159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0828 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0828  spermine synthase  100 
 
 		 247 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.547147 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0927  spermine synthase  80.89 
 
 		 247 aa  407  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0745  spermine synthase  72.47 
 
 		 247 aa  372  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0791  spermine synthase  73.68 
 
 		 247 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0618517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3323  spermine synthase  64.63 
 
 		 247 aa  334  5.999999999999999e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3636  spermine synthase  64.63 
 
 		 261 aa  334  7e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3442  Spermine synthase  64.63 
 
 		 261 aa  334  7e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0851  spermine synthase  64.63 
 
 		 247 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3513  spermine synthase  64.63 
 
 		 247 aa  332  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0898  spermine synthase  64.63 
 
 		 247 aa  331  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0803  spermine synthase  63.82 
 
 		 247 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.449448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3220  spermine synthase  63.82 
 
 		 247 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0960  spermidine synthase  62.75 
 
 		 247 aa  321  6e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3042  putative spermidine synthase  60.32 
 
 		 247 aa  317  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.784993  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0521  putative spermidine synthase  60.32 
 
 		 247 aa  310  1e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0615  putative spermidine synthase  51.63 
 
 		 248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2160  spermine synthase  44.96 
 
 		 242 aa  202  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.55651  normal  0.223021 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2906  putative spermidine synthase  35.89 
 
 		 253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2384  spermidine synthase-like protein  31.76 
 
 		 262 aa  113  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2501  hypothetical protein  31.6 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2859  ATP-binding protein  32.76 
 
 		 253 aa  97.8  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.409407  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15340  hypothetical protein  30.38 
 
 		 249 aa  97.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27350  hypothetical protein  31.9 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1442  hypothetical protein  29.54 
 
 		 251 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280635 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2313  hypothetical protein  30.47 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1867  hypothetical protein  29.54 
 
 		 251 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1476  hypothetical protein  29.96 
 
 		 262 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0330  putative spermidine synthase  30.17 
 
 		 277 aa  92.8  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3848  hypothetical protein  29.54 
 
 		 261 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0392798  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2143  spermidine synthase-like protein  30.17 
 
 		 259 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.122833  normal  0.469239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3989  hypothetical protein  27.85 
 
 		 251 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1722  spermidine synthase-like protein  31.07 
 
 		 289 aa  85.5  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1235  spermidine synthase  26.89 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.265162 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1537  spermine/spermidine synthase family protein  26.21 
 
 		 269 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.11208  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1034  hypothetical protein  31.51 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0225297  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0114  transferase  26.21 
 
 		 276 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0180  putative acyl transferase  33.75 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.728763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3621  hypothetical protein  27.31 
 
 		 253 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0248  spermine synthase  27.75 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.190806  normal  0.0246863 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1622  spermine/spermidine synthase family protein  26.21 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1773  hypothetical protein  26.69 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.738032  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0334  putative spermidine synthase  29.91 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.737223  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1668  hypothetical protein  30.32 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0321  putative transferase  31.75 
 
 		 264 aa  75.1  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.206732  normal  0.105369 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0150  hypothetical protein  31.75 
 
 		 264 aa  75.1  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.825231  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1674  hypothetical protein  30.85 
 
 		 241 aa  75.1  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2111  spermidine synthase  27.27 
 
 		 255 aa  72  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3670  spermidine synthase-like protein  27.36 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0912  spermidine synthase-like  26.19 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5396  hypothetical protein  26.52 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734141 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  27.68 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1067  hypothetical protein  26.52 
 
 		 254 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.153628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0913  spermidine synthase-like  28.83 
 
 		 253 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0336  putative spermidine synthase  31.06 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6553  spermidine synthase-like protein  30.95 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0941  hypothetical protein  27.47 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.330674  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6267  spermidine synthase-like protein  30.95 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.526143 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5699  putative spermidine synthase protein  31.68 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2748  hypothetical protein  27.23 
 
 		 259 aa  65.1  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.690701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3414  hypothetical protein  27.23 
 
 		 253 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.730904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0860  hypothetical protein  26.12 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.790744  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1009  hypothetical protein  29.76 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.943878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0856  hypothetical protein  29.76 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1162  hypothetical protein  29.76 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0292  hypothetical protein  29.76 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431564  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2109  hypothetical protein  28.74 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1944  hypothetical protein  29.76 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.227944  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1760  hypothetical protein  29.71 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4663  putative spermidine synthase  27.78 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.616274 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0901  Spermine synthase  28.02 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0938  spermidine synthase-like protein  29.17 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0771675  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0925  hypothetical protein  25.71 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.759797  normal  0.577908 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1170  hypothetical protein  29.76 
 
 		 398 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0914561  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2160  hypothetical protein  27.98 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1321  hypothetical protein  29.76 
 
 		 387 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.959568  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1819  putative transferase  27.98 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0958  hypothetical protein  30.77 
 
 		 364 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0764125  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4021  hypothetical protein  28.29 
 
 		 255 aa  62  0.000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.687307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1223  hypothetical protein  27.98 
 
 		 310 aa  62  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0995  hypothetical protein  26.97 
 
 		 295 aa  62  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.83417 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1257  transferase  24.54 
 
 		 231 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0102  spermidine synthase  25.5 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2633  spermidine synthase-like  24.68 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0667731  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2258  spermidine synthase-like protein  29.59 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2378  spermidine synthase-like protein  29.59 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3215  hypothetical protein  28.12 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3323  hypothetical protein  27.38 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810152  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1727  spermidine synthase-like  30.18 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.435957  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2339  spermidine synthase-like protein  30.18 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2362  spermidine synthase-like protein  30.18 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1274  spermidine synthase-like protein  28.23 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6557  spermidine synthase-like protein  28.23 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1248  hypothetical protein  26.6 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7063  spermidine synthase-like protein  30.25 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.239263  normal  0.226573 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  21.03 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5682  spermidine synthase-like  29.41 
 
 		 305 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.385407  normal  0.952882 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3883  hypothetical protein  24.24 
 
 		 255 aa  57  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.469357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2497  hypothetical protein  27.27 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00914951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6163  spermidine synthase-like protein  28.23 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.523417  normal  0.0514114 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  25.36 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>