153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0860 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0860  hypothetical protein  100 
 
 		 291 aa  599  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.790744  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0925  hypothetical protein  95.53 
 
 		 291 aa  570  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.759797  normal  0.577908 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0995  hypothetical protein  89.35 
 
 		 295 aa  544  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.83417 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2336  hypothetical protein  76.29 
 
 		 315 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2497  hypothetical protein  74.33 
 
 		 310 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00914951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1321  hypothetical protein  58.33 
 
 		 387 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.959568  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1170  hypothetical protein  58.33 
 
 		 398 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0914561  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1944  hypothetical protein  58.33 
 
 		 387 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.227944  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1162  hypothetical protein  58.33 
 
 		 309 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1009  hypothetical protein  58.33 
 
 		 309 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.943878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0856  hypothetical protein  58.33 
 
 		 309 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0292  hypothetical protein  58.33 
 
 		 309 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431564  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0958  hypothetical protein  58.71 
 
 		 364 aa  334  9e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0764125  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2109  hypothetical protein  57.81 
 
 		 305 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1223  hypothetical protein  59.29 
 
 		 310 aa  332  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0938  spermidine synthase-like protein  58.17 
 
 		 305 aa  328  6e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0771675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5682  spermidine synthase-like  57.19 
 
 		 305 aa  325  5e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.385407  normal  0.952882 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3323  hypothetical protein  61.57 
 
 		 310 aa  324  9e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810152  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_003296  RS05370  hypothetical protein  62.9 
 
 		 306 aa  323  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1727  spermidine synthase-like  56.86 
 
 		 305 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.435957  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2378  spermidine synthase-like protein  56.86 
 
 		 305 aa  322  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2339  spermidine synthase-like protein  56.86 
 
 		 305 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2362  spermidine synthase-like protein  56.86 
 
 		 305 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2258  spermidine synthase-like protein  56.86 
 
 		 305 aa  322  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0901  Spermine synthase  55.38 
 
 		 259 aa  295  7e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0941  hypothetical protein  55.38 
 
 		 251 aa  290  3e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.330674  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1248  hypothetical protein  46.96 
 
 		 260 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3059  spermidine synthase-like protein  50 
 
 		 365 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.110993  normal  0.360599 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3240  hypothetical protein  47.86 
 
 		 255 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2311  spermidine synthase-like protein  47.24 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3215  hypothetical protein  45.78 
 
 		 273 aa  209  6e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1067  hypothetical protein  45.68 
 
 		 254 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.153628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4021  hypothetical protein  44.22 
 
 		 255 aa  202  7e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.687307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5396  hypothetical protein  45.73 
 
 		 274 aa  202  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734141 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3883  hypothetical protein  44.87 
 
 		 255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.469357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3414  hypothetical protein  43.21 
 
 		 253 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.730904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2748  hypothetical protein  43.21 
 
 		 259 aa  191  9e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.690701  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2285  putative spermidine synthase  43.78 
 
 		 256 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.330392  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0836  hypothetical protein  43.28 
 
 		 258 aa  182  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0173978 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1235  spermidine synthase  33.47 
 
 		 267 aa  149  8e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.265162 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0102  spermidine synthase  34.31 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2111  spermidine synthase  36.86 
 
 		 255 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1722  spermidine synthase-like protein  35.16 
 
 		 289 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0913  spermidine synthase-like  38.31 
 
 		 253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2633  spermidine synthase-like  35 
 
 		 255 aa  119  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0667731  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0330  putative spermidine synthase  34.09 
 
 		 277 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0334  putative spermidine synthase  35.51 
 
 		 257 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.737223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6267  spermidine synthase-like protein  37.06 
 
 		 278 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.526143 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6553  spermidine synthase-like protein  37.06 
 
 		 278 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0321  putative transferase  31.56 
 
 		 264 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.206732  normal  0.105369 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0150  hypothetical protein  31.56 
 
 		 264 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.825231  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5272  spermidine synthase-like protein  34.62 
 
 		 281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0912  spermidine synthase-like  32.38 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3670  spermidine synthase-like protein  32.72 
 
 		 261 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0114  transferase  34.33 
 
 		 276 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1537  spermine/spermidine synthase family protein  34.33 
 
 		 269 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.11208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1622  spermine/spermidine synthase family protein  33.91 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7063  spermidine synthase-like protein  33.78 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.239263  normal  0.226573 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0180  putative acyl transferase  30.25 
 
 		 275 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.728763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1274  spermidine synthase-like protein  33.94 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6557  spermidine synthase-like protein  33.94 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1257  transferase  34.15 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4663  putative spermidine synthase  30.4 
 
 		 271 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.616274 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6163  spermidine synthase-like protein  34.55 
 
 		 239 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.523417  normal  0.0514114 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2501  hypothetical protein  26.91 
 
 		 252 aa  95.5  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2859  ATP-binding protein  27.05 
 
 		 253 aa  92.8  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.409407  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0336  putative spermidine synthase  30.93 
 
 		 274 aa  90.5  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2160  hypothetical protein  29.9 
 
 		 235 aa  88.6  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1819  putative transferase  29.9 
 
 		 235 aa  88.6  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1034  hypothetical protein  31.88 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0225297  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5699  putative spermidine synthase protein  29.86 
 
 		 278 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27350  hypothetical protein  29.1 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2313  hypothetical protein  29.1 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3323  spermine synthase  29.89 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0803  spermine synthase  29.35 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.449448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3220  spermine synthase  29.35 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0960  spermidine synthase  29.95 
 
 		 247 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0958  hypothetical protein  29.41 
 
 		 270 aa  73.6  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117269  hitchhiker  0.00182599 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0521  putative spermidine synthase  31.06 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0615  putative spermidine synthase  31.87 
 
 		 248 aa  72  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1867  hypothetical protein  28.69 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3621  hypothetical protein  28.57 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0898  spermine synthase  27.72 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3848  hypothetical protein  28.69 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0392798  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1476  hypothetical protein  28.1 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3042  putative spermidine synthase  31.06 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.784993  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3636  spermine synthase  27.17 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3442  Spermine synthase  27.17 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3513  spermine synthase  27.17 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0851  spermine synthase  27.17 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1442  hypothetical protein  28.69 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280635 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0248  spermine synthase  22.77 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.190806  normal  0.0246863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2143  spermidine synthase-like protein  28.46 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.122833  normal  0.469239 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1773  hypothetical protein  27.44 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.738032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15340  hypothetical protein  26.79 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3989  hypothetical protein  26.12 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0745  spermine synthase  26.81 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2160  spermine synthase  29.78 
 
 		 242 aa  58.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.55651  normal  0.223021 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2906  putative spermidine synthase  30.97 
 
 		 253 aa  58.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  26.52 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>