224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1867 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1867  hypothetical protein  100 
 
 		 251 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3848  hypothetical protein  99.2 
 
 		 261 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0392798  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1442  hypothetical protein  95.62 
 
 		 251 aa  490  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280635 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1476  hypothetical protein  92.83 
 
 		 262 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3989  hypothetical protein  84.86 
 
 		 251 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3621  hypothetical protein  82.61 
 
 		 253 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1773  hypothetical protein  81.82 
 
 		 253 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.738032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15340  hypothetical protein  79.84 
 
 		 249 aa  407  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2143  spermidine synthase-like protein  77.55 
 
 		 259 aa  394  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.122833  normal  0.469239 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27350  hypothetical protein  66.12 
 
 		 249 aa  334  9e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2313  hypothetical protein  66.12 
 
 		 249 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0960  spermidine synthase  34.02 
 
 		 247 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3513  spermine synthase  33.61 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0803  spermine synthase  33.2 
 
 		 247 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.449448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3220  spermine synthase  33.2 
 
 		 247 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3323  spermine synthase  33.2 
 
 		 247 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0898  spermine synthase  33.61 
 
 		 247 aa  122  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3442  Spermine synthase  33.2 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3636  spermine synthase  33.2 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0851  spermine synthase  33.2 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2859  ATP-binding protein  28.88 
 
 		 253 aa  102  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.409407  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2501  hypothetical protein  27.78 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3042  putative spermidine synthase  34.3 
 
 		 247 aa  98.2  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.784993  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0615  putative spermidine synthase  32.49 
 
 		 248 aa  93.2  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2160  spermine synthase  29.06 
 
 		 242 aa  89.4  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.55651  normal  0.223021 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2906  putative spermidine synthase  32.73 
 
 		 253 aa  88.2  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0745  spermine synthase  30.13 
 
 		 247 aa  86.3  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2384  spermidine synthase-like protein  32.38 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0521  putative spermidine synthase  33.73 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0502  hypothetical protein  32.75 
 
 		 258 aa  82  0.000000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1235  spermidine synthase  26.39 
 
 		 267 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.265162 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0836  hypothetical protein  29.68 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0173978 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2111  spermidine synthase  31.33 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0828  spermine synthase  29.54 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.547147 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2497  hypothetical protein  28.29 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00914951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6267  spermidine synthase-like protein  31.02 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.526143 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1034  hypothetical protein  32.51 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0225297  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0925  hypothetical protein  29.08 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.759797  normal  0.577908 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6553  spermidine synthase-like protein  31.02 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05370  hypothetical protein  28.79 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0114  transferase  30.36 
 
 		 276 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7063  spermidine synthase-like protein  30.48 
 
 		 282 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.239263  normal  0.226573 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1537  spermine/spermidine synthase family protein  30.36 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.11208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1622  spermine/spermidine synthase family protein  30.36 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2336  hypothetical protein  27.8 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6163  spermidine synthase-like protein  29.41 
 
 		 239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.523417  normal  0.0514114 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0912  spermidine synthase-like  31.65 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0927  spermine synthase  29.49 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  30.56 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0330  putative spermidine synthase  27.23 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1274  spermidine synthase-like protein  29.41 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0248  spermine synthase  23.33 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.190806  normal  0.0246863 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6557  spermidine synthase-like protein  29.41 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4588  spermidine synthase-like protein  30.5 
 
 		 283 aa  72  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.213578  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0995  hypothetical protein  29.08 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.83417 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  25.98 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0169  spermidine synthase-like protein  29.56 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.387989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1257  transferase  30.35 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0180  putative acyl transferase  28.16 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.728763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1722  spermidine synthase-like protein  32.05 
 
 		 289 aa  70.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0860  hypothetical protein  28.69 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.790744  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1170  hypothetical protein  29.07 
 
 		 398 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0914561  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1321  hypothetical protein  29.07 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.959568  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5272  spermidine synthase-like protein  31.17 
 
 		 281 aa  70.1  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3670  spermidine synthase-like protein  28.94 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0292  hypothetical protein  28.95 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431564  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1009  hypothetical protein  28.95 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.943878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0856  hypothetical protein  28.95 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1162  hypothetical protein  29.07 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2633  spermidine synthase-like  27.36 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0667731  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2378  spermidine synthase-like protein  27.69 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2258  spermidine synthase-like protein  27.69 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151852  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1944  hypothetical protein  28.95 
 
 		 387 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.227944  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0938  spermidine synthase-like protein  28.51 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0771675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2109  hypothetical protein  31.74 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1727  spermidine synthase-like  29.41 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.435957  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2362  spermidine synthase-like protein  29.41 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2339  spermidine synthase-like protein  29.41 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0958  hypothetical protein  28.96 
 
 		 364 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0764125  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4961  Spermine synthase  29.21 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.787243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0791  spermine synthase  32.05 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0618517 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0913  spermidine synthase-like  32.1 
 
 		 253 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0958  hypothetical protein  27.92 
 
 		 270 aa  67.4  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117269  hitchhiker  0.00182599 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5682  spermidine synthase-like  29.21 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.385407  normal  0.952882 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0334  putative spermidine synthase  32.9 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.737223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4663  putative spermidine synthase  29.26 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.616274 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1819  putative transferase  28.48 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  28.76 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2160  hypothetical protein  28.48 
 
 		 235 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  25.98 
 
 		 558 aa  65.1  0.0000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5699  putative spermidine synthase protein  28.43 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3323  hypothetical protein  26.23 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810152  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0102  spermidine synthase  30.57 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3215  hypothetical protein  27.47 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3883  hypothetical protein  28.57 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.469357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1248  hypothetical protein  28.09 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3240  hypothetical protein  30.24 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1223  hypothetical protein  26.23 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2020  Spermine synthase  29.38 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2046  Spermine synthase  29.38 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.839676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>