More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1975 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_1975  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
285 aa  578  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.438407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2342  RNA polymerase sigm-70 factor family  100 
 
 
285 aa  578  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.127683  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1213  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.19 
 
 
324 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0677  RNA polymerase sigma-38 factor RpoS  36.96 
 
 
322 aa  159  4e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.632708  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002516  RNA polymerase sigma factor RpoS  37.8 
 
 
328 aa  158  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03517  hypothetical protein  37.8 
 
 
328 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1436  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  39.15 
 
 
344 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.121871  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17480  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.74 
 
 
334 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38680  RNA polymerase sigma factor RpoS  36.36 
 
 
334 aa  155  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2749  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.36 
 
 
326 aa  155  6e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3432  RNA polymerase sigma-38 factor  37.5 
 
 
326 aa  155  8e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3342  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.6 
 
 
322 aa  155  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101192  unclonable  0.0000000171583 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0062  RNA polymerase sigma factor RpoS  36.98 
 
 
335 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1123  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.5 
 
 
326 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1194  RNA polymerase, sigma 28 subunit  37.5 
 
 
326 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1124  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  37.5 
 
 
326 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1193  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.6 
 
 
322 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3271  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.98 
 
 
326 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.589431  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1245  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.98 
 
 
326 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.411027  unclonable  0.00000000000310525 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3128  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.98 
 
 
326 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3119  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.4 
 
 
326 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1517  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.36 
 
 
344 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1204  RNA polymerase sigma factor RpoS  36.74 
 
 
327 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3020  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.36 
 
 
335 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000209414 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3864  RNA polymerase, sigma 28 subunit  36.19 
 
 
327 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404406  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1044  RNA polymerase sigma-38 factor  36.23 
 
 
327 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1079  RNA polymerase sigma factor RpoS  36.6 
 
 
296 aa  152  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1060  RNA polymerase, sigma 28 subunit  36.22 
 
 
323 aa  152  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0331  RNA polymerase sigma factor  37.45 
 
 
352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2631  sigma 28 (flagella/sporulation)  36.4 
 
 
325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1298  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.19 
 
 
323 aa  152  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.915931  hitchhiker  0.00000000172563 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1861  RNA polymerase sigma factor RpoS  37.45 
 
 
352 aa  152  7e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1374  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.74 
 
 
335 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247864  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0930  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.94 
 
 
332 aa  151  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0470  RNA polymerase sigma-38 factor  36.76 
 
 
317 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1565  RNA polymerase sigma-38 factor  35.74 
 
 
335 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.651604  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0630  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  36.76 
 
 
317 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03727  sigma S (sigma 38) factor of RNA polymerase, major sigma factor during stationary phase  37.02 
 
 
330 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0958  RNA polymerase sigma factor RpoS  36.26 
 
 
332 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4052  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.74 
 
 
335 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.320425  hitchhiker  0.00000000847368 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1253  RNA polymerase sigma factor RpoS  34.83 
 
 
333 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0395454  normal  0.0329408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1623  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.74 
 
 
335 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406084  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1132  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.74 
 
 
335 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1177  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.74 
 
 
335 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3293  RNA polymerase sigma factor RpoS  36.26 
 
 
332 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3425  RNA polymerase sigma factor RpoS  36.26 
 
 
332 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43603  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4154  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.74 
 
 
335 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.07893 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02591  RNA polymerase sigma factor  35.88 
 
 
330 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3042  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2866  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3212  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.487557  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2879  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.841481  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3992  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02556  hypothetical protein  35.88 
 
 
330 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0947  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  35.88 
 
 
330 aa  149  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10987  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3113  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3074  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.232347  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3233  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3129  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
330 aa  149  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0872  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.5 
 
 
330 aa  149  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0832  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.88 
 
 
332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0423608 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2506  RNA polymerase sigma subunit RpoS (sigma-38)  35.41 
 
 
321 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3348  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.5 
 
 
330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3505  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.5 
 
 
330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0841  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.91 
 
 
330 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1825  RNA polymerase, sigma 28 subunit  36.68 
 
 
342 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1427  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.21 
 
 
336 aa  144  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.818946  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0365  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  33.7 
 
 
338 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0183  RpoS  33.84 
 
 
321 aa  143  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.122564  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1944  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  35.58 
 
 
343 aa  143  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000945772  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0879  RNA polymerase, sigma 28 subunit  35.63 
 
 
365 aa  143  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1308  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.12 
 
 
338 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1284  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  37.55 
 
 
359 aa  142  8e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.920769  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1008  RNA polymerase, sigma 28 subunit  36.96 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000100967  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1255  RNA polymerase sigma S (sigma-38) factor transcription regulator protein  33.84 
 
 
343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.286023 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  32.06 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0522379  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1430  DNA-directed RNA polymerase, sigma 70/sigma 32 subunit  31.5 
 
 
347 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000837712  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1343  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.92 
 
 
407 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000691641  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1343  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.92 
 
 
407 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000061259  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0838  RNA polymerase sigma factor RpoS  35.46 
 
 
316 aa  138  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  0.419056 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0498  RNA polymerase sigma factor RpoS  34.25 
 
 
317 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.509946  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0431  RpoD family RNA polymerase sigma factor  32 
 
 
372 aa  136  4e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2306  RNA polymerase, sigma 28 subunit  33.73 
 
 
366 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.136108  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0650  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.83 
 
 
418 aa  135  8e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2115  RNA polymerase sigma factor RpoS  32.68 
 
 
386 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213085  normal  0.555888 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2521  RNA polymerase sigma factor RpoS  31.88 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00206126  normal  0.016684 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1029  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2095  RNA polymerase sigma factor RpoS  32.68 
 
 
391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2943  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  30.34 
 
 
387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.0053335  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  34.25 
 
 
295 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4683  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  33.22 
 
 
367 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2739  RpoD family RNA polymerase sigma factor  32.42 
 
 
323 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103516  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0757  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  35.37 
 
 
326 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18311  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.39 
 
 
338 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0114  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  34.71 
 
 
344 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1208  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  34.87 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.10341  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1231  RNA polymerase, sigma 28 subunit  35.38 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.927052  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  36.4 
 
 
339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.231535  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1785  RNA polymerase sigma-70 factor  33.33 
 
 
287 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000910487  normal  0.104355 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>