More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4399 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4399  two-component response regulator  100 
 
 
267 aa  534  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.042433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2725  two-component response regulator  98.87 
 
 
267 aa  527  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.127392 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5008  two-component response regulator  94.38 
 
 
267 aa  508  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.16011  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2905  two-component response regulator  93.63 
 
 
293 aa  501  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3131  two-component response regulator  93.63 
 
 
267 aa  501  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.734649 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3029  two-component response regulator  93.63 
 
 
267 aa  501  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268272  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4028  two-component response regulator  68.8 
 
 
268 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1388  two-component response regulator  66.92 
 
 
268 aa  358  4e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740256  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4704  two-component response regulator  66.42 
 
 
268 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.868333  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2771  two-component response regulator  67.67 
 
 
268 aa  358  5e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.724162 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1368  two-component response regulator  66.67 
 
 
268 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7001  two-component response regulator  67.19 
 
 
254 aa  344  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.746604 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3570  two-component response regulator  63.53 
 
 
252 aa  327  8e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0286  two-component response regulator  53.9 
 
 
274 aa  288  4e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173395 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2347  two-component response regulator  52.49 
 
 
264 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.177509  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3278  two-component response regulator  52.85 
 
 
264 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442682  hitchhiker  0.00956717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3026  two-component response regulator  52.85 
 
 
264 aa  275  7e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.246349  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3925  two-component response regulator  55.21 
 
 
264 aa  272  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6000  two-component response regulator  52.65 
 
 
264 aa  269  2.9999999999999997e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0089  two-component response regulator  54.24 
 
 
266 aa  269  4e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_004310  BR1657  two-component response regulator  50.57 
 
 
264 aa  268  8.999999999999999e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1246  two-component response regulator  50.96 
 
 
264 aa  267  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.660623  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0337  two-component response regulator  51.7 
 
 
265 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.101907 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0250  two-component response regulator  49.24 
 
 
264 aa  265  5e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1604  two-component response regulator  50.19 
 
 
264 aa  265  8e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3109  two-component response regulator  51.71 
 
 
265 aa  264  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0488  two-component response regulator  52.87 
 
 
265 aa  261  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0052  two-component response regulator  50.37 
 
 
264 aa  257  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2932  two-component response regulator  48.85 
 
 
269 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2703  two-component response regulator  49.02 
 
 
269 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2186  two-component response regulator  49.62 
 
 
264 aa  246  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1274  two-component response regulator  48.08 
 
 
269 aa  245  6e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3285  two-component response regulator  46.3 
 
 
265 aa  240  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0287  two-component response regulator  50.78 
 
 
264 aa  239  4e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.162207  normal  0.615861 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3837  two-component response regulator  51.21 
 
 
271 aa  237  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.539705  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2822  two-component response regulator  48.62 
 
 
267 aa  235  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.230061  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2722  two-component response regulator  49.81 
 
 
273 aa  234  7e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.625093  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3566  two-component response regulator  49.81 
 
 
275 aa  232  5e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2024  two-component response regulator  46.54 
 
 
263 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363014  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3239  two-component response regulator  54.21 
 
 
235 aa  222  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3521  two-component response regulator  42.63 
 
 
249 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1497  putative PAS/PAC sensor protein  36.21 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.506851  normal  0.137069 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0841  response regulator receiver  39.83 
 
 
135 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2285  response regulator receiver  39.66 
 
 
130 aa  80.1  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000158247  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2510  transcriptional regulator  36.84 
 
 
157 aa  78.2  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000843612  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1242  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 
472 aa  78.2  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41521  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
426 aa  76.3  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  39.5 
 
 
603 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1557  response regulator receiver  34.13 
 
 
131 aa  76.6  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000412225  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0893  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
359 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1813  response regulator receiver protein  32.84 
 
 
316 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.445517  normal  0.445863 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2645  putative PAS/PAC sensor protein  33.87 
 
 
336 aa  73.9  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2117  putative PAS/PAC sensor protein  35 
 
 
257 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1460  putative PAS/PAC sensor protein  33.08 
 
 
474 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.81808 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1012  response regulator receiver domain-containing protein  34.91 
 
 
109 aa  72.8  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3448  putative transcriptional regulator  32.5 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.132297  normal  0.0606491 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0616  two component transcriptional regulator  26.92 
 
 
249 aa  72  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0895  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
701 aa  72  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1528  response regulator receiver protein  33.59 
 
 
450 aa  71.6  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00374994  normal  0.77554 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1488  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
450 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.379239 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
953 aa  70.5  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1358  putative PAS/PAC sensor protein  36.97 
 
 
404 aa  70.1  0.00000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.873442  normal  0.0258422 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0428  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 
455 aa  69.3  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2407  response regulator receiver protein  35.77 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2302  response regulator receiver protein  39.32 
 
 
139 aa  68.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2212  response regulator receiver protein  33.91 
 
 
122 aa  68.6  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.092497  normal  0.290386 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  29.85 
 
 
429 aa  67.8  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2637  putative PAS/PAC sensor protein  33.61 
 
 
461 aa  67.4  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2282  histidine kinase  32.79 
 
 
667 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0439  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.89 
 
 
455 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.444664 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1807  putative PAS/PAC sensor protein  36.14 
 
 
258 aa  66.6  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.254511 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.37 
 
 
256 aa  66.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1360  putative PAS/PAC sensor protein  31.5 
 
 
429 aa  66.2  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00110028  hitchhiker  0.000665614 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3118  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  40.19 
 
 
196 aa  65.9  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2677  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 
636 aa  65.5  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068934 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
386 aa  65.9  0.0000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1110  response regulator receiver and ANTAR domain protein  35.65 
 
 
197 aa  65.5  0.0000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0520878  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  30.53 
 
 
657 aa  65.5  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0066  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
377 aa  65.1  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.359193  normal  0.0132857 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
989 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7150  response regulator  35.96 
 
 
146 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.98 
 
 
817 aa  64.7  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2193  response regulator  36.36 
 
 
124 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0128803  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.67 
 
 
245 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6002  response regulator  35.09 
 
 
136 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.282143 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1724  response regulator receiver domain-containing protein  30.23 
 
 
352 aa  63.9  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2933  response regulator receiver and ANTAR domain protein  35.51 
 
 
194 aa  63.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0803562  normal  0.225953 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  31.58 
 
 
844 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2361  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  36.15 
 
 
196 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
591 aa  63.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2485  response regulator  35.09 
 
 
125 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3669  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.82 
 
 
432 aa  63.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1114  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
373 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1725  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
499 aa  63.2  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3039  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
355 aa  63.5  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.610599  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1912  response regulator receiver protein  32.82 
 
 
263 aa  63.2  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.181503  normal  0.732361 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 
989 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4165  hypothetical protein  32.17 
 
 
153 aa  62.8  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4326  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
571 aa  62.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.36 
 
 
481 aa  62.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>