More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5290 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 413 aa  838    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5823  putative oxidoreductase  72.64 
 
 		 416 aa  617  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67150  putative oxidoreductase  71.19 
 
 		 416 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3877  D-amino-acid dehydrogenase  66.75 
 
 		 398 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3638  D-amino-acid dehydrogenase  67.76 
 
 		 397 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.764265  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4311  D-amino-acid dehydrogenase  65.91 
 
 		 397 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.102581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1556  D-amino-acid dehydrogenase  65.66 
 
 		 397 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  46.84 
 
 		 416 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4441  D-amino acid dehydrogenase 2 small subunit  48.88 
 
 		 417 aa  352  5.9999999999999994e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.136724  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0700  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.63 
 
 		 425 aa  338  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2074  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.88 
 
 		 422 aa  329  6e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00739126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  46.62 
 
 		 415 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.62 
 
 		 415 aa  323  4e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.62 
 
 		 415 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.62 
 
 		 415 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  46.62 
 
 		 415 aa  322  7e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.62 
 
 		 415 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  46.62 
 
 		 415 aa  322  7e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3716  D-amino-acid dehydrogenase  42.64 
 
 		 429 aa  318  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276162 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  43.36 
 
 		 415 aa  315  9e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2589  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.5 
 
 		 426 aa  315  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2467  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.69 
 
 		 422 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  46.25 
 
 		 445 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.18 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  42.75 
 
 		 416 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1999  D-amino-acid dehydrogenase  45.27 
 
 		 403 aa  291  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.18 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2262  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.35 
 
 		 425 aa  290  4e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.66021  normal  0.350308 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  39.23 
 
 		 418 aa  288  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.63 
 
 		 416 aa  287  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  39.51 
 
 		 421 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.47 
 
 		 432 aa  286  7e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.74 
 
 		 433 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.74 
 
 		 434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  38.98 
 
 		 433 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.17 
 
 		 418 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.74 
 
 		 434 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0528  D-amino-acid dehydrogenase  39.81 
 
 		 443 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0091768  hitchhiker  0.00000110387 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.65 
 
 		 417 aa  283  5.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.5 
 
 		 434 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3886  D-amino-acid dehydrogenase  39.43 
 
 		 436 aa  280  4e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.63 
 
 		 434 aa  280  5e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.63 
 
 		 434 aa  280  5e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  37.62 
 
 		 434 aa  279  7e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 416 aa  278  9e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.26 
 
 		 433 aa  278  9e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3159  D-amino-acid dehydrogenase  39.43 
 
 		 436 aa  278  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.59 
 
 		 416 aa  278  1e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 		 432 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 		 432 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.18 
 
 		 432 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.78 
 
 		 419 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.18 
 
 		 432 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.18 
 
 		 432 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.1 
 
 		 434 aa  276  5e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 		 432 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  38.42 
 
 		 432 aa  276  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  38.42 
 
 		 432 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.29 
 
 		 434 aa  276  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 		 432 aa  276  6e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 		 432 aa  276  6e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.42 
 
 		 432 aa  276  6e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.41 
 
 		 421 aa  275  7e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.86 
 
 		 417 aa  276  7e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.32 
 
 		 432 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.75 
 
 		 418 aa  275  8e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.52 
 
 		 432 aa  275  8e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.18 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0069  D-amino-acid dehydrogenase  43.67 
 
 		 411 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  40.62 
 
 		 421 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.98 
 
 		 416 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.1 
 
 		 416 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.26 
 
 		 432 aa  274  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  40.96 
 
 		 419 aa  273  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  40.2 
 
 		 421 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  39.5 
 
 		 419 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.73 
 
 		 421 aa  273  6e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.5 
 
 		 434 aa  273  6e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1545  D-amino-acid dehydrogenase  43.53 
 
 		 406 aa  272  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2380  D-amino-acid dehydrogenase  36.32 
 
 		 428 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.68 
 
 		 434 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.68 
 
 		 434 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.68 
 
 		 434 aa  271  1e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.45 
 
 		 416 aa  271  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.86 
 
 		 433 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.7 
 
 		 439 aa  271  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.46 
 
 		 433 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.35 
 
 		 428 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0751  D-amino-acid dehydrogenase  36.73 
 
 		 433 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.32 
 
 		 432 aa  268  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.84 
 
 		 416 aa  267  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.5 
 
 		 434 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.45 
 
 		 429 aa  266  7e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.8 
 
 		 425 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.68 
 
 		 428 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2864  D-amino-acid dehydrogenase  36.69 
 
 		 417 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.30815  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.94 
 
 		 416 aa  265  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  36.52 
 
 		 439 aa  264  2e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.21 
 
 		 429 aa  264  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.44 
 
 		 428 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>