203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3663 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3663  DNA primase, small subunit  100 
 
 		 339 aa  673    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.735103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4039  DNA polymerase LigD polymerase subunit  87.7 
 
 		 319 aa  514  1.0000000000000001e-145  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.437287  normal  0.0570226 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5608  DNA primase, small subunit  66.56 
 
 		 319 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.613871  normal  0.440344 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0553  DNA primase small subunit  68.09 
 
 		 335 aa  394  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5228  hypothetical protein  66.67 
 
 		 310 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5316  hypothetical protein  66.67 
 
 		 310 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1933  hypothetical protein  65.57 
 
 		 318 aa  369  1e-101  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4169  DNA primase small subunit  63.64 
 
 		 332 aa  370  1e-101  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2717  DNA primase small subunit  66.02 
 
 		 326 aa  364  1e-99  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00546192  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4421  DNA primase, small subunit  64.14 
 
 		 326 aa  354  1e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.569528 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1360  DNA primase small subunit  62.95 
 
 		 318 aa  315  5e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  36.81 
 
 		 303 aa  182  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  42.91 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  37.68 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  39.06 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  31.66 
 
 		 896 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.62 
 
 		 861 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.63 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  31.12 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  32.41 
 
 		 352 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  35.29 
 
 		 815 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  32.19 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  38.34 
 
 		 896 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  33.7 
 
 		 871 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  37.55 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  36.3 
 
 		 856 aa  143  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  29.78 
 
 		 855 aa  143  4e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  33.45 
 
 		 872 aa  143  5e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  31.06 
 
 		 815 aa  142  9e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  37.55 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  37.64 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  34.07 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  35.14 
 
 		 847 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  37.4 
 
 		 644 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  29.74 
 
 		 646 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  34.8 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  31.93 
 
 		 527 aa  138  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.44 
 
 		 825 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  34.49 
 
 		 865 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.06 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  34.28 
 
 		 834 aa  137  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.83 
 
 		 340 aa  136  5e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  37.86 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.86 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.77 
 
 		 902 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  37.77 
 
 		 658 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  37.45 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  37.05 
 
 		 684 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  37.05 
 
 		 683 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.69 
 
 		 313 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.12 
 
 		 822 aa  132  6e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.76 
 
 		 797 aa  132  6.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.44 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  33.57 
 
 		 1001 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  32.87 
 
 		 940 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.33 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.06 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.23 
 
 		 877 aa  130  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  34.94 
 
 		 427 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.88 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.66 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.83 
 
 		 778 aa  128  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  28.69 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  32.09 
 
 		 408 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  33.92 
 
 		 656 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  32.03 
 
 		 813 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  38.8 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  32.85 
 
 		 412 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.47 
 
 		 864 aa  126  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  29.97 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  34.39 
 
 		 1157 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  36.44 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  32.29 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  34.85 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  34.7 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  36.64 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  34.47 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.06 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  33.94 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  33.99 
 
 		 980 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  33.99 
 
 		 1163 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  34.59 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  33.85 
 
 		 868 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  33.85 
 
 		 868 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  34.06 
 
 		 846 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  36.15 
 
 		 353 aa  122  7e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.09 
 
 		 292 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 831 aa  122  8e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  33.59 
 
 		 816 aa  121  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  34.6 
 
 		 927 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.52 
 
 		 544 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  34.03 
 
 		 895 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  34.59 
 
 		 397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  33.65 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  33.1 
 
 		 651 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  37.32 
 
 		 817 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  31.36 
 
 		 522 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  35.11 
 
 		 936 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  34.48 
 
 		 347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  34.48 
 
 		 347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>