177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0960 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0960  spermidine synthase  100 
 
 		 247 aa  512  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0803  spermine synthase  90.24 
 
 		 247 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.449448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3220  spermine synthase  90.24 
 
 		 247 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3323  spermine synthase  89.84 
 
 		 247 aa  463  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3442  Spermine synthase  84.55 
 
 		 261 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3636  spermine synthase  84.55 
 
 		 261 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3513  spermine synthase  83.74 
 
 		 247 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0851  spermine synthase  84.15 
 
 		 247 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0898  spermine synthase  84.15 
 
 		 247 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0745  spermine synthase  65.99 
 
 		 247 aa  330  1e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3042  putative spermidine synthase  60.73 
 
 		 247 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.784993  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0521  putative spermidine synthase  61.38 
 
 		 247 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0615  putative spermidine synthase  56.91 
 
 		 248 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0927  spermine synthase  60.98 
 
 		 247 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0828  spermine synthase  62.75 
 
 		 247 aa  298  6e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.547147 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0791  spermine synthase  60.32 
 
 		 247 aa  289  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0618517 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2160  spermine synthase  44.17 
 
 		 242 aa  202  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.55651  normal  0.223021 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15340  hypothetical protein  36.48 
 
 		 249 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1476  hypothetical protein  35.51 
 
 		 262 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251712  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1773  hypothetical protein  34.75 
 
 		 253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.738032  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3848  hypothetical protein  35.1 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0392798  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3989  hypothetical protein  34.29 
 
 		 251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2906  putative spermidine synthase  33.04 
 
 		 253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1867  hypothetical protein  34.02 
 
 		 251 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3621  hypothetical protein  34.47 
 
 		 253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2143  spermidine synthase-like protein  33.33 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.122833  normal  0.469239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1442  hypothetical protein  32.79 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280635 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27350  hypothetical protein  31.73 
 
 		 249 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2313  hypothetical protein  32.79 
 
 		 249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2384  spermidine synthase-like protein  34.5 
 
 		 262 aa  112  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2501  hypothetical protein  30.25 
 
 		 252 aa  101  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2859  ATP-binding protein  32.05 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.409407  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1722  spermidine synthase-like protein  30.93 
 
 		 289 aa  89.7  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3670  spermidine synthase-like protein  30.18 
 
 		 261 aa  86.7  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3883  hypothetical protein  29.36 
 
 		 255 aa  85.9  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.469357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3240  hypothetical protein  28.94 
 
 		 255 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1235  spermidine synthase  27.01 
 
 		 267 aa  84  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.265162 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2111  spermidine synthase  31.36 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0102  spermidine synthase  27.57 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1248  hypothetical protein  29.41 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0995  hypothetical protein  29.26 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.83417 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0860  hypothetical protein  29.95 
 
 		 291 aa  78.6  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.790744  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0248  spermine synthase  24.87 
 
 		 308 aa  78.6  0.00000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.190806  normal  0.0246863 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0321  putative transferase  30.28 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.206732  normal  0.105369 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0150  hypothetical protein  30.28 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.825231  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1067  hypothetical protein  29.17 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.153628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0334  putative spermidine synthase  29.09 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.737223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1034  hypothetical protein  31.69 
 
 		 268 aa  76.3  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0225297  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0925  hypothetical protein  29.89 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.759797  normal  0.577908 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0912  spermidine synthase-like  30.91 
 
 		 259 aa  75.5  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3215  hypothetical protein  27.84 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5396  hypothetical protein  27.39 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734141 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2748  hypothetical protein  27.92 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.690701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3414  hypothetical protein  27.92 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.730904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0330  putative spermidine synthase  26.92 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0941  hypothetical protein  32.74 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.330674  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5272  spermidine synthase-like protein  28.86 
 
 		 281 aa  69.3  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0913  spermidine synthase-like  26.19 
 
 		 253 aa  69.3  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2497  hypothetical protein  30.99 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00914951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2336  hypothetical protein  29.82 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0180  putative acyl transferase  29.63 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.728763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2109  hypothetical protein  30.95 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  27.22 
 
 		 311 aa  67  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1537  spermine/spermidine synthase family protein  23.98 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.11208  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1819  putative transferase  29.32 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2160  hypothetical protein  29.32 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0114  transferase  23.98 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3323  hypothetical protein  27.56 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810152  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1622  spermine/spermidine synthase family protein  23.98 
 
 		 284 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1009  hypothetical protein  26.81 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.943878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0856  hypothetical protein  26.81 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1162  hypothetical protein  26.81 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0292  hypothetical protein  26.81 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431564  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1223  hypothetical protein  29.76 
 
 		 310 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0901  Spermine synthase  30.22 
 
 		 259 aa  65.1  0.0000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1944  hypothetical protein  26.03 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.227944  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1257  transferase  24.77 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  24.89 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1274  spermidine synthase-like protein  30.81 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6557  spermidine synthase-like protein  30.81 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6163  spermidine synthase-like protein  31.29 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.523417  normal  0.0514114 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1321  hypothetical protein  26.03 
 
 		 387 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.959568  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1170  hypothetical protein  26.81 
 
 		 398 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0914561  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0958  hypothetical protein  26.03 
 
 		 364 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0764125  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  28 
 
 		 558 aa  63.2  0.000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5682  spermidine synthase-like  30.43 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.385407  normal  0.952882 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2633  spermidine synthase-like  25.12 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0667731  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0836  hypothetical protein  25.55 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0173978 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0336  putative spermidine synthase  25.22 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  28.12 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1727  spermidine synthase-like  29.76 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.435957  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2339  spermidine synthase-like protein  29.76 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2362  spermidine synthase-like protein  29.76 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4021  hypothetical protein  28.29 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.687307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6553  spermidine synthase-like protein  30.67 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05370  hypothetical protein  25.52 
 
 		 306 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0938  spermidine synthase-like protein  29.35 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0771675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6267  spermidine synthase-like protein  30.06 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.526143 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7063  spermidine synthase-like protein  29.45 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.239263  normal  0.226573 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2378  spermidine synthase-like protein  28.29 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>