More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_1993 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 107 aa  219  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  42.71 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  38.54 
 
 		 114 aa  78.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  37.89 
 
 		 116 aa  78.6  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  35.48 
 
 		 114 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 121 aa  74.3  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  41.3 
 
 		 116 aa  73.2  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 109 aa  73.2  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  44.19 
 
 		 113 aa  71.6  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1641  PadR-like family transcriptional regulator  40 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5149  transcriptional regulator, PadR-like family  39.62 
 
 		 117 aa  70.5  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0918525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  37.36 
 
 		 122 aa  68.6  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3472  PadR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0715346 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2308  transcriptional regulator, PadR-like family  43.21 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197276 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 119 aa  67  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  36.26 
 
 		 114 aa  66.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  38.95 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2223  PadR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 372 aa  65.5  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0957891  hitchhiker  0.0000188934 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 108 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0360  transcriptional regulator, PadR-like family  37.35 
 
 		 107 aa  65.1  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4285  PadR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  35.48 
 
 		 106 aa  64.3  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2046  PadR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2816  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 113 aa  63.5  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  40.66 
 
 		 128 aa  63.5  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 109 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  34.88 
 
 		 109 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1891  PadR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.0316492 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4626  PadR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 114 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 115 aa  62.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  39.76 
 
 		 271 aa  62  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12940  predicted transcriptional regulator  38.89 
 
 		 128 aa  62  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1201  PadR-like family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695362  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  33.72 
 
 		 110 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1175  transcriptional regulator, PadR-like family  34.02 
 
 		 113 aa  61.6  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00041601  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  42.35 
 
 		 255 aa  61.6  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0778  transcriptional regulator, PadR-like family  35.29 
 
 		 115 aa  61.6  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 155 aa  61.2  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  40.74 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  37.21 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  40 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 157 aa  61.6  0.000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4394  PadR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 110 aa  60.1  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  32.29 
 
 		 117 aa  60.1  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  42.53 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  43.59 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0211  transcriptional regulator, PadR-like family  37.21 
 
 		 114 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.635433  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  39.33 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  37.21 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  47.95 
 
 		 371 aa  59.3  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  38.75 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 189 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  34.07 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 268 aa  57.8  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3462  PadR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 121 aa  57.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00016944  hitchhiker  0.00778578 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 247 aa  57.8  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 209 aa  57.4  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  43.84 
 
 		 180 aa  57.4  0.00000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 154 aa  57  0.00000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 125 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1087  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0408636 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 203 aa  57.4  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 240 aa  57  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  35.11 
 
 		 113 aa  57  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 111 aa  57  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6088  transcriptional regulator protein-like protein  40 
 
 		 117 aa  57  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 110 aa  57  0.00000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4516  PadR-like family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  38.89 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  36.84 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0819  transcriptional regulator, PadR-like family  35.71 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.886825  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3603  PadR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 113 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0899906 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2382  transcriptional regulator, PadR-like family  38.89 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000270616 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  43.59 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  44.16 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3025  transcriptional regulator, PadR-like family  37.84 
 
 		 112 aa  55.1  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361179  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3153  PadR-like family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 85 aa  55.1  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 110 aa  54.7  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4436  PadR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 236 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0964  transcriptional regulator, PadR-like family  31.31 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000310235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>