More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2347 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  100 
 
 		 264 aa  524  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  78.41 
 
 		 264 aa  428  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  78.79 
 
 		 264 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  76.14 
 
 		 264 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  76.14 
 
 		 264 aa  409  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  75.76 
 
 		 264 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  72.73 
 
 		 264 aa  390  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  73.86 
 
 		 265 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  69.96 
 
 		 265 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  62.88 
 
 		 264 aa  356  1.9999999999999998e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  54.37 
 
 		 268 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  52.49 
 
 		 267 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  53.51 
 
 		 268 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  53.7 
 
 		 268 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  53.03 
 
 		 264 aa  281  8.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  52.49 
 
 		 267 aa  280  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  52.26 
 
 		 268 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  52.29 
 
 		 293 aa  277  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  54.79 
 
 		 264 aa  277  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  52.67 
 
 		 267 aa  277  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  53.82 
 
 		 268 aa  276  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  52.67 
 
 		 267 aa  276  3e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  54.8 
 
 		 254 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  51.91 
 
 		 267 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  55.26 
 
 		 266 aa  269  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  51.94 
 
 		 269 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  51.16 
 
 		 269 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  51.89 
 
 		 274 aa  258  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  50.39 
 
 		 269 aa  254  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3570  two-component response regulator  52.09 
 
 		 252 aa  251  7e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  47.51 
 
 		 265 aa  248  6e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  48.86 
 
 		 271 aa  247  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  50 
 
 		 264 aa  244  9e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  50.76 
 
 		 273 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  48.28 
 
 		 275 aa  243  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  50.98 
 
 		 265 aa  240  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  49.43 
 
 		 264 aa  240  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  47.88 
 
 		 267 aa  235  5.0000000000000005e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  47.69 
 
 		 263 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  52.83 
 
 		 235 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  40 
 
 		 249 aa  163  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  37.07 
 
 		 380 aa  85.5  9e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 157 aa  82.4  0.000000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  36.89 
 
 		 109 aa  80.5  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  36.59 
 
 		 130 aa  79.3  0.00000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 472 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  36.07 
 
 		 131 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  36.97 
 
 		 474 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  31.97 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 359 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.1 
 
 		 701 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.39 
 
 		 426 aa  75.9  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  35.34 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  32.52 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  34.45 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 989 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  35.29 
 
 		 603 aa  72.4  0.000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 989 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  37.84 
 
 		 153 aa  70.1  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 		 636 aa  69.3  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 450 aa  69.7  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2294  response regulator receiver  33.33 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.371138  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1358  putative PAS/PAC sensor protein  35.09 
 
 		 404 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.873442  normal  0.0258422 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  34.45 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4330  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6935  response regulator  42.86 
 
 		 141 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  33.05 
 
 		 135 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 450 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  35.51 
 
 		 461 aa  67.4  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 		 817 aa  67  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1289  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  34.31 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.132207  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  34.15 
 
 		 258 aa  66.6  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  31.9 
 
 		 429 aa  66.2  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  32.74 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  29.46 
 
 		 255 aa  65.9  0.0000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4326  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 571 aa  65.5  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  27.59 
 
 		 249 aa  65.5  0.0000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  38.55 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.89 
 
 		 701 aa  65.1  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  29.51 
 
 		 844 aa  63.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 		 953 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0434  putative PAS/PAC sensor protein  29.91 
 
 		 458 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  28.23 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2282  histidine kinase  29.51 
 
 		 667 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4556  response regulator  28.83 
 
 		 155 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.03 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7150  response regulator  34.55 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2933  response regulator receiver and ANTAR domain protein  37.21 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0803562  normal  0.225953 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  32.14 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  29.03 
 
 		 657 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3036  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  37.14 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.222389  normal  0.216241 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3021  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  37.14 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3067  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  37.14 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2337  signal transduction histidine kinase  33.65 
 
 		 352 aa  62.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2302  response regulator receiver protein  36.19 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4302  signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 		 343 aa  62.4  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.219335  normal  0.321802 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2052  putative PAS/PAC sensor protein  36.71 
 
 		 414 aa  62.4  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.948346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0900  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000110071 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>