106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3178 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3178  glycoside hydrolase family 24  100 
 
 		 169 aa  344  4e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.202337  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4372  glycoside hydrolase, family 24  73.21 
 
 		 169 aa  235  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  hitchhiker  0.0000000130314 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3494  glycoside hydrolase family protein  69.46 
 
 		 170 aa  229  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0871  glycoside hydrolase family protein  66.47 
 
 		 170 aa  224  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.718049  normal  0.102143 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2861  phage lysozyme  63.25 
 
 		 169 aa  221  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2770  glycoside hydrolase family protein  61.68 
 
 		 171 aa  218  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.206287  decreased coverage  0.0000183318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3043  phage lysozyme  62.05 
 
 		 170 aa  217  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00146006 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0931  phage lysozyme  62.05 
 
 		 170 aa  216  8.999999999999998e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1388  lysozyme, phage-related lysozyme  39.66 
 
 		 178 aa  122  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000577391  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0875  Lysozyme  42.03 
 
 		 143 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.225375  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2180  lysozyme  36.62 
 
 		 170 aa  102  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.233317 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01975  hypothetical protein  39.1 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3388  lysozyme  40.28 
 
 		 143 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.836181  hitchhiker  0.000487886 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0795  glycoside hydrolase family protein  34.97 
 
 		 178 aa  99.4  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.509528  normal  0.0116417 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0892  phage lysozyme  41.54 
 
 		 165 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1057  lysozyme  38.78 
 
 		 220 aa  98.2  5e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.738881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2900  phage lysozyme  41.54 
 
 		 165 aa  97.8  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.58341  hitchhiker  0.0000000713415 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0702  phage-related lysozyme  36.88 
 
 		 142 aa  96.3  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.513061  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1053  lysozyme  42.65 
 
 		 165 aa  96.3  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.152359  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0394  phage lysozyme  41.54 
 
 		 167 aa  95.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.684429  decreased coverage  0.00000000000000176346 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0629  phage lysozyme  36.09 
 
 		 165 aa  94.4  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.194528  decreased coverage  0.000000266391 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3074  Lysozyme  40 
 
 		 165 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0240  phage lysozyme  37.41 
 
 		 220 aa  92.8  2e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0155947  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00507  predicted lysozyme  39.23 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.69492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00513  hypothetical protein  39.23 
 
 		 163 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.770196  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0827  phage lysozyme  38.46 
 
 		 165 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.99177  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0912  lysozyme  41.3 
 
 		 164 aa  89.4  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1158  phage-related lysozyme  40.14 
 
 		 166 aa  89.4  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.901858  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1735  Lysozyme  36.62 
 
 		 150 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0740685  normal  0.733452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1065  phage lysozyme  35.14 
 
 		 149 aa  89  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243456 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1402  phage lysozyme  35.14 
 
 		 149 aa  89  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000103436 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2404  glycoside hydrolase family 24  38.52 
 
 		 154 aa  89  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2043  Lysozyme  36.62 
 
 		 150 aa  88.6  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0821  glycoside hydrolase family protein  36.69 
 
 		 225 aa  88.2  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000529126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0965  glycoside hydrolase family protein  36.69 
 
 		 225 aa  88.2  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000238073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1392  glycoside hydrolase family protein  37.31 
 
 		 157 aa  87  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.9576  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1492  glycoside hydrolase family protein  32.85 
 
 		 186 aa  86.3  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2819  phage lysozyme  34.46 
 
 		 149 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.559643  normal  0.149188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3826  glycoside hydrolase family 24  34.27 
 
 		 181 aa  85.9  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1178  lysozyme  39.42 
 
 		 164 aa  84.3  8e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1305  glycoside hydrolase family protein  38.81 
 
 		 136 aa  83.6  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.340031 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1046  lysozyme  34.21 
 
 		 195 aa  82.8  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1032  putative bacteriophage lysozyme  34.04 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.326117  normal  0.312631 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3192  putative lysozyme (endolysin) protein  37.78 
 
 		 153 aa  80.9  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.226496 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0883  putative lysozyme (endolysin) protein  37.78 
 
 		 153 aa  80.9  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.650566 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3421  prophage LambdaMc01, lysozyme  39.72 
 
 		 148 aa  80.5  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2309  glycoside hydrolase family protein  39.01 
 
 		 154 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4258  lysozyme  35.66 
 
 		 148 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00805915 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4784  lysozyme  35.66 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0419  phage-related lysozyme  37.41 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1487  phage-related lysozyme  37.41 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1312  phage-related lysozyme  37.41 
 
 		 166 aa  78.2  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2648  Lysozyme  34.85 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.010454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0580  Lysozyme  31.69 
 
 		 153 aa  77.8  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2321  glycoside hydrolase family protein  36.73 
 
 		 341 aa  75.1  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2493  glycoside hydrolase family 24  35.57 
 
 		 166 aa  72.4  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2680  prophage LambdaMc01, lysozyme  35.56 
 
 		 152 aa  71.6  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.768997  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3187  glycoside hydrolase family 24  35.61 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1875  glycoside hydrolase family 24  31.88 
 
 		 179 aa  70.9  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0471339  normal  0.356094 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0631  phage lysozyme  33.79 
 
 		 145 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000760504  normal  0.0607386 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1920  hypothetical protein  33.1 
 
 		 165 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.080974  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1690  glycoside hydrolase family 24  35.25 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.332829  normal  0.645255 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2642  glycoside hydrolase family protein  31.62 
 
 		 196 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.118674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1185  glycoside hydrolase family 24  37.59 
 
 		 175 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0693  lysozyme  37.3 
 
 		 153 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5063  lysozyme  37.3 
 
 		 153 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3256  glycoside hydrolase family protein  34.87 
 
 		 159 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0715149  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1733  glycoside hydrolase family 24  31.68 
 
 		 391 aa  64.7  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.614452 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1416  glycoside hydrolase family protein  34.43 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2239  glycoside hydrolase family protein  34.04 
 
 		 165 aa  63.2  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00579986  hitchhiker  0.0000000319845 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1445  glycoside hydrolase family protein  32.45 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3886  glycoside hydrolase family protein  31.25 
 
 		 165 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.047713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1293  glycoside hydrolase family protein  31.62 
 
 		 163 aa  62  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.616877  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2287  glycoside hydrolase family protein  27.16 
 
 		 168 aa  61.6  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.161394  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02719  conserved hypothetical protein  41.05 
 
 		 186 aa  60.8  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.30064 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1797  glycoside hydrolase family protein  30.56 
 
 		 165 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3158  glycoside hydrolase family protein  28.67 
 
 		 417 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1412  glycoside hydrolase family 24  33.61 
 
 		 209 aa  57.4  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.249747  normal  0.117742 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0625  Phage-related lysozyme (muraminidase)-like  29.05 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1537  hypothetical protein  32.89 
 
 		 583 aa  57  0.0000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5979  glycoside hydrolase family protein  31.97 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234335  normal  0.0785126 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1695  hypothetical protein  30.29 
 
 		 163 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.182005  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1740  glycoside hydrolase family protein  32.08 
 
 		 638 aa  55.1  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.696561 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5913  glycoside hydrolase family 24  28.66 
 
 		 165 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.160678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0875  glycoside hydrolase family protein  32.5 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00835  conserved hypothetical protein  52.27 
 
 		 48 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0567  lysozyme  41.1 
 
 		 92 aa  51.2  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00527525  hitchhiker  0.00000000000000685681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1671  glycoside hydrolase family protein  28.68 
 
 		 155 aa  51.2  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3077  glycoside hydrolase family 24  33.04 
 
 		 177 aa  48.9  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154512  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0449  glycoside hydrolase family protein  28.15 
 
 		 157 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0116911 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3711  hypothetical protein  29.7 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0944  phage lysozyme  28.33 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.330694  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2350  phage related lysozyme protein  26.09 
 
 		 192 aa  46.2  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109482  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3556  Phage-related lysozyme (muraminidase)-like protein  37.14 
 
 		 401 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.647883  normal  0.0343541 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0751  glycoside hydrolase family 24  38.1 
 
 		 198 aa  45.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1270  phage lysozyme  29.44 
 
 		 177 aa  45.1  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.209647  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6523  glycoside hydrolase family protein  28.22 
 
 		 260 aa  44.7  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532315  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0756  chain A, D20c mutant of T4 lysozyme  32.2 
 
 		 154 aa  44.3  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2612  glycoside hydrolase family protein  30.37 
 
 		 182 aa  44.3  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0934959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0780  glycoside hydrolase family protein  26 
 
 		 177 aa  42  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00423151 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>