More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2722 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  100 
 
 		 273 aa  551  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  60.81 
 
 		 269 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  60.81 
 
 		 269 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  60.07 
 
 		 269 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  59.62 
 
 		 267 aa  315  6e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  61.65 
 
 		 271 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  61.03 
 
 		 275 aa  311  5.999999999999999e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  53.67 
 
 		 264 aa  258  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  53.28 
 
 		 264 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  51.53 
 
 		 264 aa  244  9e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  50.76 
 
 		 264 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  49.04 
 
 		 264 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  49.61 
 
 		 265 aa  239  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  49.22 
 
 		 264 aa  238  9e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  48.45 
 
 		 264 aa  236  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  48.66 
 
 		 264 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  49.62 
 
 		 264 aa  236  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  49.81 
 
 		 267 aa  235  7e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  49.81 
 
 		 267 aa  234  8e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  47.94 
 
 		 267 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  47.88 
 
 		 268 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  48.48 
 
 		 293 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  49.43 
 
 		 265 aa  231  9e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  47.88 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  48.85 
 
 		 267 aa  229  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  48.85 
 
 		 267 aa  229  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  48.64 
 
 		 268 aa  228  6e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  48.26 
 
 		 268 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  50.79 
 
 		 266 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  47.49 
 
 		 268 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  45.11 
 
 		 265 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  45.35 
 
 		 264 aa  219  3e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  46.15 
 
 		 274 aa  216  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  44.23 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  47.77 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  45.17 
 
 		 264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  45.06 
 
 		 263 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  46.36 
 
 		 264 aa  203  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3570  two-component response regulator  45.53 
 
 		 252 aa  198  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  43.84 
 
 		 235 aa  168  9e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  39.27 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  36.44 
 
 		 380 aa  79  0.00000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  33.59 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1358  putative PAS/PAC sensor protein  36.21 
 
 		 404 aa  72.4  0.000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.873442  normal  0.0258422 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 472 aa  72.4  0.000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  36 
 
 		 603 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  38.14 
 
 		 461 aa  71.2  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 450 aa  70.5  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  38.46 
 
 		 109 aa  70.1  0.00000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 426 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 450 aa  68.6  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1725  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 499 aa  67.4  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  32.81 
 
 		 336 aa  67  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 		 359 aa  67  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  38.26 
 
 		 124 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 		 953 aa  66.2  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  34.13 
 
 		 474 aa  65.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4627  response regulator receiver protein  40.59 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.910799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  34.75 
 
 		 257 aa  65.1  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 157 aa  64.7  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 636 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 701 aa  64.3  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  33.9 
 
 		 429 aa  64.3  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3510  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 521 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.269968 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 		 817 aa  64.7  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  40.24 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  37.39 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  36.07 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6935  response regulator  36.75 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.62 
 
 		 481 aa  62.4  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1110  response regulator receiver and ANTAR domain protein  35.9 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0520878  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  30.83 
 
 		 143 aa  61.6  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0985  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.15 
 
 		 704 aa  61.6  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000494124  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25990  response regulator with putative antiterminator output domain protein  35.29 
 
 		 204 aa  61.6  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  30.84 
 
 		 429 aa  60.8  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  33.33 
 
 		 130 aa  60.8  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5458  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.9 
 
 		 582 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.336827 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.29 
 
 		 455 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  34.57 
 
 		 352 aa  60.1  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  30.77 
 
 		 153 aa  60.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.95 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4556  response regulator  31.93 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2302  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2035  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  33.88 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3669  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0455  response regulator receiver domain-containing protein  33.61 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.21261 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3003  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 		 498 aa  59.3  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3685  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.286554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1321  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3061  response regulator receiver and ANTAR domain protein  33.33 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00113676  hitchhiker  0.000689676 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2860  response regulator receiver and ANTAR domain protein  35.04 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.153721  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  29.57 
 
 		 844 aa  58.9  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4326  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 		 571 aa  58.5  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0694  response regulator  38.68 
 
 		 147 aa  58.5  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2483  response regulator receiver and ANTAR domain protein  30.89 
 
 		 205 aa  58.9  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5687  response regulator receiver and ANTAR domain protein  34.19 
 
 		 210 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  36.19 
 
 		 134 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.29 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  30.51 
 
 		 875 aa  58.5  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>