203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0553 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0553  DNA primase small subunit  100 
 
 		 335 aa  661    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3663  DNA primase, small subunit  68.09 
 
 		 339 aa  394  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.735103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1933  hypothetical protein  68.85 
 
 		 318 aa  385  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5608  DNA primase, small subunit  66.03 
 
 		 319 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.613871  normal  0.440344 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5228  hypothetical protein  66.45 
 
 		 310 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5316  hypothetical protein  66.45 
 
 		 310 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4039  DNA polymerase LigD polymerase subunit  68.09 
 
 		 319 aa  374  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.437287  normal  0.0570226 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4421  DNA primase, small subunit  67.76 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.569528 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4169  DNA primase small subunit  62.15 
 
 		 332 aa  362  7.0000000000000005e-99  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2717  DNA primase small subunit  63.29 
 
 		 326 aa  347  2e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00546192  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1360  DNA primase small subunit  62.71 
 
 		 318 aa  307  1.0000000000000001e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  36.86 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  39.37 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  38.52 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  35.23 
 
 		 303 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  38.98 
 
 		 896 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.66 
 
 		 896 aa  144  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  35 
 
 		 861 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.91 
 
 		 855 aa  139  6e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  34.7 
 
 		 352 aa  139  8.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  35.52 
 
 		 353 aa  135  8e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  32.95 
 
 		 902 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  31.37 
 
 		 646 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.2 
 
 		 877 aa  133  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.65 
 
 		 815 aa  133  5e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  35.58 
 
 		 815 aa  132  7.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  33.81 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  38.74 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.87 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  35.52 
 
 		 856 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.2 
 
 		 847 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.32 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  34.64 
 
 		 822 aa  129  8.000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  35.11 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.83 
 
 		 330 aa  125  7e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  38.41 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  35.5 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.65 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  35.02 
 
 		 816 aa  124  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  35.84 
 
 		 347 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  36.4 
 
 		 651 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  35.84 
 
 		 347 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  30.93 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  35.84 
 
 		 347 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  29.62 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  32.13 
 
 		 455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  36.4 
 
 		 1157 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  34.46 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  33.85 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  36.8 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  34.52 
 
 		 1163 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.68 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  34.02 
 
 		 901 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.31 
 
 		 846 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  34.52 
 
 		 980 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 		 864 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.08 
 
 		 355 aa  118  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  34.7 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  31.68 
 
 		 871 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  31.38 
 
 		 522 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  34.1 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  33.46 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  36.26 
 
 		 847 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  34.21 
 
 		 837 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.7 
 
 		 778 aa  116  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  31.67 
 
 		 813 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  33.33 
 
 		 434 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  33.33 
 
 		 434 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  33.33 
 
 		 434 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  35.94 
 
 		 651 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.53 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  32.7 
 
 		 323 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  35.17 
 
 		 656 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.63 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  30.74 
 
 		 940 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  31.68 
 
 		 872 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  32.22 
 
 		 1001 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  31.34 
 
 		 527 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.5 
 
 		 357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.67 
 
 		 328 aa  115  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.8 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  33.86 
 
 		 758 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  33.86 
 
 		 758 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.27 
 
 		 303 aa  114  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  36.36 
 
 		 380 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  32.76 
 
 		 865 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 825 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.29 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.71 
 
 		 352 aa  113  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  34.05 
 
 		 349 aa  113  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.36 
 
 		 304 aa  113  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  33.86 
 
 		 758 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  34.04 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  33.86 
 
 		 397 aa  113  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  36.29 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  31.32 
 
 		 818 aa  112  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  33.46 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  33.8 
 
 		 949 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  32.17 
 
 		 845 aa  111  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>