More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1388 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  100 
 
 		 268 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  96.64 
 
 		 268 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  91.42 
 
 		 268 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  90.67 
 
 		 268 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  88.19 
 
 		 254 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  83.96 
 
 		 268 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3570  two-component response regulator  80.6 
 
 		 252 aa  423  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  66.29 
 
 		 267 aa  359  3e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  66.92 
 
 		 267 aa  358  4e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  67.04 
 
 		 267 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  65.54 
 
 		 267 aa  353  1e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  65.54 
 
 		 267 aa  353  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  65.54 
 
 		 293 aa  353  2e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  55.39 
 
 		 274 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  52.24 
 
 		 264 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  53.51 
 
 		 264 aa  282  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  52.47 
 
 		 264 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  52.49 
 
 		 264 aa  278  9e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  52.49 
 
 		 264 aa  276  3e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  52.11 
 
 		 264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  51.5 
 
 		 264 aa  268  5e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  51.13 
 
 		 265 aa  265  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  51.15 
 
 		 265 aa  263  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  49.06 
 
 		 264 aa  262  4e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  53.91 
 
 		 271 aa  262  4.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  50.58 
 
 		 264 aa  258  6e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  52.11 
 
 		 264 aa  255  5e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  51.5 
 
 		 266 aa  252  6e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  47.22 
 
 		 269 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  46.43 
 
 		 269 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  49.8 
 
 		 267 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  45.63 
 
 		 269 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  50 
 
 		 265 aa  238  9e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  49.8 
 
 		 263 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  48.85 
 
 		 275 aa  234  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  46.54 
 
 		 265 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  46.36 
 
 		 264 aa  229  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  47.49 
 
 		 273 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  56.22 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  49.4 
 
 		 264 aa  225  7e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  43.14 
 
 		 249 aa  158  8e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  36.89 
 
 		 130 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  38.61 
 
 		 157 aa  76.6  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  33.06 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.59 
 
 		 426 aa  74.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  32.06 
 
 		 450 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  33.61 
 
 		 143 aa  72.4  0.000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  36.79 
 
 		 109 aa  71.6  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  34.91 
 
 		 131 aa  72  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  33.62 
 
 		 474 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  34.92 
 
 		 603 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 472 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4518  response regulator  37.96 
 
 		 162 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  0.695665 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  38.75 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  36.21 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  26.72 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  35.37 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  31.45 
 
 		 336 aa  69.3  0.00000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1358  putative PAS/PAC sensor protein  32.82 
 
 		 404 aa  68.9  0.00000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.873442  normal  0.0258422 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  36.97 
 
 		 125 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.8 
 
 		 701 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  33.64 
 
 		 461 aa  67.8  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  33.01 
 
 		 429 aa  67  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 817 aa  67  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  32.79 
 
 		 429 aa  66.2  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2212  response regulator receiver protein  33.98 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.092497  normal  0.290386 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  35.59 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 		 953 aa  66.2  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 450 aa  65.9  0.0000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  36.25 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1110  response regulator receiver and ANTAR domain protein  37.93 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0520878  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 989 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3118  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  41.86 
 
 		 196 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.95 
 
 		 455 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  30.09 
 
 		 844 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  36.28 
 
 		 124 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2302  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  30.65 
 
 		 657 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2933  response regulator receiver and ANTAR domain protein  34.29 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0803562  normal  0.225953 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  30.97 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 989 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0455  response regulator receiver domain-containing protein  34.62 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.21261 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0622  response regulator  37.72 
 
 		 145 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0694  response regulator  40.74 
 
 		 147 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 		 591 aa  61.6  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4406  response regulator  41.51 
 
 		 154 aa  62  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402272  normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4036  response regulator  41.51 
 
 		 154 aa  62  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.69 
 
 		 455 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2361  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  38.82 
 
 		 196 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  30.47 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  31.09 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  30.65 
 
 		 636 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0985  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.73 
 
 		 704 aa  61.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000494124  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2294  response regulator receiver  34.62 
 
 		 134 aa  60.8  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.371138  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2483  response regulator receiver and ANTAR domain protein  35.19 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1689  response regulator receiver and ANTAR domain protein  34.86 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000385738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>