More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0205 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 340 aa  716    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  75.59 
 
 		 340 aa  566  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  70.33 
 
 		 341 aa  528  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  69.16 
 
 		 339 aa  512  1e-144  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  31.23 
 
 		 358 aa  189  7e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  31.85 
 
 		 322 aa  187  3e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  31.15 
 
 		 873 aa  152  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  25.31 
 
 		 351 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  24.69 
 
 		 351 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  25.28 
 
 		 355 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0802  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.186903  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0506  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 		 319 aa  106  7e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00221713  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1838  Radical SAM domain protein  24.3 
 
 		 491 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  24.51 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3724  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 355 aa  102  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  23.91 
 
 		 332 aa  102  9e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2754  radical SAM domain-containing protein  21.88 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0885  glycosyltransferase  37.19 
 
 		 392 aa  99.4  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.356928  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1217  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3345  radical SAM domain-containing protein  23.23 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1326  hypothetical protein  24.92 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0224562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  23.96 
 
 		 384 aa  94.4  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2224  Radical SAM domain protein  26.45 
 
 		 329 aa  93.6  4e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  23.78 
 
 		 347 aa  90.9  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  31.02 
 
 		 434 aa  89  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 		 317 aa  88.6  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  25.24 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3252  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.13 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 		 474 aa  87  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0419  Fe-S oxidoreductase-like protein  26.98 
 
 		 284 aa  87  4e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.399377  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  29.28 
 
 		 413 aa  86.7  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2743  radical SAM family protein  23.41 
 
 		 335 aa  86.3  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  31.79 
 
 		 565 aa  86.7  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2787  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 307 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0411  Radical SAM domain protein  26.28 
 
 		 356 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  24.51 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2551  radical SAM family protein  25 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.35 
 
 		 397 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  30.98 
 
 		 382 aa  84  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0480  Radical SAM domain protein  22.7 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00535769  hitchhiker  0.00252735 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  22.1 
 
 		 479 aa  83.6  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  25.64 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  22.91 
 
 		 377 aa  83.2  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25 
 
 		 349 aa  82  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  24.61 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  28.74 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.23 
 
 		 398 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  24.05 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 		 451 aa  80.5  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2056  Radical SAM domain protein  22.12 
 
 		 340 aa  80.5  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  29.19 
 
 		 335 aa  80.1  0.00000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  24.03 
 
 		 399 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1794  cofactor modifying protein (cmo)  22.11 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.420776 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.62 
 
 		 501 aa  79.3  0.00000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  22.03 
 
 		 496 aa  79.3  0.00000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  29.02 
 
 		 491 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.91 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  27.07 
 
 		 394 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1425  radical SAM family Fe-S protein  25.52 
 
 		 403 aa  79  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  21.9 
 
 		 480 aa  78.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  23.62 
 
 		 428 aa  78.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  25.61 
 
 		 330 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2507  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 		 421 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  23.53 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  23.73 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 		 414 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.19 
 
 		 414 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  23.08 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0369  radical SAM domain-containing protein  23 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.722387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  23.01 
 
 		 450 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2394  radical SAM domain protein  30.22 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0630696  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0761  radical SAM family protein  22.82 
 
 		 503 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.510153  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  27.13 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.77 
 
 		 378 aa  77  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  24.84 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  22.32 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  23.66 
 
 		 358 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  24.75 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  27.86 
 
 		 391 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  28.73 
 
 		 390 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  22.63 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  24.68 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.53 
 
 		 395 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  25.42 
 
 		 401 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 		 401 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 		 401 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  23.66 
 
 		 358 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1381  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 		 345 aa  75.5  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  25.17 
 
 		 378 aa  74.7  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 		 471 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2884  Fe-S oxidoreductase  26.18 
 
 		 447 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00154845  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.23 
 
 		 370 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3342  radical SAM domain-containing protein  22.78 
 
 		 359 aa  73.6  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 		 399 aa  72.8  0.000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>