245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3724 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3724  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 355 aa  742    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0411  Radical SAM domain protein  60.4 
 
 		 356 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.239535 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  28.03 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3345  radical SAM domain-containing protein  28.42 
 
 		 338 aa  98.2  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  26.28 
 
 		 340 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  28.33 
 
 		 338 aa  94  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  24.66 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  23.39 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0506  radical SAM domain-containing protein  24.65 
 
 		 319 aa  90.1  5e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00221713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3342  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 		 359 aa  89.4  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3252  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.25 
 
 		 313 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4173  Radical SAM domain protein  25.68 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  28.62 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0369  radical SAM domain-containing protein  25.09 
 
 		 317 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.722387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2224  Radical SAM domain protein  23.63 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  24.52 
 
 		 355 aa  72.8  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2754  radical SAM domain-containing protein  22.65 
 
 		 332 aa  72  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2743  radical SAM family protein  25.36 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  23.78 
 
 		 873 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1849  Radical SAM domain protein  23.3 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0419  Fe-S oxidoreductase-like protein  30.4 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.399377  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2553  radical SAM family protein  26.1 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  24.44 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  24.44 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1326  hypothetical protein  27.67 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0224562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2551  radical SAM family protein  22.83 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0802  radical SAM domain-containing protein  23.49 
 
 		 349 aa  66.2  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.186903  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  27.23 
 
 		 397 aa  66.2  0.0000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1126  Fe-S oxidoreductase  23.36 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2353  Radical SAM domain protein  25.18 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  29.45 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  28.67 
 
 		 434 aa  63.9  0.000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 		 446 aa  63.9  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0804  hypothetical protein  22.55 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  28.17 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  28.77 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  31.61 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 		 384 aa  60.5  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  28.97 
 
 		 479 aa  60.5  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  32.86 
 
 		 394 aa  59.7  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 		 390 aa  59.3  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  31.37 
 
 		 465 aa  59.3  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3016  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 513 aa  59.7  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1381  radical SAM domain-containing protein  27.63 
 
 		 345 aa  59.3  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2787  radical SAM domain-containing protein  21.4 
 
 		 307 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0885  glycosyltransferase  28.23 
 
 		 392 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.356928  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2817  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 		 340 aa  57.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0580  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 513 aa  57.4  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.720942  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  28.24 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1889  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 		 441 aa  57.8  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  30.41 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 451 aa  57  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 471 aa  57.4  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3406  radical SAM domain-containing protein  23.84 
 
 		 330 aa  57  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2991  Radical SAM domain protein  26.8 
 
 		 397 aa  56.6  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  27.97 
 
 		 422 aa  56.6  0.0000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3820  Radical SAM domain protein  21.93 
 
 		 515 aa  56.6  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0368  radical SAM domain-containing protein  21.79 
 
 		 574 aa  56.6  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  27.6 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  28 
 
 		 437 aa  56.2  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  32.17 
 
 		 334 aa  55.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 		 399 aa  55.5  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  31.21 
 
 		 333 aa  55.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3080  Radical SAM domain protein  27.06 
 
 		 351 aa  55.8  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  27.59 
 
 		 379 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4175  Radical SAM domain protein  24.16 
 
 		 342 aa  54.7  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01021  hypothetical protein  26.56 
 
 		 373 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.816192 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 411 aa  54.3  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1690  radical SAM family protein  28.67 
 
 		 330 aa  54.3  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000452598  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 351 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 		 406 aa  53.9  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 		 406 aa  53.9  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18370  predicted Fe-S oxidoreductase  27.07 
 
 		 384 aa  53.9  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  27.63 
 
 		 375 aa  53.1  0.000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0761  radical SAM family protein  23.34 
 
 		 503 aa  53.5  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.510153  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  27.59 
 
 		 402 aa  53.1  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  26.13 
 
 		 395 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 		 399 aa  53.1  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  24.62 
 
 		 387 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6334  Radical SAM domain protein  24.22 
 
 		 419 aa  52.8  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0725918  hitchhiker  0.00194618 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 		 393 aa  52.8  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 		 396 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  27.33 
 
 		 393 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  29.82 
 
 		 401 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0793  radical SAM family Fe-S protein  23.53 
 
 		 706 aa  52.4  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.768021  normal  0.693881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0881  radical SAM family Fe-S protein  29.46 
 
 		 351 aa  52.4  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.730435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  29.82 
 
 		 401 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  24.62 
 
 		 387 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1064  radical SAM domain-containing protein  25.61 
 
 		 365 aa  52.8  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.468822  normal  0.968223 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  27.59 
 
 		 407 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  29.82 
 
 		 401 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1217  Radical SAM domain protein  22.52 
 
 		 343 aa  51.6  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.09 
 
 		 394 aa  51.6  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 409 aa  51.2  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  30.28 
 
 		 468 aa  51.6  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>