More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0952 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  100 
 
 
437 aa  904    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3588  radical SAM domain-containing protein  44.94 
 
 
446 aa  402  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2413  radical SAM domain-containing protein  43.13 
 
 
445 aa  385  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336702  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  43.06 
 
 
450 aa  382  1e-105  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  41.8 
 
 
465 aa  383  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  41.88 
 
 
451 aa  382  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2507  radical SAM domain-containing protein  44.56 
 
 
421 aa  372  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0433  radical SAM domain-containing protein  44.04 
 
 
433 aa  366  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2924  Radical SAM domain protein  39.63 
 
 
446 aa  360  2e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1360  Radical SAM domain protein  39.63 
 
 
445 aa  358  9.999999999999999e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2884  Fe-S oxidoreductase  41.22 
 
 
447 aa  355  6.999999999999999e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00154845  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  37.9 
 
 
471 aa  349  6e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3051  Radical SAM domain protein  35.76 
 
 
461 aa  290  4e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.684834  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3016  radical SAM domain-containing protein  40.78 
 
 
513 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  30.73 
 
 
434 aa  203  5e-51  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  36.5 
 
 
372 aa  96.3  9e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1381  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 
345 aa  94.7  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 
384 aa  85.9  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  28.63 
 
 
335 aa  83.2  0.000000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2559  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.02 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2189  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.02 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.28518  hitchhiker  0.000000328904 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2056  Radical SAM domain protein  22.54 
 
 
340 aa  80.9  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  29.95 
 
 
399 aa  80.5  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  30 
 
 
428 aa  78.2  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 
355 aa  77  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1690  radical SAM family protein  29.78 
 
 
330 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000452598  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0438  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 
390 aa  76.6  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.777378  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1148  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.77 
 
 
298 aa  75.1  0.000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0173  cofactor modifying protein (cmo)  33.81 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  24.88 
 
 
428 aa  74.3  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1838  Radical SAM domain protein  30.62 
 
 
491 aa  73.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  28.64 
 
 
429 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0056  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.47 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0808361  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0260  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.16 
 
 
331 aa  73.2  0.000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.678678  normal  0.916365 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  31.02 
 
 
387 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 
340 aa  72  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 
351 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  23.18 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 
351 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 
340 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  28.5 
 
 
363 aa  71.6  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 
393 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2553  radical SAM family protein  31.11 
 
 
341 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  22.88 
 
 
474 aa  70.9  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  33.86 
 
 
407 aa  70.9  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  29.28 
 
 
339 aa  70.9  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  23.96 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1126  Fe-S oxidoreductase  32.59 
 
 
347 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2991  Radical SAM domain protein  29.83 
 
 
397 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 
873 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2577  radical SAM domain-containing protein  26.72 
 
 
371 aa  68.2  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.014973  unclonable  0.0000162693 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25 
 
 
399 aa  67.4  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  24.21 
 
 
358 aa  67.8  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  24.21 
 
 
322 aa  67.8  0.0000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3366  radical SAM family protein  28.07 
 
 
374 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0273275 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  24.27 
 
 
413 aa  67.8  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1794  cofactor modifying protein (cmo)  24.31 
 
 
311 aa  67.8  0.0000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.420776 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.74 
 
 
380 aa  67.4  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
347 aa  67  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3820  Radical SAM domain protein  24.34 
 
 
515 aa  67  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0726  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.03 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130382 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4175  Radical SAM domain protein  33.09 
 
 
342 aa  66.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  30 
 
 
382 aa  66.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  31.41 
 
 
387 aa  66.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  22.69 
 
 
411 aa  66.2  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  30.81 
 
 
330 aa  66.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1586  radical SAM family protein  22.73 
 
 
356 aa  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  34.93 
 
 
409 aa  65.9  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  27.54 
 
 
380 aa  65.1  0.000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  23.63 
 
 
349 aa  65.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.4 
 
 
479 aa  65.9  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  23.98 
 
 
346 aa  65.5  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  29.03 
 
 
398 aa  65.9  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  23.44 
 
 
404 aa  64.7  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13850  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28 
 
 
329 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.254776  normal  0.121323 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1233  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  35.42 
 
 
365 aa  64.7  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.63882  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  24.27 
 
 
496 aa  64.7  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1190  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.1 
 
 
332 aa  64.3  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.708354  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1239  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.56 
 
 
329 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2224  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 
329 aa  64.3  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  27.75 
 
 
397 aa  64.3  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34160  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  34.68 
 
 
339 aa  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.142269  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  27.5 
 
 
404 aa  63.5  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 
331 aa  63.2  0.000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 
384 aa  63.2  0.000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  30.53 
 
 
265 aa  62.8  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  27.98 
 
 
359 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  33.1 
 
 
332 aa  62.8  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3252  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.56 
 
 
313 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0369  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.35 
 
 
321 aa  62.4  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  25.91 
 
 
380 aa  62.4  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4173  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
344 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0363  radical SAM domain-containing protein  27.75 
 
 
327 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.411689  normal  0.816586 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0301  radical SAM:molybdenum cofactor synthesis-like  31.43 
 
 
326 aa  62  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2766  radical SAM family Fe-S protein  35.34 
 
 
340 aa  62  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2270  radical SAM domain-containing protein  27.6 
 
 
345 aa  62  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.158683 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3342  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 
359 aa  62  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  28.12 
 
 
393 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>