More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1430 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1430  DNA-directed RNA polymerase, sigma 70/sigma 32 subunit  100 
 
 
347 aa  707    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000837712  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1421  sigma 28 (flagella/sporulation)  75.28 
 
 
326 aa  429  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000137657  normal  0.258497 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1525  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  75.65 
 
 
328 aa  426  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00220664  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2617  RpoD family RNA polymerase sigma factor  75.93 
 
 
336 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000623193  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1557  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  76.14 
 
 
333 aa  420  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.389546 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2683  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  76.14 
 
 
333 aa  421  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2739  RpoD family RNA polymerase sigma factor  70.27 
 
 
323 aa  382  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103516  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  62.54 
 
 
320 aa  381  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0522379  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2391  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  65.38 
 
 
325 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0741400000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1427  RpoD family RNA polymerase sigma factor  53.61 
 
 
336 aa  288  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.818946  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  52.87 
 
 
369 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1825  RNA polymerase, sigma 28 subunit  50.95 
 
 
342 aa  278  1e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0677  RNA polymerase sigma-38 factor RpoS  49.45 
 
 
322 aa  275  6e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.632708  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4216  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.87 
 
 
372 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000301264  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.49 
 
 
374 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.49 
 
 
375 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1127  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.67 
 
 
368 aa  272  5.000000000000001e-72  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.00000000000620377  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1619  RNA polymerase sigma factor RpoD  48 
 
 
368 aa  272  6e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000324281  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1653  RNA polymerase sigma factor RpoD  48 
 
 
368 aa  272  6e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12400  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  52.49 
 
 
358 aa  271  1e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0607  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1298  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.68 
 
 
323 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.915931  hitchhiker  0.00000000172563 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3864  RNA polymerase, sigma 28 subunit  46.36 
 
 
327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404406  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0895  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.49 
 
 
358 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000160053  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0492  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.49 
 
 
360 aa  269  4e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.187427  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1213  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.3 
 
 
324 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3342  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.68 
 
 
322 aa  269  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101192  unclonable  0.0000000171583 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4409  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.08 
 
 
375 aa  268  8e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000427068  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0624  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 
361 aa  268  8.999999999999999e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00076534  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4372  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
375 aa  268  1e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000624256  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1079  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.25 
 
 
296 aa  268  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4426  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
375 aa  268  1e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000104378  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002516  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.24 
 
 
328 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3019  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
373 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000207905  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1517  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.08 
 
 
344 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17480  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.08 
 
 
334 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0827  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
375 aa  268  1e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000804536  decreased coverage  6.75333e-22 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02591  RNA polymerase sigma factor  49.06 
 
 
330 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2866  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.06 
 
 
330 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0947  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.06 
 
 
330 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10987  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4194  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
373 aa  267  2e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000145872  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4032  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
373 aa  267  2e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.92398e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4042  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
373 aa  267  2e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000102439  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1193  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.08 
 
 
322 aa  267  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3113  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.34 
 
 
330 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3042  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.06 
 
 
330 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4515  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
373 aa  267  2e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000315443  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3233  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.34 
 
 
330 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3074  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.34 
 
 
330 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.232347  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4314  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
373 aa  267  2e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.2227e-62 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3992  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.06 
 
 
330 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.06 
 
 
330 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.841481  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2879  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.06 
 
 
330 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02556  hypothetical protein  49.06 
 
 
330 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1044  RNA polymerase sigma-38 factor  49.06 
 
 
327 aa  267  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3129  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.34 
 
 
330 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4144  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.34 
 
 
375 aa  267  2e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000635558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0331  RNA polymerase sigma factor  45.65 
 
 
352 aa  266  2.9999999999999995e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2631  sigma 28 (flagella/sporulation)  45.92 
 
 
325 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3212  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.06 
 
 
330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.487557  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2749  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.81 
 
 
326 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1436  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.55 
 
 
344 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.121871  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1861  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.65 
 
 
352 aa  266  2.9999999999999995e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.96 
 
 
359 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0549205  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3271  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.43 
 
 
326 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.589431  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03517  hypothetical protein  49.06 
 
 
328 aa  266  4e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3128  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.43 
 
 
326 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1245  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.43 
 
 
326 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.411027  unclonable  0.00000000000310525 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2462  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.57 
 
 
367 aa  266  4e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0127291  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0872  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.68 
 
 
330 aa  266  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0841  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.68 
 
 
330 aa  266  5e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0832  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.39 
 
 
332 aa  265  8e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0423608 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0958  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.3 
 
 
332 aa  264  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0713  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.57 
 
 
417 aa  265  1e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1253  RNA polymerase sigma factor RpoS  42.02 
 
 
333 aa  265  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0395454  normal  0.0329408 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3020  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.35 
 
 
335 aa  264  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000209414 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3348  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.68 
 
 
330 aa  264  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1284  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.75 
 
 
359 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.920769  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3505  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.68 
 
 
330 aa  264  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3425  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.3 
 
 
332 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43603  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3293  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.3 
 
 
332 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3432  RNA polymerase sigma-38 factor  49.06 
 
 
326 aa  263  4e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1204  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.55 
 
 
327 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1123  RNA polymerase, sigma 28 subunit  49.06 
 
 
326 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1194  RNA polymerase, sigma 28 subunit  49.06 
 
 
326 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1124  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  49.06 
 
 
326 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3119  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.06 
 
 
326 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1223  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.43 
 
 
387 aa  262  6e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0115586  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03727  sigma S (sigma 38) factor of RNA polymerase, major sigma factor during stationary phase  48.18 
 
 
330 aa  261  8.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1426  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.29 
 
 
369 aa  261  1e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0144524  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.58 
 
 
409 aa  261  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  46.58 
 
 
409 aa  261  1e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0743  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.19 
 
 
380 aa  261  1e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000129687  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1565  RNA polymerase sigma-38 factor  45.99 
 
 
335 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.651604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1374  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.99 
 
 
335 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247864  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.02 
 
 
341 aa  260  3e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.02 
 
 
341 aa  260  3e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38680  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.35 
 
 
334 aa  260  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1623  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.99 
 
 
335 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406084  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1177  RNA polymerase sigma factor RpoS  45.99 
 
 
335 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0930  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.62 
 
 
332 aa  259  4e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>