More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2771 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  100 
 
 		 268 aa  533  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  86.19 
 
 		 268 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  85.07 
 
 		 268 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3570  two-component response regulator  86.19 
 
 		 252 aa  455  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  83.96 
 
 		 268 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  83.21 
 
 		 268 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  84.71 
 
 		 254 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  68.16 
 
 		 267 aa  362  4e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  67.67 
 
 		 267 aa  358  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  67.79 
 
 		 267 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  66.67 
 
 		 293 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  66.67 
 
 		 267 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  66.67 
 
 		 267 aa  355  5e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  57.25 
 
 		 274 aa  290  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  54.79 
 
 		 264 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  54.02 
 
 		 264 aa  278  5e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  52.67 
 
 		 264 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  53.82 
 
 		 264 aa  276  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  53.64 
 
 		 264 aa  276  4e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  51.91 
 
 		 264 aa  274  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  51.5 
 
 		 265 aa  269  4e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  52.92 
 
 		 264 aa  267  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  51.35 
 
 		 265 aa  261  8.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  49.8 
 
 		 264 aa  261  8.999999999999999e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  52.71 
 
 		 266 aa  254  8e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  53.54 
 
 		 271 aa  250  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  54.02 
 
 		 264 aa  249  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  51.59 
 
 		 265 aa  243  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  50.2 
 
 		 264 aa  242  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  51.56 
 
 		 267 aa  241  1e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  46.83 
 
 		 269 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  46.43 
 
 		 269 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  46.03 
 
 		 269 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  50.6 
 
 		 264 aa  230  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  48.64 
 
 		 273 aa  228  6e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  46.59 
 
 		 265 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  48.08 
 
 		 275 aa  227  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  50.4 
 
 		 263 aa  224  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  45.98 
 
 		 264 aa  223  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  54.38 
 
 		 235 aa  218  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  43.48 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  35.25 
 
 		 130 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  32.76 
 
 		 380 aa  72.4  0.000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  33.61 
 
 		 143 aa  71.6  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  37.62 
 
 		 157 aa  70.9  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  34.91 
 
 		 109 aa  70.9  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  34.92 
 
 		 603 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 472 aa  69.3  0.00000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  34.15 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4518  response regulator  37.33 
 
 		 162 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  31.54 
 
 		 450 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  33.96 
 
 		 131 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  32.59 
 
 		 182 aa  67  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  25.95 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.31 
 
 		 426 aa  66.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  31.9 
 
 		 474 aa  66.2  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  31.45 
 
 		 336 aa  66.2  0.0000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  36.97 
 
 		 125 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.71 
 
 		 701 aa  65.9  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  33.01 
 
 		 429 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  32.71 
 
 		 461 aa  64.7  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 817 aa  65.5  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  34.48 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 		 953 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  29.01 
 
 		 450 aa  63.5  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 		 989 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 359 aa  63.2  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  27.21 
 
 		 844 aa  63.2  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1358  putative PAS/PAC sensor protein  31.71 
 
 		 404 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.873442  normal  0.0258422 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  32.79 
 
 		 429 aa  62.4  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3118  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  41.86 
 
 		 196 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2302  response regulator receiver protein  39.22 
 
 		 139 aa  61.6  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2212  response regulator receiver protein  32.04 
 
 		 122 aa  60.8  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.092497  normal  0.290386 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  27.69 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  33.9 
 
 		 135 aa  61.2  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.15 
 
 		 989 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4406  response regulator  37.88 
 
 		 154 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402272  normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4036  response regulator  37.88 
 
 		 154 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0694  response regulator  39.81 
 
 		 147 aa  60.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  29.03 
 
 		 657 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  29.69 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0622  response regulator  37.72 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2294  response regulator receiver  33.65 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.371138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2933  response regulator receiver and ANTAR domain protein  33.33 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0803562  normal  0.225953 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.01 
 
 		 455 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.58 
 
 		 875 aa  60.1  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1110  response regulator receiver and ANTAR domain protein  36.21 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0520878  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  35.4 
 
 		 124 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  30.97 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 		 386 aa  59.3  0.00000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 		 355 aa  58.9  0.00000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2361  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  38.82 
 
 		 196 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0455  response regulator receiver domain-containing protein  34.62 
 
 		 238 aa  58.5  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.21261 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 		 701 aa  58.5  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4326  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 		 571 aa  57.4  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 636 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.74 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00719  Multidomain protein contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  28.48 
 
 		 1147 aa  58.2  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>