137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5416 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012853  Rleg_5416  response regulator  100 
 
 		 133 aa  262  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122104 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7150  response regulator  43.18 
 
 		 146 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6002  response regulator  42.64 
 
 		 136 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.282143 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6935  response regulator  37.8 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  41.24 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7005  response regulator receiver protein  40.19 
 
 		 125 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4738  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4556  response regulator  33.59 
 
 		 155 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  39.18 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0622  response regulator  34.71 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  35.48 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  31.82 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  31.54 
 
 		 268 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  32.03 
 
 		 268 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  30.53 
 
 		 268 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  31.25 
 
 		 254 aa  57  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  30.09 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  37.61 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  34.23 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  32.74 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  33.94 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  31.25 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  30.09 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  29.03 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4406  response regulator  36.13 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402272  normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  32.69 
 
 		 263 aa  55.1  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4036  response regulator  36.13 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  29.03 
 
 		 264 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  30.91 
 
 		 265 aa  54.7  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  30.97 
 
 		 264 aa  54.7  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4518  response regulator  35.29 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  35.09 
 
 		 271 aa  53.9  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  33.06 
 
 		 267 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  33.06 
 
 		 267 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  31.25 
 
 		 268 aa  53.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  33.33 
 
 		 264 aa  53.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  29.2 
 
 		 264 aa  53.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  33.63 
 
 		 380 aa  53.1  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  35.29 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  32.79 
 
 		 267 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  36.54 
 
 		 293 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5755  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.54 
 
 		 471 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  33.02 
 
 		 264 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  33.6 
 
 		 267 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  31.97 
 
 		 267 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  32.73 
 
 		 273 aa  49.7  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 157 aa  48.5  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0431  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 124 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0769354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.31 
 
 		 650 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1059  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0315132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  30.91 
 
 		 266 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1784  response regulator receiver domain-containing protein  37.25 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474362  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3511  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 		 384 aa  47.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.253652 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  31.19 
 
 		 265 aa  47.4  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  32.23 
 
 		 875 aa  47.4  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2052  putative PAS/PAC sensor protein  27.13 
 
 		 414 aa  47  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.948346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  30.91 
 
 		 264 aa  47  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 359 aa  47  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0573  response regulator receiver protein  31.85 
 
 		 261 aa  46.6  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.666159  normal  0.332219 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  32.08 
 
 		 257 aa  46.2  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  30.56 
 
 		 249 aa  46.6  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.39 
 
 		 651 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  28.33 
 
 		 153 aa  45.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 		 472 aa  45.8  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  34.57 
 
 		 182 aa  45.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  31.33 
 
 		 235 aa  45.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1631  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.36 
 
 		 561 aa  44.7  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.608678  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4820  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 244 aa  45.1  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.334432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4326  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 		 571 aa  44.3  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4195  response regulator receiver protein  30 
 
 		 154 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.85 
 
 		 701 aa  44.7  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0708  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 123 aa  44.3  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.795364  normal  0.880104 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  31.97 
 
 		 243 aa  44.3  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  27 
 
 		 265 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3435  response regulator receiver protein  38.55 
 
 		 121 aa  43.5  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465011  normal  0.396609 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4721  response regulator receiver protein  29.09 
 
 		 135 aa  43.5  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.445626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 316 aa  43.5  0.0009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1630  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.46 
 
 		 243 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  31.25 
 
 		 275 aa  43.5  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.57 
 
 		 701 aa  42.7  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  33.02 
 
 		 120 aa  42.7  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5458  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.62 
 
 		 582 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.336827 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.1 
 
 		 245 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  28.3 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1374  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 		 408 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1114  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 		 373 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 		 591 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  32.79 
 
 		 855 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2032  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 387 aa  42.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0686114 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  41.38 
 
 		 602 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  27.88 
 
 		 653 aa  42  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08681  transcriptional regulator  29.36 
 
 		 240 aa  42.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.803849  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.57 
 
 		 238 aa  42  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  28.57 
 
 		 238 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  28.57 
 
 		 238 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  28.57 
 
 		 238 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  28.57 
 
 		 238 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  28.57 
 
 		 238 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>