More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0630 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0630  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  100 
 
 
317 aa  644    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0470  RNA polymerase sigma-38 factor  100 
 
 
317 aa  644    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2631  sigma 28 (flagella/sporulation)  58.94 
 
 
325 aa  333  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0930  RpoD family RNA polymerase sigma factor  56.54 
 
 
332 aa  326  4.0000000000000003e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1079  RNA polymerase sigma factor RpoS  56.27 
 
 
296 aa  325  5e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1517  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.71 
 
 
344 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1565  RNA polymerase sigma-38 factor  59.34 
 
 
335 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.651604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1374  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.34 
 
 
335 aa  322  4e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247864  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17480  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.71 
 
 
334 aa  322  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1253  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.7 
 
 
333 aa  322  6e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0395454  normal  0.0329408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1132  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.97 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1436  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  58.72 
 
 
344 aa  321  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.121871  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3020  RNA polymerase sigma factor RpoS  57.24 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000209414 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1427  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.85 
 
 
336 aa  321  9.999999999999999e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.818946  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1623  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.97 
 
 
335 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406084  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1177  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.97 
 
 
335 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4154  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.97 
 
 
335 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.07893 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38680  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.71 
 
 
334 aa  318  7e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0872  RNA polymerase sigma factor RpoS  59.34 
 
 
330 aa  318  7e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4052  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.97 
 
 
335 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.320425  hitchhiker  0.00000000847368 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0958  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.24 
 
 
332 aa  318  1e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.05 
 
 
341 aa  317  2e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.05 
 
 
341 aa  317  2e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1825  RNA polymerase, sigma 28 subunit  58.03 
 
 
342 aa  317  2e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3293  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.24 
 
 
332 aa  316  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3425  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.24 
 
 
332 aa  316  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43603  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3212  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  316  4e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.487557  normal  0.288365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02591  RNA polymerase sigma factor  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3042  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2879  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3992  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.841481  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3113  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3129  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02556  hypothetical protein  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3074  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.232347  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3233  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2866  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.61 
 
 
330 aa  315  5e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0677  RNA polymerase sigma-38 factor RpoS  56.27 
 
 
322 aa  315  5e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.632708  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1060  RNA polymerase, sigma 28 subunit  54.15 
 
 
323 aa  315  6e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0947  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  58.61 
 
 
330 aa  315  7e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0832  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.24 
 
 
332 aa  315  7e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0423608 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3864  RNA polymerase, sigma 28 subunit  55.74 
 
 
327 aa  315  7e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404406  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1213  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.82 
 
 
324 aa  315  9e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1123  RNA polymerase, sigma 28 subunit  57.97 
 
 
326 aa  315  9e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1194  RNA polymerase, sigma 28 subunit  57.97 
 
 
326 aa  315  9e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1124  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  57.97 
 
 
326 aa  315  9e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3432  RNA polymerase sigma-38 factor  57.97 
 
 
326 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3348  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.24 
 
 
330 aa  314  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03727  sigma S (sigma 38) factor of RNA polymerase, major sigma factor during stationary phase  58.55 
 
 
330 aa  314  9.999999999999999e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3342  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.22 
 
 
322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101192  unclonable  0.0000000171583 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3505  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.24 
 
 
330 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0841  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.24 
 
 
330 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1204  RNA polymerase sigma factor RpoS  56.88 
 
 
327 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3128  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.61 
 
 
326 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1245  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  57.61 
 
 
326 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.411027  unclonable  0.00000000000310525 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3271  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.61 
 
 
326 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.589431  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2749  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.45 
 
 
326 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0062  RNA polymerase sigma factor RpoS  56.31 
 
 
335 aa  311  5.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1298  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.09 
 
 
323 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.915931  hitchhiker  0.00000000172563 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1193  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.45 
 
 
322 aa  311  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2506  RNA polymerase sigma subunit RpoS (sigma-38)  57.66 
 
 
321 aa  310  2e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3119  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.88 
 
 
326 aa  309  5e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1044  RNA polymerase sigma-38 factor  57.09 
 
 
327 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1308  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.4 
 
 
338 aa  308  9e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002516  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.55 
 
 
328 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0331  RNA polymerase sigma factor  54.44 
 
 
352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1861  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.44 
 
 
352 aa  306  2.0000000000000002e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03517  hypothetical protein  55.71 
 
 
328 aa  306  3e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1508  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  52.73 
 
 
316 aa  300  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1833  RNA polymerase sigm-70 factor family  52.73 
 
 
316 aa  300  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1284  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  56.51 
 
 
359 aa  298  9e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.920769  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0183  RpoS  50.87 
 
 
321 aa  293  3e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.122564  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2521  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.38 
 
 
309 aa  281  8.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00206126  normal  0.016684 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0498  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.25 
 
 
317 aa  281  1e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.509946  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0838  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.83 
 
 
316 aa  276  3e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  0.419056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1207  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.09 
 
 
377 aa  275  7e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1143  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.09 
 
 
378 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.420164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1051  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.09 
 
 
378 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230848  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1944  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.65 
 
 
343 aa  274  1.0000000000000001e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000945772  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2095  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.96 
 
 
391 aa  272  6e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2115  RNA polymerase sigma factor RpoS  50.56 
 
 
386 aa  271  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213085  normal  0.555888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3014  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.83 
 
 
312 aa  262  6e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175723  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  46.53 
 
 
320 aa  260  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0522379  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2739  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.2 
 
 
323 aa  261  2e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103516  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2617  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.13 
 
 
336 aa  260  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000623193  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1223  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.21 
 
 
387 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0115586  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1557  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.86 
 
 
333 aa  258  9e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.389546 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4216  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.46 
 
 
372 aa  258  1e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000301264  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2683  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  48.48 
 
 
333 aa  256  4e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1215  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  42.9 
 
 
360 aa  256  5e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000256701  hitchhiker  0.00656648 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2226  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.86 
 
 
363 aa  256  5e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1525  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.67 
 
 
328 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1354  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.81 
 
 
359 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.19929  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2365  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.81 
 
 
359 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.335018  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2198  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.81 
 
 
359 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.524707  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1116  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.81 
 
 
359 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1844  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.81 
 
 
359 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.809  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2236  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.81 
 
 
359 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0053  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.81 
 
 
359 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0962717  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>