119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3570 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3570  two-component response regulator  100 
 
 		 252 aa  501  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  86.19 
 
 		 268 aa  455  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  81.34 
 
 		 268 aa  427  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  80.6 
 
 		 268 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  81.34 
 
 		 268 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  79.1 
 
 		 268 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  78.74 
 
 		 254 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  63.3 
 
 		 267 aa  330  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  63.53 
 
 		 267 aa  327  8e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  62.55 
 
 		 267 aa  322  4e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  62.17 
 
 		 267 aa  321  6e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  62.17 
 
 		 293 aa  321  7e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  62.17 
 
 		 267 aa  321  8e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  52.79 
 
 		 274 aa  258  6e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  52.09 
 
 		 264 aa  251  7e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  49.43 
 
 		 264 aa  248  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  50.19 
 
 		 264 aa  248  8e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  49.43 
 
 		 264 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  50.19 
 
 		 264 aa  246  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  49.81 
 
 		 264 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  49.04 
 
 		 264 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  51.57 
 
 		 271 aa  233  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  48.85 
 
 		 265 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  48.87 
 
 		 265 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  50.39 
 
 		 266 aa  228  7e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  45.49 
 
 		 264 aa  225  5.0000000000000005e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  49.01 
 
 		 264 aa  224  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  45.63 
 
 		 269 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  50 
 
 		 264 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  44.84 
 
 		 269 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  48.05 
 
 		 267 aa  214  9e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  44.44 
 
 		 269 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  45.08 
 
 		 265 aa  208  8e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  46.85 
 
 		 265 aa  204  9e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  44.44 
 
 		 264 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  45.53 
 
 		 273 aa  198  6e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  47.79 
 
 		 264 aa  198  9e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  46.83 
 
 		 263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  43.89 
 
 		 275 aa  192  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  51.15 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  39.76 
 
 		 249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  26.13 
 
 		 249 aa  57  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  30.61 
 
 		 336 aa  53.9  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  31.2 
 
 		 603 aa  54.3  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  27.59 
 
 		 380 aa  53.5  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4518  response regulator  30.67 
 
 		 162 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  30.33 
 
 		 130 aa  53.1  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 472 aa  52.8  0.000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  30.19 
 
 		 131 aa  52  0.000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  36.14 
 
 		 474 aa  52  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  27.91 
 
 		 316 aa  51.2  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 143 aa  50.8  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 989 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 157 aa  50.4  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  31.13 
 
 		 109 aa  50.4  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  27.48 
 
 		 450 aa  50.4  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  31.71 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0883  response regulator receiver  34.21 
 
 		 273 aa  48.9  0.00008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2452  response regulator receiver domain-containing protein  41.89 
 
 		 140 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0694  response regulator  32.99 
 
 		 147 aa  48.1  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4036  response regulator  32.08 
 
 		 154 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0622  response regulator  30.7 
 
 		 145 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01100  sensory box/GGDEF family protein  36.92 
 
 		 798 aa  48.1  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4406  response regulator  32.08 
 
 		 154 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402272  normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.75 
 
 		 701 aa  47.8  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  28.97 
 
 		 450 aa  47.4  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.23 
 
 		 426 aa  47.4  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.3 
 
 		 817 aa  47  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 953 aa  47  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.79 
 
 		 252 aa  47  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 989 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  26.61 
 
 		 657 aa  46.6  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 		 804 aa  46.6  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00719  Multidomain protein contains Na+/proline symporter PutP-like domain, sensory histidine kinase and receiver domain  24.36 
 
 		 1147 aa  46.6  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2212  response regulator receiver protein  28.16 
 
 		 122 aa  46.6  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.092497  normal  0.290386 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  34.83 
 
 		 255 aa  46.2  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3002  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 		 191 aa  46.2  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  31.78 
 
 		 165 aa  46.2  0.0006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  30.17 
 
 		 257 aa  45.8  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2294  response regulator receiver  31.73 
 
 		 134 aa  45.4  0.0008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.371138  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 316 aa  45.4  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.36 
 
 		 251 aa  45.4  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.83 
 
 		 253 aa  45.4  0.0009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 		 359 aa  45.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.03 
 
 		 253 aa  45.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  28.03 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  32.48 
 
 		 125 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  38.67 
 
 		 141 aa  44.7  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3340  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.24 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0454745 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  30.1 
 
 		 429 aa  44.3  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 		 355 aa  43.9  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2020  response regulator receiver and unknown domain protein  37.04 
 
 		 233 aa  43.9  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.105388  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3972  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 242 aa  44.3  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  25.66 
 
 		 844 aa  44.3  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.06 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.06 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  31.06 
 
 		 239 aa  43.9  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1748  response regulator receiver and unknown domain protein  35.8 
 
 		 233 aa  43.9  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.013924  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3072  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.93 
 
 		 353 aa  43.5  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000480818 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.86 
 
 		 1172 aa  43.5  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>