More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4406 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4406  response regulator  100 
 
 		 154 aa  301  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402272  normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4036  response regulator  100 
 
 		 154 aa  301  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4518  response regulator  85.19 
 
 		 162 aa  230  7.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0622  response regulator  73.72 
 
 		 145 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4556  response regulator  53.57 
 
 		 155 aa  128  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  49.6 
 
 		 134 aa  117  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6935  response regulator  44.17 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7150  response regulator  43.22 
 
 		 146 aa  90.1  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6002  response regulator  41.53 
 
 		 136 aa  87.8  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.282143 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4738  response regulator receiver protein  43.55 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  36.59 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  38.17 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  37.4 
 
 		 268 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  37.88 
 
 		 268 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  37.12 
 
 		 268 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  40.57 
 
 		 268 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  39.62 
 
 		 254 aa  77  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  36.29 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  36.67 
 
 		 264 aa  71.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  34.59 
 
 		 271 aa  70.5  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  33.04 
 
 		 264 aa  70.5  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  32.76 
 
 		 264 aa  70.5  0.000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  36.21 
 
 		 267 aa  70.1  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  37.07 
 
 		 336 aa  68.9  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  32.2 
 
 		 352 aa  68.6  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  33.05 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  33.64 
 
 		 264 aa  68.6  0.00000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5416  response regulator  36.13 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122104 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  35.56 
 
 		 264 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  33.04 
 
 		 264 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 		 472 aa  67.8  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  33.04 
 
 		 264 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  39.62 
 
 		 267 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 157 aa  67.4  0.00000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  33.88 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  39.62 
 
 		 267 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  32.59 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  33.33 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  34.35 
 
 		 267 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  38.83 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  36.13 
 
 		 275 aa  65.5  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4357  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  34.51 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.480943  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  34.35 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  33.33 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4195  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 154 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81513  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  39.25 
 
 		 267 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  31.85 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  34.35 
 
 		 267 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.43 
 
 		 875 aa  65.5  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  30.07 
 
 		 450 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  29.85 
 
 		 429 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  29.2 
 
 		 258 aa  64.7  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  39.56 
 
 		 264 aa  64.3  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  32.33 
 
 		 265 aa  64.3  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.09 
 
 		 426 aa  64.7  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  35.54 
 
 		 264 aa  63.9  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 450 aa  63.9  0.0000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  29.63 
 
 		 265 aa  63.9  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  31.67 
 
 		 265 aa  63.5  0.0000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0066  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 377 aa  63.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.359193  normal  0.0132857 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0694  response regulator  29.85 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  31.67 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 340 aa  63.5  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  34.44 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  32.2 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.2 
 
 		 651 aa  62  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5755  response regulator receiver protein  37.01 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  39.64 
 
 		 852 aa  61.6  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  36.94 
 
 		 249 aa  61.6  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  31.65 
 
 		 316 aa  61.6  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  33.05 
 
 		 657 aa  60.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  38.75 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  36.45 
 
 		 273 aa  60.5  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0834  response regulator receiver  28.83 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000017528  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0473  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 121 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.950452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  35.85 
 
 		 603 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.15 
 
 		 481 aa  59.7  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 764 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2336  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.404573  normal  0.642469 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.86 
 
 		 461 aa  60.1  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  32.17 
 
 		 380 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1114  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 373 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.31 
 
 		 635 aa  59.3  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1110  response regulator receiver and ANTAR domain protein  33.96 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0520878  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  36.84 
 
 		 153 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 		 386 aa  58.5  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  33.98 
 
 		 274 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2052  putative PAS/PAC sensor protein  31.4 
 
 		 414 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.948346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4564  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 		 376 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.531352 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2686  putative PAS/PAC sensor protein  32.14 
 
 		 337 aa  58.2  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.209027 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.3 
 
 		 455 aa  58.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0913  response regulator receiver protein  31.2 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000115879 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  34.45 
 
 		 429 aa  57.8  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4302  signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 		 343 aa  57.4  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.219335  normal  0.321802 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1007  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 		 311 aa  57.4  0.00000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164021  normal  0.860345 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  35.14 
 
 		 257 aa  57  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.46 
 
 		 245 aa  57  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  31.36 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>