More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_2012 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_2012  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
365 aa  734    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1862  FAD dependent oxidoreductase  77.13 
 
 
363 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1260  FAD dependent oxidoreductase  76.58 
 
 
363 aa  545  1e-154  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0182  D-proline dehydrogenase  78.63 
 
 
365 aa  510  1e-143  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1701  FAD dependent oxidoreductase  52.27 
 
 
373 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00120296 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1963  FAD dependent oxidoreductase  36.68 
 
 
365 aa  231  1e-59  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.416429  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1414  D-proline dehydrogenase  33.62 
 
 
368 aa  194  2e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000836219  hitchhiker  0.0027626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  28.19 
 
 
419 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  27.1 
 
 
440 aa  85.1  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  27.39 
 
 
415 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  25.99 
 
 
416 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  26.3 
 
 
416 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  25.56 
 
 
413 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.42 
 
 
434 aa  77.4  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.37 
 
 
434 aa  77.4  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.37 
 
 
434 aa  77.4  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.37 
 
 
434 aa  77.4  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.23 
 
 
417 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  24.82 
 
 
428 aa  77  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27 
 
 
428 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.63 
 
 
432 aa  75.5  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0244  D-amino-acid dehydrogenase  26.68 
 
 
418 aa  75.5  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51607  normal  0.227624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.41 
 
 
433 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.53 
 
 
432 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  25.53 
 
 
432 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  25.53 
 
 
432 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.53 
 
 
432 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.53 
 
 
432 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.53 
 
 
434 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.53 
 
 
434 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.53 
 
 
432 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26 
 
 
417 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.3 
 
 
432 aa  74.3  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.32 
 
 
432 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.32 
 
 
432 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.32 
 
 
432 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.32 
 
 
432 aa  73.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.32 
 
 
432 aa  73.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  24.02 
 
 
462 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  25.24 
 
 
444 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.95 
 
 
429 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  23.97 
 
 
417 aa  72  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  25.23 
 
 
421 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.17 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.17 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.17 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.17 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.17 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.17 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.17 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  23.23 
 
 
413 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1346  D-amino acid oxidase  22.72 
 
 
415 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0584052  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.3 
 
 
434 aa  69.3  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.62 
 
 
434 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1018  FAD dependent oxidoreductase  23.26 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0864419  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  26.59 
 
 
424 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5615  D-amino-acid dehydrogenase  25.52 
 
 
417 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.133637  normal  0.925695 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  26.55 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  24.08 
 
 
423 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.14 
 
 
416 aa  67.4  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.83 
 
 
416 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  25.65 
 
 
444 aa  66.2  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  26.51 
 
 
416 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  22.85 
 
 
418 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5323  D-amino-acid dehydrogenase  25.52 
 
 
417 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.161486 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5235  D-amino-acid dehydrogenase  25.52 
 
 
417 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288943  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.4 
 
 
429 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.31 
 
 
415 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.31 
 
 
415 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.31 
 
 
415 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  24.58 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  25.31 
 
 
415 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.14 
 
 
428 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  26.42 
 
 
415 aa  65.1  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  25.31 
 
 
415 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.31 
 
 
415 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2489  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.78 
 
 
371 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000926626  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.94 
 
 
416 aa  64.7  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  23.96 
 
 
411 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.21 
 
 
428 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.21 
 
 
428 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  24.12 
 
 
446 aa  63.5  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.17 
 
 
429 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.78 
 
 
441 aa  63.5  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  24.12 
 
 
454 aa  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2529  DadA family oxidoreductase  25.78 
 
 
371 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2715  DadA family oxidoreductase  25.78 
 
 
371 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  33.53 
 
 
458 aa  63.2  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2728  oxidoreductase, DadA family  25.78 
 
 
371 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000981681 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  24.69 
 
 
415 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.11 
 
 
428 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.21 
 
 
428 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  25.8 
 
 
421 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  24.02 
 
 
411 aa  62  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.6 
 
 
428 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  23.56 
 
 
435 aa  62.4  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  26.05 
 
 
414 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  32.51 
 
 
421 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  24.76 
 
 
421 aa  62.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.21 
 
 
432 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>