More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1427 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_1427  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 		 336 aa  679    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.818946  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1825  RNA polymerase, sigma 28 subunit  80.21 
 
 		 342 aa  463  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3020  RNA polymerase sigma factor RpoS  60.43 
 
 		 335 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000209414 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17480  RNA polymerase sigma factor RpoS  61.25 
 
 		 334 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1132  RNA polymerase sigma factor RpoS  62.95 
 
 		 335 aa  381  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1517  RNA polymerase sigma factor RpoS  60.94 
 
 		 344 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1623  RNA polymerase sigma factor RpoS  67.64 
 
 		 335 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406084  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38680  RNA polymerase sigma factor RpoS  67.64 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4052  RNA polymerase sigma factor RpoS  67.64 
 
 		 335 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.320425  hitchhiker  0.00000000847368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1177  RNA polymerase sigma factor RpoS  67.64 
 
 		 335 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4154  RNA polymerase sigma factor RpoS  67.64 
 
 		 335 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.07893 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1565  RNA polymerase sigma-38 factor  66.91 
 
 		 335 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.651604  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1436  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  68.25 
 
 		 344 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.121871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1374  RNA polymerase sigma factor RpoS  66.91 
 
 		 335 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1253  RNA polymerase sigma factor RpoS  61.04 
 
 		 333 aa  377  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0395454  normal  0.0329408 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3425  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.88 
 
 		 332 aa  371  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43603  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0958  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.88 
 
 		 332 aa  372  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3293  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.88 
 
 		 332 aa  371  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02591  RNA polymerase sigma factor  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3233  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0947  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0832  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.57 
 
 		 332 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0423608 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.841481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3992  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2631  sigma 28 (flagella/sporulation)  63.6 
 
 		 325 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002516  RNA polymerase sigma factor RpoS  64.63 
 
 		 328 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2879  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3113  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3129  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2866  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3042  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02556  hypothetical protein  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0930  RpoD family RNA polymerase sigma factor  65.33 
 
 		 332 aa  368  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3074  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.232347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3212  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.25 
 
 		 330 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.487557  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03517  hypothetical protein  66.67 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03727  sigma S (sigma 38) factor of RNA polymerase, major sigma factor during stationary phase  67.52 
 
 		 330 aa  365  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0677  RNA polymerase sigma-38 factor RpoS  58.96 
 
 		 322 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.632708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0062  RNA polymerase sigma factor RpoS  66.3 
 
 		 335 aa  365  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1245  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  66.06 
 
 		 326 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.411027  unclonable  0.00000000000310525 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3128  RpoD family RNA polymerase sigma factor  66.06 
 
 		 326 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3271  RpoD family RNA polymerase sigma factor  66.06 
 
 		 326 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.589431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0872  RNA polymerase sigma factor RpoS  64.54 
 
 		 330 aa  364  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3432  RNA polymerase sigma-38 factor  59.12 
 
 		 326 aa  363  2e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2506  RNA polymerase sigma subunit RpoS (sigma-38)  59.42 
 
 		 321 aa  362  3e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3348  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.82 
 
 		 330 aa  362  4e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1123  RNA polymerase, sigma 28 subunit  58.81 
 
 		 326 aa  362  4e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1194  RNA polymerase, sigma 28 subunit  58.81 
 
 		 326 aa  362  4e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1124  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  58.81 
 
 		 326 aa  362  4e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3505  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.82 
 
 		 330 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1204  RNA polymerase sigma factor RpoS  65.33 
 
 		 327 aa  362  6e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0841  RNA polymerase sigma factor RpoS  64.18 
 
 		 330 aa  361  9e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1044  RNA polymerase sigma-38 factor  65.33 
 
 		 327 aa  360  1e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3119  RpoD family RNA polymerase sigma factor  65.69 
 
 		 326 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1213  RpoD family RNA polymerase sigma factor  64.96 
 
 		 324 aa  359  3e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3864  RNA polymerase, sigma 28 subunit  64.79 
 
 		 327 aa  359  4e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404406  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1298  RpoD family RNA polymerase sigma factor  64.6 
 
 		 323 aa  358  6e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.915931  hitchhiker  0.00000000172563 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1193  RpoD family RNA polymerase sigma factor  64.96 
 
 		 322 aa  358  9e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3342  RpoD family RNA polymerase sigma factor  64.6 
 
 		 322 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101192  unclonable  0.0000000171583 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2749  RpoD family RNA polymerase sigma factor  64.96 
 
 		 326 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1060  RNA polymerase, sigma 28 subunit  56.71 
 
 		 323 aa  355  5e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1079  RNA polymerase sigma factor RpoS  62.77 
 
 		 296 aa  353  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1308  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.65 
 
 		 338 aa  349  3e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  62.18 
 
 		 341 aa  349  4e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  62.18 
 
 		 341 aa  349  4e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0183  RpoS  59.49 
 
 		 321 aa  335  5e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.122564  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0331  RNA polymerase sigma factor  55.33 
 
 		 352 aa  325  8.000000000000001e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1861  RNA polymerase sigma factor RpoS  55.33 
 
 		 352 aa  324  1e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1284  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  52.55 
 
 		 359 aa  324  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.920769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0630  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  59.85 
 
 		 317 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0470  RNA polymerase sigma-38 factor  59.85 
 
 		 317 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1944  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  54.91 
 
 		 343 aa  310  2e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000945772  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0838  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.12 
 
 		 316 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  0.419056 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0498  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.54 
 
 		 317 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.509946  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2521  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.61 
 
 		 309 aa  299  4e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00206126  normal  0.016684 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3048  RNA polymerase sigma factor RpoS  71.14 
 
 		 269 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1430  DNA-directed RNA polymerase, sigma 70/sigma 32 subunit  53.61 
 
 		 347 aa  288  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000837712  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1207  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.82 
 
 		 377 aa  276  4e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1051  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.82 
 
 		 378 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1143  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.82 
 
 		 378 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.420164 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2617  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.57 
 
 		 336 aa  272  6e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000623193  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2115  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.79 
 
 		 386 aa  272  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213085  normal  0.555888 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2095  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.12 
 
 		 391 aa  271  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1525  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.71 
 
 		 328 aa  270  2e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1421  sigma 28 (flagella/sporulation)  50.18 
 
 		 326 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000137657  normal  0.258497 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1557  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.33 
 
 		 333 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.389546 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6259  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 362 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.295107  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2683  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  50.95 
 
 		 333 aa  269  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5121  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 362 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0496977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1844  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 362 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2226  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 363 aa  269  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1758  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 361 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6562  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1820  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 362 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.735784  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1731  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 361 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194795  normal  0.148712 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1453  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 361 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122572  normal  0.421204 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1116  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 359 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2365  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 359 aa  269  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.335018  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2236  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 359 aa  269  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0053  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 359 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0962717  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2198  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.8 
 
 		 359 aa  269  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.524707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>