More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1360 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2924  Radical SAM domain protein  95.51 
 
 		 446 aa  889    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2413  radical SAM domain-containing protein  68.71 
 
 		 445 aa  659    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336702  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1360  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 445 aa  924    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3588  radical SAM domain-containing protein  53.66 
 
 		 446 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0433  radical SAM domain-containing protein  51.71 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  47.67 
 
 		 465 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  42 
 
 		 451 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2507  radical SAM domain-containing protein  49.36 
 
 		 421 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2884  Fe-S oxidoreductase  44.06 
 
 		 447 aa  402  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00154845  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  40.26 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  41.99 
 
 		 450 aa  379  1e-104  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  39.63 
 
 		 437 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3051  Radical SAM domain protein  38.62 
 
 		 461 aa  335  1e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.684834  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3016  radical SAM domain-containing protein  37.54 
 
 		 513 aa  223  6e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  28.15 
 
 		 434 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1381  radical SAM domain-containing protein  23.98 
 
 		 345 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  27.12 
 
 		 372 aa  123  8e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 		 367 aa  88.2  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 		 384 aa  86.7  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  28.64 
 
 		 351 aa  86.3  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 		 355 aa  86.3  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2991  Radical SAM domain protein  33.68 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1148  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.06 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  25 
 
 		 358 aa  76.6  0.0000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  25.1 
 
 		 873 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0438  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 390 aa  75.1  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.777378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  25.65 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2056  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 340 aa  72  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1476  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.21 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  21.9 
 
 		 428 aa  70.1  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  26.4 
 
 		 404 aa  70.1  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1794  cofactor modifying protein (cmo)  24.46 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.420776 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3820  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 		 515 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1217  Radical SAM domain protein  25.97 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 		 395 aa  67.8  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1233  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.05 
 
 		 365 aa  67.8  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.63882  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  23.89 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 398 aa  67  0.0000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0322  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27 
 
 		 298 aa  65.9  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.42 
 
 		 373 aa  65.9  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  20.31 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  23.42 
 
 		 394 aa  64.3  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1706  radical SAM domain-containing protein  32.37 
 
 		 516 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971724  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  28.65 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  28.67 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  28.72 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1590  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.34 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.370128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2189  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.59 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.28518  hitchhiker  0.000000328904 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1124  Fe-S oxidoreductases  32.82 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2743  radical SAM family protein  23.98 
 
 		 335 aa  63.2  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2559  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.59 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1036  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.643895  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  29.21 
 
 		 387 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3141  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 		 441 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  28.09 
 
 		 387 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  22.04 
 
 		 341 aa  62.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  28.57 
 
 		 413 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2224  Radical SAM domain protein  24.62 
 
 		 329 aa  62  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3544  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.99 
 
 		 464 aa  61.6  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  22.08 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  25.97 
 
 		 399 aa  61.2  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  22.36 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2295  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.71 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  24.3 
 
 		 496 aa  60.5  0.00000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0363  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.411689  normal  0.816586 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2557  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.4 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  25.36 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0506  radical SAM domain-containing protein  24.73 
 
 		 319 aa  59.7  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00221713  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1339  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.34 
 
 		 326 aa  59.3  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  21.93 
 
 		 332 aa  59.7  0.0000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  27.37 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.4 
 
 		 399 aa  58.9  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.96 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1555  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.39 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0700995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  21.13 
 
 		 340 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0416  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.13 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.315113  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2073  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.55 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292381  normal  0.516517 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  25.28 
 
 		 402 aa  58.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34160  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  27.73 
 
 		 339 aa  58.2  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.142269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2615  Radical SAM domain protein  31.02 
 
 		 471 aa  57.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19300  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  28.79 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00282794  normal  0.0296768 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  25.14 
 
 		 391 aa  57.8  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1639  molybdenum cofactor synthesis domain-containing protein  30.17 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.687552  normal  0.777233 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0597  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.9 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  25.14 
 
 		 410 aa  57.4  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.57 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2190  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.35 
 
 		 318 aa  57  0.0000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  21.26 
 
 		 377 aa  57  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2102  Radical SAM domain protein  27.62 
 
 		 548 aa  56.6  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  24.58 
 
 		 399 aa  56.6  0.0000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  28.96 
 
 		 428 aa  56.6  0.0000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4147  molybdenum cofactor synthesis-like  30.9 
 
 		 322 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.115526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3342  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 359 aa  56.2  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2567  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.99 
 
 		 333 aa  56.2  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.324363  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1582  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.53 
 
 		 349 aa  56.2  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.519622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  24.47 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2577  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 371 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.014973  unclonable  0.0000162693 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2357  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  28.42 
 
 		 331 aa  55.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.719976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>