More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1255 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1255  RNA polymerase sigma S (sigma-38) factor transcription regulator protein  100 
 
 		 343 aa  687    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.286023 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2779  sigma-70 region 2  63.89 
 
 		 350 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.068719  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1800  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  64.14 
 
 		 331 aa  340  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.157774  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1207  RNA polymerase sigma factor RpoS  57.09 
 
 		 377 aa  309  4e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1143  RNA polymerase sigma factor RpoS  57.09 
 
 		 378 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.420164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1051  RNA polymerase sigma factor RpoS  57.09 
 
 		 378 aa  308  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2236  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.86 
 
 		 359 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1354  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.86 
 
 		 359 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.19929  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2198  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.86 
 
 		 359 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.524707  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2365  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.86 
 
 		 359 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.335018  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0053  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.86 
 
 		 359 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0962717  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1844  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.86 
 
 		 359 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1116  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.86 
 
 		 359 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1731  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.9 
 
 		 361 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194795  normal  0.148712 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2095  RNA polymerase sigma factor RpoS  56.38 
 
 		 391 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2115  RNA polymerase sigma factor RpoS  56.38 
 
 		 386 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213085  normal  0.555888 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5121  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.58 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0496977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1758  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.9 
 
 		 361 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6562  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2226  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.9 
 
 		 363 aa  299  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1453  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.9 
 
 		 361 aa  299  4e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122572  normal  0.421204 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6259  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.9 
 
 		 362 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.295107  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1820  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.9 
 
 		 362 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.735784  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1844  RNA polymerase sigma factor RpoS  54.9 
 
 		 362 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0962  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.55 
 
 		 364 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2350  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.23 
 
 		 360 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549969  normal  0.0858388 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1837  RNA polymerase sigma factor RpoS  55.24 
 
 		 360 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.421634 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2521  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.96 
 
 		 309 aa  278  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00206126  normal  0.016684 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002516  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.92 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03517  hypothetical protein  48.92 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0838  RNA polymerase sigma factor RpoS  49.82 
 
 		 316 aa  253  3e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  0.419056 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0498  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.64 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.509946  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1284  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.04 
 
 		 359 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.920769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1517  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.56 
 
 		 344 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17480  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.56 
 
 		 334 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3020  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.84 
 
 		 335 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000209414 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0331  RNA polymerase sigma factor  48.35 
 
 		 352 aa  250  2e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38680  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.2 
 
 		 334 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1825  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.03 
 
 		 342 aa  251  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1861  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.35 
 
 		 352 aa  250  3e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1079  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.23 
 
 		 296 aa  249  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2631  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.92 
 
 		 325 aa  249  5e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2506  RNA polymerase sigma subunit RpoS (sigma-38)  45.64 
 
 		 321 aa  249  6e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1623  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.48 
 
 		 335 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406084  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4052  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.48 
 
 		 335 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.320425  hitchhiker  0.00000000847368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4154  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.48 
 
 		 335 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.07893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1177  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.48 
 
 		 335 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.440638 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0947  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.44 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10987  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3233  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3129  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0872  RNA polymerase sigma factor RpoS  48.06 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3113  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3864  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.65 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404406  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3074  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.232347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3212  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.487557  normal  0.288365 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02591  RNA polymerase sigma factor  46.78 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02556  hypothetical protein  46.78 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3992  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2866  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2879  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3042  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.78 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.841481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0062  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.54 
 
 		 335 aa  247  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1565  RNA polymerase sigma-38 factor  47.18 
 
 		 335 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.651604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1374  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.18 
 
 		 335 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1253  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.33 
 
 		 333 aa  246  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0395454  normal  0.0329408 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03727  sigma S (sigma 38) factor of RNA polymerase, major sigma factor during stationary phase  48.2 
 
 		 330 aa  246  4e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1132  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.83 
 
 		 335 aa  246  6e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1944  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.19 
 
 		 343 aa  245  9e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000945772  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0958  RNA polymerase sigma factor RpoS  47 
 
 		 332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0930  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.81 
 
 		 332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3014  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.84 
 
 		 312 aa  243  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175723  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1436  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.89 
 
 		 344 aa  243  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.121871  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0832  RNA polymerase sigma factor RpoS  47.35 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0423608 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0841  RNA polymerase sigma factor RpoS  47 
 
 		 330 aa  243  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3425  RNA polymerase sigma factor RpoS  47 
 
 		 332 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43603  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3293  RNA polymerase sigma factor RpoS  47 
 
 		 332 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1204  RNA polymerase sigma factor RpoS  43.87 
 
 		 327 aa  242  7e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3505  RNA polymerase sigma factor RpoS  47 
 
 		 330 aa  242  9e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.48 
 
 		 341 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  46.48 
 
 		 341 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3348  RNA polymerase sigma factor RpoS  47 
 
 		 330 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1298  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.48 
 
 		 323 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.915931  hitchhiker  0.00000000172563 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1213  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.12 
 
 		 324 aa  241  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3342  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.48 
 
 		 322 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101192  unclonable  0.0000000171583 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1044  RNA polymerase sigma-38 factor  47.48 
 
 		 327 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1060  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.85 
 
 		 323 aa  239  5e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0183  RpoS  42.22 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.122564  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2749  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.76 
 
 		 326 aa  236  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1193  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.12 
 
 		 322 aa  236  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0630  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  46.53 
 
 		 317 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0470  RNA polymerase sigma-38 factor  46.53 
 
 		 317 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1427  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.26 
 
 		 336 aa  235  9e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.818946  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1245  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.4 
 
 		 326 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.411027  unclonable  0.00000000000310525 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3271  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.4 
 
 		 326 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.589431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3128  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.4 
 
 		 326 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3119  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.4 
 
 		 326 aa  233  5e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3432  RNA polymerase sigma-38 factor  46.4 
 
 		 326 aa  232  6e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1123  RNA polymerase, sigma 28 subunit  46.4 
 
 		 326 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1194  RNA polymerase, sigma 28 subunit  46.4 
 
 		 326 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1124  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  46.4 
 
 		 326 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>