265  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4311  D-amino-acid dehydrogenase  43.19 
 
 
397 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.102581  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  39.32 
 
 
417 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.59 
 
 
436 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  41.59 
 
 
436 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  39.47 
 
 
433 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  38.24 
 
 
439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.05 
 
 
441 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2262  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.14 
 
 
425 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.66021  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.46 
 
 
434 aa  282  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.46 
 
 
434 aa  283  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.46 
 
 
434 aa  283  6.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.86 
 
 
416 aa  282  9e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.84 
 
 
419 aa  280  3e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  39.06 
 
 
428 aa  280  3e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 
432 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 
432 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 
432 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 
432 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  41.81 
 
 
422 aa  278  9e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.65 
 
 
432 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.19 
 
 
428 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  38.73 
 
 
435 aa  278  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.95 
 
 
416 aa  276  3e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  40.05 
 
 
432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.23 
 
 
428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.95 
 
 
428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.47 
 
 
428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.47 
 
 
428 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.21 
 
 
429 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.58 
 
 
432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  36.58 
 
 
432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.97 
 
 
429 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  36.58 
 
 
432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  38.23 
 
 
448 aa  274  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.58 
 
 
434 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.58 
 
 
432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.58 
 
 
432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.02 
 
 
417 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.58 
 
 
432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.26 
 
 
417 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.83 
 
 
428 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.58 
 
 
434 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.52 
 
 
432 aa  273  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.58 
 
 
432 aa  273  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  33.66 
 
 
419 aa  274  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 
428 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 
428 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 
428 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.71 
 
 
428 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  37.02 
 
 
418 aa  273  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>