293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1201 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1201  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 132 aa  254  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695362  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4120  PadR-like family transcriptional regulator  68.42 
 
 		 114 aa  148  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6088  transcriptional regulator protein-like protein  66.36 
 
 		 117 aa  132  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3047  PadR-like family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3679  PadR-like family transcriptional regulator  59.82 
 
 		 116 aa  127  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.72711  normal  0.14088 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0180  transcriptional regulator, PadR-like family  62.63 
 
 		 124 aa  120  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3479  transcriptional regulator, PadR-like family  59.41 
 
 		 114 aa  118  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1475  transcriptional regulator, PadR-like family  57.01 
 
 		 116 aa  110  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3566  transcriptional regulator, PadR-like family  56.57 
 
 		 109 aa  110  8.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8333  transcriptional regulator, PadR-like family  56.86 
 
 		 118 aa  109  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0150826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0705  PadR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 109 aa  105  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.635439 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1707  transcriptional regulator, PadR-like family  48.98 
 
 		 108 aa  100  7e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.224855 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8548  PadR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 117 aa  97.8  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3409  transcriptional regulator, PadR-like family  54.95 
 
 		 104 aa  95.9  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4083  PadR-like family transcriptional regulator  54.46 
 
 		 136 aa  95.5  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35110  predicted transcriptional regulator  46.15 
 
 		 118 aa  88.2  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1146  transcriptional regulator, PadR-like family  54.12 
 
 		 119 aa  85.9  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04800  transcriptional regulator, PadR family  39.36 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.352881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2956  PadR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 105 aa  67.4  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.216543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0209  transcriptional regulator, PadR-like family  34.38 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0210423 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  41.49 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4626  PadR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 114 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  38.67 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1175  transcriptional regulator, PadR-like family  34.48 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00041601  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  44.44 
 
 		 123 aa  58.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  46.15 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2975  PadR-like family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 117 aa  57  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.351973  hitchhiker  0.000108839 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 128 aa  57  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 114 aa  57  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  34.65 
 
 		 131 aa  57  0.00000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  37.35 
 
 		 124 aa  56.6  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5149  transcriptional regulator, PadR-like family  46.48 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0918525  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0964  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000310235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6512  transcriptional regulator, PadR-like family  38.36 
 
 		 114 aa  55.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.299933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17520  transcriptional regulator, PadR family  31.91 
 
 		 112 aa  55.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.311111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2194  transcriptional regulator, PadR-like family  32.29 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1507  transcriptional regulator, PadR-like family  38.89 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  37.96 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  46.38 
 
 		 180 aa  54.3  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  41.25 
 
 		 263 aa  54.3  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  34.57 
 
 		 191 aa  54.3  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  37.07 
 
 		 271 aa  53.9  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1087  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0408636 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4283  hypothetical protein  32.61 
 
 		 104 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150167  normal  0.0390672 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 157 aa  53.9  0.0000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1147  transcriptional regulator, PadR family  32.61 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1073  hypothetical protein  35 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.808483  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0917  hypothetical protein  31.63 
 
 		 108 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0901  PadR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 108 aa  53.5  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000161426  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0885  PadR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 108 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0167704  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0982  hypothetical protein  35 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.349108  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1641  PadR-like family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 130 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  38.67 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  36.67 
 
 		 210 aa  53.1  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  28.72 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  37.21 
 
 		 217 aa  52.4  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  35 
 
 		 109 aa  52.8  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  43.24 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2081  transcriptional regulator, PadR-like family  34.18 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000022052  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0778  transcriptional regulator, PadR-like family  43.9 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  40.4 
 
 		 116 aa  52  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  41.25 
 
 		 277 aa  52  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 125 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33800  transcriptional regulator, PadR family  41.89 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.377597  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2032  hypothetical protein  31.25 
 
 		 111 aa  51.2  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 119 aa  51.2  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2308  transcriptional regulator, PadR-like family  43.55 
 
 		 124 aa  51.6  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3814  transcriptional regulator, PadR-like family  40.51 
 
 		 106 aa  51.6  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.375382  normal  0.563614 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0295  PadR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 115 aa  51.6  0.000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1491  PadR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 105 aa  51.2  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3772  transcriptional regulator, PadR-like family  32.88 
 
 		 124 aa  51.2  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.852524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0782  PadR-like family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 152 aa  51.2  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.661391  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 115 aa  51.2  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3603  PadR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0899906 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2228  hypothetical protein  31.63 
 
 		 105 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.643872  hitchhiker  0.00000000152777 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2490  transcriptional regulator, PadR-like family  34.48 
 
 		 112 aa  50.4  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0882  PadR-like family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 104 aa  50.8  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0140033  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3051  hypothetical protein  31.63 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.492202  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3051  hypothetical protein  31.63 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2802  hypothetical protein  31.63 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.265307  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3015  hypothetical protein  31.63 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 215 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1173  PadR-like family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 131 aa  50.4  0.000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  44.74 
 
 		 277 aa  50.4  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 195 aa  50.1  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 112 aa  50.4  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 112 aa  50.4  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 111 aa  50.4  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24890  predicted transcriptional regulator  29.67 
 
 		 111 aa  50.4  0.000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  29.35 
 
 		 114 aa  50.4  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  40.24 
 
 		 106 aa  50.1  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3462  PadR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00016944  hitchhiker  0.00778578 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>