More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2556 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  100 
 
 		 337 aa  699    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2551  radical SAM family protein  48.39 
 
 		 344 aa  345  5e-94  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4173  Radical SAM domain protein  39.26 
 
 		 344 aa  259  7e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2552  radical SAM family protein  40.56 
 
 		 340 aa  252  6e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3342  radical SAM domain-containing protein  37.76 
 
 		 359 aa  240  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4172  Radical SAM domain protein  35.55 
 
 		 338 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2553  radical SAM family protein  35.24 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  34.43 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4175  Radical SAM domain protein  33.94 
 
 		 342 aa  193  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3345  radical SAM domain-containing protein  34.57 
 
 		 338 aa  189  7e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1126  Fe-S oxidoreductase  25.93 
 
 		 347 aa  99.4  8e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  22.44 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3724  Radical SAM domain protein  28.62 
 
 		 355 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0411  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  23.4 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  23.4 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  26.21 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  26.23 
 
 		 341 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2754  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0506  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00221713  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3406  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  20.94 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  21.94 
 
 		 355 aa  76.3  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  24.68 
 
 		 340 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3252  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.7 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  21.45 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0419  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.91 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.399377  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0804  hypothetical protein  25.08 
 
 		 342 aa  71.2  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0904  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.81 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0102552  normal  0.0824176 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0969  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.09 
 
 		 373 aa  70.1  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112196  normal  0.243717 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  33.64 
 
 		 372 aa  69.3  0.00000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  25.73 
 
 		 340 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  32.12 
 
 		 394 aa  67  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 		 450 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1039  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.65 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0802  radical SAM domain-containing protein  22.63 
 
 		 349 aa  66.6  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.186903  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0195  radical SAM family protein  25.08 
 
 		 342 aa  66.2  0.0000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2766  radical SAM family Fe-S protein  31.82 
 
 		 340 aa  66.2  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1586  radical SAM family protein  30.12 
 
 		 356 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01021  hypothetical protein  29.3 
 
 		 373 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.816192 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  23.85 
 
 		 354 aa  64.3  0.000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2224  Radical SAM domain protein  19.87 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  25.73 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.49 
 
 		 479 aa  63.2  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  29.37 
 
 		 384 aa  62.8  0.000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2787  radical SAM domain-containing protein  23.44 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  23.47 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  27.54 
 
 		 445 aa  62.4  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  32.14 
 
 		 398 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0197  radical SAM family protein  22.36 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2353  Radical SAM domain protein  22.04 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  33.63 
 
 		 391 aa  61.2  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0734  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  33.62 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  26.19 
 
 		 323 aa  60.5  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  34.82 
 
 		 390 aa  60.5  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  20.83 
 
 		 347 aa  59.7  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  36.61 
 
 		 399 aa  59.7  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.84 
 
 		 380 aa  59.7  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  22.82 
 
 		 373 aa  59.7  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1762  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.06 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.114768 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.84 
 
 		 380 aa  59.3  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0328  Radical SAM domain protein  30.14 
 
 		 468 aa  59.3  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0774  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.26 
 
 		 384 aa  59.3  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.57 
 
 		 380 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3677  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.17 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.101146  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  22.03 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  35.4 
 
 		 394 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0173  cofactor modifying protein (cmo)  28.36 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  26.32 
 
 		 330 aa  59.3  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1648  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  26.94 
 
 		 362 aa  59.3  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.918642  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3584  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.31 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2743  radical SAM family protein  17.76 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4676  Radical SAM domain-containing protein  28.03 
 
 		 434 aa  58.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.100099  normal  0.0397095 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2659  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.99 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00949388  normal  0.0744844 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  20.53 
 
 		 389 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3363  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.31 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.521865  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3327  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.31 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00708242  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3277  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.31 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.589823  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0776  Fe-S oxidoreductase-like  23.53 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3577  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.31 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3627  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.31 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44970  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.43 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3594  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.31 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2804  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.37 
 
 		 341 aa  57.4  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.933845  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3820  Radical SAM domain protein  22.78 
 
 		 515 aa  57.4  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1468  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.3 
 
 		 388 aa  57  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.724446  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  28.48 
 
 		 333 aa  57.4  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01630  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  30.07 
 
 		 333 aa  57  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.78 
 
 		 391 aa  57.4  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.18 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 474 aa  57  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0726  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.33 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00130382 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  29.68 
 
 		 409 aa  56.6  0.0000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1640  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.31 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6334  Radical SAM domain protein  30.37 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0725918  hitchhiker  0.00194618 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4465  ABC transporter related  30.83 
 
 		 649 aa  56.6  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6508  Radical SAM domain protein  20.44 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.969716  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  35.71 
 
 		 410 aa  56.2  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>