More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3925 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  100 
 
 		 264 aa  526  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  63.26 
 
 		 264 aa  317  9e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  60.92 
 
 		 265 aa  306  3e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  60 
 
 		 264 aa  298  5e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  60.62 
 
 		 266 aa  289  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  56.34 
 
 		 264 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  55.94 
 
 		 264 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  54.79 
 
 		 264 aa  277  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  55.56 
 
 		 264 aa  276  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  54.65 
 
 		 267 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  55.21 
 
 		 267 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  54.79 
 
 		 264 aa  271  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  53.64 
 
 		 264 aa  270  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  54.79 
 
 		 264 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  54.44 
 
 		 267 aa  267  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  54.05 
 
 		 267 aa  264  8.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  54.05 
 
 		 293 aa  264  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  54.05 
 
 		 267 aa  263  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  54.65 
 
 		 274 aa  263  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  53.26 
 
 		 268 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  53.26 
 
 		 268 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  53.88 
 
 		 264 aa  257  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  52.11 
 
 		 268 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  52.51 
 
 		 265 aa  255  6e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  51.92 
 
 		 265 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  52.49 
 
 		 268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  53.12 
 
 		 275 aa  252  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  52.12 
 
 		 265 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  52.92 
 
 		 267 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  54.02 
 
 		 268 aa  249  3e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  56.03 
 
 		 263 aa  249  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  50.39 
 
 		 264 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  50.97 
 
 		 271 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  52.42 
 
 		 254 aa  238  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  49.61 
 
 		 269 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  49.22 
 
 		 269 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  49.62 
 
 		 273 aa  236  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  48.45 
 
 		 269 aa  232  6e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3570  two-component response regulator  50 
 
 		 252 aa  218  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  53.33 
 
 		 235 aa  209  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  42.69 
 
 		 249 aa  163  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  37.72 
 
 		 157 aa  89  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  37.93 
 
 		 380 aa  85.9  6e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  36.97 
 
 		 130 aa  85.1  0.000000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  38.46 
 
 		 131 aa  84.3  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  35.2 
 
 		 450 aa  81.6  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  38.79 
 
 		 450 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  35.83 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  32.77 
 
 		 143 aa  78.2  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.52 
 
 		 426 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.28 
 
 		 701 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  37.29 
 
 		 474 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  38.79 
 
 		 429 aa  75.5  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 953 aa  75.5  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  36.44 
 
 		 135 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  37.38 
 
 		 109 aa  74.3  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 		 591 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2212  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 122 aa  74.7  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.092497  normal  0.290386 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1358  putative PAS/PAC sensor protein  37.72 
 
 		 404 aa  73.6  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.873442  normal  0.0258422 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 817 aa  73.6  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  33.9 
 
 		 461 aa  73.2  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  32.54 
 
 		 657 aa  72.4  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  38.46 
 
 		 336 aa  72  0.000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 636 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3511  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 384 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.253652 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  37.07 
 
 		 603 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4330  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 127 aa  70.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 472 aa  70.5  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  33.07 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.91 
 
 		 455 aa  68.6  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.15 
 
 		 256 aa  68.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1725  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 499 aa  68.2  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1912  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.181503  normal  0.732361 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  26.57 
 
 		 844 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4302  signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.219335  normal  0.321802 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  39.24 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.06 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1311  putative PAS/PAC sensor protein  36.13 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.187179 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  33.91 
 
 		 153 aa  65.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.87 
 
 		 701 aa  65.9  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.711392  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2282  histidine kinase  34.15 
 
 		 667 aa  65.9  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  37.35 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  37.17 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0066  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 		 377 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.359193  normal  0.0132857 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  27.59 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2576  response regulator receiver domain-containing protein  30.43 
 
 		 122 aa  65.1  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  36.28 
 
 		 125 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.93 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0048  putative PAS/PAC sensor protein  33.06 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0455  response regulator receiver domain-containing protein  32.76 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.21261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.26 
 
 		 457 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4326  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 571 aa  63.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0118  putative PAS/PAC sensor protein  38.14 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3510  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 521 aa  63.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.269968 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2294  response regulator receiver  37.5 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.371138  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2035  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  35.71 
 
 		 199 aa  62.4  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>