More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4900 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 351 aa  712    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  85.19 
 
 		 351 aa  595  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  62.96 
 
 		 355 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  23.1 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  23.62 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  23.81 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  23.99 
 
 		 322 aa  99  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  23.99 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 		 332 aa  97.4  3e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  25.53 
 
 		 384 aa  96.7  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  22.77 
 
 		 354 aa  96.7  6e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3820  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 515 aa  95.9  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  26.49 
 
 		 367 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0506  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 		 319 aa  95.1  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00221713  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  25.32 
 
 		 873 aa  94  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 335 aa  93.2  6e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0195  radical SAM family protein  20.78 
 
 		 342 aa  88.2  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0173  cofactor modifying protein (cmo)  28.06 
 
 		 301 aa  87.8  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.46 
 
 		 373 aa  86.7  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3588  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 		 446 aa  86.3  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3406  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 		 330 aa  85.9  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  24.56 
 
 		 474 aa  85.5  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0197  radical SAM family protein  21.7 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  24.1 
 
 		 372 aa  84.7  0.000000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.93 
 
 		 372 aa  84.3  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  25.89 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  30.34 
 
 		 450 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  28.94 
 
 		 451 aa  83.2  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.86 
 
 		 380 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2056  Radical SAM domain protein  26.01 
 
 		 340 aa  82.4  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  23.26 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 		 363 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 		 496 aa  80.1  0.00000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2507  radical SAM domain-containing protein  32.97 
 
 		 421 aa  80.1  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0480  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 281 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00535769  hitchhiker  0.00252735 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 427 aa  79  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  23.78 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.41 
 
 		 479 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 		 465 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3016  radical SAM domain-containing protein  37.17 
 
 		 513 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2553  radical SAM family protein  20.76 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0802  radical SAM domain-containing protein  20.92 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.186903  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  21.99 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  30.98 
 
 		 434 aa  76.6  0.0000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0804  hypothetical protein  27.47 
 
 		 342 aa  76.6  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1794  cofactor modifying protein (cmo)  22.08 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.420776 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1519  radical SAM domain-containing protein  23.68 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.85 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.48 
 
 		 378 aa  74.3  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  23.5 
 
 		 428 aa  74.3  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  22.82 
 
 		 359 aa  73.2  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.85 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0438  radical SAM domain-containing protein  23.62 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.777378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  25.99 
 
 		 471 aa  72.8  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1360  Radical SAM domain protein  25.37 
 
 		 445 aa  72.8  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  29.7 
 
 		 399 aa  72.8  0.000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25 
 
 		 368 aa  72.4  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3366  radical SAM family protein  23.66 
 
 		 374 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273275 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  24.12 
 
 		 437 aa  72.4  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.03 
 
 		 381 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 		 358 aa  71.2  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2924  Radical SAM domain protein  25.13 
 
 		 446 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.48 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  31.03 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.32 
 
 		 373 aa  72  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  22.93 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4172  Radical SAM domain protein  26.53 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.43 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.27 
 
 		 392 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1126  Fe-S oxidoreductase  24.47 
 
 		 347 aa  70.9  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2754  radical SAM domain-containing protein  23.49 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1381  radical SAM domain-containing protein  21.52 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.89 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  28.71 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  22.11 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  22.83 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  28.11 
 
 		 367 aa  69.7  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3252  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.6 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2551  radical SAM family protein  21.55 
 
 		 344 aa  69.3  0.00000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.07 
 
 		 375 aa  69.3  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.63 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  22.47 
 
 		 346 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  27.86 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  29.31 
 
 		 391 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.46 
 
 		 375 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  23.75 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2884  Fe-S oxidoreductase  26.4 
 
 		 447 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00154845  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  29.58 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2552  radical SAM family protein  21.88 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.53 
 
 		 373 aa  67.8  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2577  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.014973  unclonable  0.0000162693 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  27.17 
 
 		 381 aa  67.4  0.0000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.62 
 
 		 384 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3544  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.69 
 
 		 464 aa  67.4  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 		 453 aa  67  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3141  Radical SAM domain protein  31.38 
 
 		 441 aa  67.4  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>