More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0778 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0778  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 115 aa  225  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  68.93 
 
 		 109 aa  140  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  66.02 
 
 		 116 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  63.11 
 
 		 106 aa  127  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 111 aa  120  7e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  55.56 
 
 		 123 aa  116  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  58.25 
 
 		 113 aa  106  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0360  transcriptional regulator, PadR-like family  51.89 
 
 		 107 aa  97.4  6e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  34.29 
 
 		 114 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4626  PadR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 114 aa  80.5  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0699  PadR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 110 aa  73.9  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000596024  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  36.89 
 
 		 114 aa  71.2  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4394  PadR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 119 aa  68.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 113 aa  67.8  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0870  transcriptional regulator, PadR-like family  37.23 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.126206  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  32.74 
 
 		 116 aa  66.6  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4285  PadR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 110 aa  67  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 109 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  33.66 
 
 		 109 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1035  PadR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 108 aa  66.2  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00460025  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  32.91 
 
 		 115 aa  65.5  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  3.02647e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0175  transcriptional regulator, PadR-like family  35.58 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  44.44 
 
 		 122 aa  65.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 119 aa  64.7  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 111 aa  64.3  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 108 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2361  PadR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 120 aa  63.9  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2026  PadR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 102 aa  63.9  0.0000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000771993  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5149  transcriptional regulator, PadR-like family  33.64 
 
 		 117 aa  63.5  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0918525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24890  predicted transcriptional regulator  35.35 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  35.48 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  35.71 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  31.68 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3462  PadR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00016944  hitchhiker  0.00778578 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  43.43 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1891  PadR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.0316492 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3472  PadR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0715346 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2045  PadR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 116 aa  62.4  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  32.32 
 
 		 115 aa  62  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  39.56 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  35.29 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2046  PadR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 109 aa  62  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6512  transcriptional regulator, PadR-like family  35.92 
 
 		 114 aa  61.6  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.299933  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2081  transcriptional regulator, PadR-like family  31.43 
 
 		 109 aa  61.6  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000022052  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3025  transcriptional regulator, PadR-like family  34.95 
 
 		 112 aa  60.8  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361179  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2308  transcriptional regulator, PadR-like family  34.12 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197276 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1119  transcriptional regulator, PadR-like family  34.04 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000828793  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0494  transcriptional regulator, PadR-like family  37.04 
 
 		 113 aa  60.5  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.396761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  39.36 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  28.71 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1103  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.369684  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3566  transcriptional regulator, PadR-like family  41.24 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4083  PadR-like family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  37.25 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1641  PadR-like family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4325  PadR-like family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.405564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12940  predicted transcriptional regulator  39.81 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8548  PadR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 117 aa  58.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3696  PadR-like family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  35.85 
 
 		 111 aa  57.8  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6088  transcriptional regulator protein-like protein  45.88 
 
 		 117 aa  57.8  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  35.58 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0734  hypothetical protein  36.25 
 
 		 118 aa  57  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  35.35 
 
 		 113 aa  57  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1087  PadR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 113 aa  57  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0408636 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0318  PadR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.490678  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0660  PadR-like family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33800  transcriptional regulator, PadR family  38.38 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.377597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0681  transcriptional regulator, PadR-like family  36.25 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0247  PadR-like family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 157 aa  56.6  0.0000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.917894 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0691  PadR-like family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0690  PadR-like family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.112925  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0705  PadR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.635439 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0964  transcriptional regulator, PadR-like family  28.72 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000310235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3153  PadR-like family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 85 aa  55.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  33.67 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0345  PadR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000392744  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1303  PadR-like family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 156 aa  55.8  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.213126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0216  transcriptional regulator, PadR-like family  32.04 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2527  PadR-like family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0218249  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1533  transcriptional regulator, PadR-like family  37.21 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1857  PadR-like family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2223  PadR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 372 aa  54.3  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0957891  hitchhiker  0.0000188934 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0311  PadR-like family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 159 aa  54.3  0.0000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2859  hypothetical protein  32.56 
 
 		 115 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000516824  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  39 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0055  PadR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>