More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0195 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0195  radical SAM family protein  100 
 
 
342 aa  696    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  22.38 
 
 
351 aa  87  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6508  Radical SAM domain protein  18.35 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.969716  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  20.12 
 
 
351 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 
491 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 
491 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  23.97 
 
 
491 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 
491 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 
491 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 
491 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 
491 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0121  Radical SAM domain protein  25.79 
 
 
381 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  23.34 
 
 
482 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  23.03 
 
 
491 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  22.78 
 
 
349 aa  72.4  0.000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  22.08 
 
 
487 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1392  Radical SAM domain protein  31.34 
 
 
377 aa  72  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.358724 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  23.76 
 
 
474 aa  70.9  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  23.67 
 
 
349 aa  70.1  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  24.3 
 
 
354 aa  68.6  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  21.13 
 
 
355 aa  68.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  22.88 
 
 
368 aa  68.6  0.0000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  23.17 
 
 
332 aa  68.2  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0608  coenzyme PQQ synthesis protein E  25 
 
 
330 aa  67.4  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.051547  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  22.78 
 
 
491 aa  67  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  25.08 
 
 
337 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  19.94 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3252  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.41 
 
 
313 aa  65.9  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  20.35 
 
 
347 aa  65.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  27.47 
 
 
413 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  24.53 
 
 
367 aa  63.9  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  21.65 
 
 
325 aa  63.2  0.000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  21.55 
 
 
387 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  21.55 
 
 
387 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  20.29 
 
 
397 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  20.83 
 
 
399 aa  62.4  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  22.19 
 
 
399 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  23.64 
 
 
399 aa  61.6  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  21.45 
 
 
496 aa  61.6  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  21.38 
 
 
422 aa  62  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  21.91 
 
 
378 aa  61.6  0.00000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0734  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  29.86 
 
 
333 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  22.19 
 
 
420 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  20.81 
 
 
339 aa  60.8  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  20.12 
 
 
405 aa  60.5  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  18.88 
 
 
367 aa  60.8  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  21.04 
 
 
369 aa  60.1  0.00000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  18.71 
 
 
341 aa  60.1  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  20.43 
 
 
384 aa  60.1  0.00000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  22.89 
 
 
346 aa  59.7  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  21 
 
 
381 aa  60.1  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  21.32 
 
 
370 aa  59.3  0.00000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  22.07 
 
 
423 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0368  radical SAM domain-containing protein  24.83 
 
 
574 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  24 
 
 
323 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  22.07 
 
 
423 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  25.31 
 
 
337 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  17.92 
 
 
372 aa  58.9  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1337  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  22.78 
 
 
308 aa  58.2  0.0000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0490637  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0804  hypothetical protein  23.08 
 
 
342 aa  57.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  26.94 
 
 
379 aa  58.5  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  19.64 
 
 
359 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4172  Radical SAM domain protein  20.94 
 
 
338 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  20.83 
 
 
350 aa  57.8  0.0000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  25 
 
 
397 aa  57.8  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  19.47 
 
 
414 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1486  radical SAM family protein  26.9 
 
 
292 aa  57.8  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  23.5 
 
 
323 aa  57.4  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2953  Radical SAM domain protein  20 
 
 
439 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3342  radical SAM domain-containing protein  27.04 
 
 
359 aa  57.4  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  18.41 
 
 
370 aa  57  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  20.92 
 
 
347 aa  56.6  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  21.27 
 
 
331 aa  56.6  0.0000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  24.19 
 
 
319 aa  57  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  24.43 
 
 
395 aa  56.6  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1036  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.97 
 
 
298 aa  56.6  0.0000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.643895  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1590  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.4 
 
 
298 aa  56.2  0.0000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.370128  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  19.56 
 
 
327 aa  56.2  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1445  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.78 
 
 
297 aa  56.2  0.0000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  22.44 
 
 
397 aa  55.5  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  22.26 
 
 
399 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1951  radical SAM family Fe-S protein  24.31 
 
 
326 aa  55.5  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 
368 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  19.53 
 
 
398 aa  55.8  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1609  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  22.22 
 
 
317 aa  55.1  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  23.46 
 
 
407 aa  55.1  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  20.99 
 
 
404 aa  55.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  19.02 
 
 
414 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1674  Radical SAM domain protein  24.17 
 
 
326 aa  54.7  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0672  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.51 
 
 
332 aa  54.3  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  23.86 
 
 
367 aa  54.3  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1064  radical SAM domain-containing protein  21.62 
 
 
365 aa  54.3  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.468822  normal  0.968223 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  18.92 
 
 
398 aa  54.3  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  23.93 
 
 
394 aa  54.3  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5883  radical SAM domain-containing protein  25.43 
 
 
332 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0322  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.07 
 
 
298 aa  53.9  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0894  radical SAM domain-containing protein  24.18 
 
 
320 aa  53.9  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.192099  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  22.39 
 
 
377 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  23.63 
 
 
468 aa  53.5  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1390  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.44 
 
 
296 aa  53.5  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.212128  normal  0.415748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>