More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4304 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  100 
 
 		 119 aa  247  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  69 
 
 		 103 aa  151  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  63.64 
 
 		 111 aa  135  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4507  PadR-like family transcriptional regulator  66.35 
 
 		 108 aa  132  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.718023  normal  0.823935 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0055  PadR family transcriptional regulator  52 
 
 		 113 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0279  PadR-like family transcriptional regulator  51 
 
 		 113 aa  114  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.360828  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 108 aa  111  3e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  110  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1513  hypothetical protein  45.54 
 
 		 107 aa  107  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0927138 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3802  hypothetical protein  45.54 
 
 		 107 aa  107  6e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.991383  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3448  transcriptional regulator  44.12 
 
 		 109 aa  105  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3399  transcriptional regulator  44.12 
 
 		 109 aa  105  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314118  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3730  hypothetical protein  43.56 
 
 		 107 aa  103  7e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3483  hypothetical protein  43.14 
 
 		 109 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.134487  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3757  hypothetical protein  43.14 
 
 		 109 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3753  hypothetical protein  43.56 
 
 		 107 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.722643  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 119 aa  102  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3380  PadR-like family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 107 aa  102  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.114558  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3711  hypothetical protein  42.57 
 
 		 107 aa  101  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0645400000000003e-18 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0909  transcriptional regulator, PadR-like family  45.05 
 
 		 114 aa  99.4  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 103 aa  99.4  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2744  transcriptional regulator, PadR-like family  44.66 
 
 		 135 aa  99  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.167996  hitchhiker  0.000000256971 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0467  transcriptional regulator PadR family protein  43.69 
 
 		 118 aa  98.2  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.560636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4256  transcriptional regulator, PadR-like family  42.31 
 
 		 124 aa  98.2  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.102079 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33800  transcriptional regulator, PadR family  42.73 
 
 		 126 aa  97.1  7e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.377597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  42.99 
 
 		 117 aa  97.1  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0195  PadR-like family transcriptional regulator  44 
 
 		 110 aa  93.2  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523005  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0763  PadR-like family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 108 aa  93.2  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.31288  normal  0.603278 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1963  PadR-like family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 103 aa  92.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0782  transcriptional regulator, PadR-like family  39.22 
 
 		 108 aa  92  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  44.44 
 
 		 128 aa  91.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 112 aa  90.1  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 112 aa  90.1  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1102  transcriptional regulator, PadR family  44 
 
 		 110 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  44 
 
 		 110 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1934  PadR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 106 aa  88.6  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  43 
 
 		 110 aa  89  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  44 
 
 		 110 aa  89  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4083  PadR family transcriptional regulator  44 
 
 		 110 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4156  transcriptional regulator, PadR family  43 
 
 		 110 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.20651  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  43 
 
 		 110 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3772  PadR family transcriptional regulator  43 
 
 		 110 aa  87  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05700  transcriptional regulator, PadR family  44.34 
 
 		 114 aa  87  7e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.182738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  43 
 
 		 110 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3787  PadR family transcriptional regulator  43 
 
 		 110 aa  87  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4050  transcriptional regulator, PadR family  43 
 
 		 110 aa  86.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0895  transcriptional regulator PadR family protein  45.1 
 
 		 110 aa  86.7  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.036663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2361  PadR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 120 aa  84.3  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09563  hypothetical protein  41.84 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.193917  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09510  transcriptional regulator, PadR family  45 
 
 		 107 aa  84  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.498358  normal  0.224928 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0435  transcriptional regulator, PadR-like family  36.54 
 
 		 110 aa  83.6  8e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000949974  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  39 
 
 		 109 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3563  PadR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 125 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29180  predicted transcriptional regulator  42.72 
 
 		 151 aa  80.9  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3814  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.375382  normal  0.563614 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4418  PadR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 114 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1497  PadR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 107 aa  80.5  0.000000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 113 aa  80.5  0.000000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4516  PadR-like family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 114 aa  80.1  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0913  transcriptional regulator, PadR-like family  40.4 
 
 		 109 aa  80.1  0.000000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.197337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4335  transcriptional regulator, PadR family  38 
 
 		 105 aa  80.1  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1025  transcriptional regulator, PadR-like family  41 
 
 		 109 aa  80.1  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282121  normal  0.0207022 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1070  transcriptional regulator, PadR-like family  40.45 
 
 		 104 aa  79.7  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188637  hitchhiker  0.000000498444 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0175  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3469  hypothetical protein  40.2 
 
 		 109 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0557218  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4828  30S ribosomal protein S14 homolog-related  36.63 
 
 		 114 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4436  PadR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 122 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4059  PadR-like family transcriptional regulator  38 
 
 		 105 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3488  transcriptional regulator, PadR family  40.2 
 
 		 109 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00705716  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  41.12 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4279  transcriptional regulator  38 
 
 		 105 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3947  PadR family transcriptional regulator  38 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3958  PadR family transcriptional regulator  38 
 
 		 111 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  40.38 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0918  transcriptional regulator, PadR family  38 
 
 		 105 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2026  PadR family transcriptional regulator  37 
 
 		 102 aa  78.6  0.00000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000771993  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4316  transcriptional regulator, PadR family  37 
 
 		 105 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  42.42 
 
 		 110 aa  77  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2816  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 121 aa  77  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0216  transcriptional regulator, PadR-like family  35.64 
 
 		 109 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2592  transcriptional regulator, PadR-like family  38.32 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  37.86 
 
 		 112 aa  74.7  0.0000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 115 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009487  SaurJH9_2716  PadR-like family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 112 aa  74.3  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0032771  n/a   
 
 
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NC_009632  SaurJH1_2773  transcriptional regulator PadR family protein  36.54 
 
 		 112 aa  74.3  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.480734  n/a   
 
 
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NC_004116  SAG0264  hypothetical protein  35.92 
 
 		 103 aa  73.6  0.0000000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0415601  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_1194  transcriptional regulator, PadR-like family  40.4 
 
 		 111 aa  73.2  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_005945  BAS3242  hypothetical protein  37.76 
 
 		 106 aa  72  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.758669  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_3456  hypothetical protein  37.76 
 
 		 106 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_005957  BT9727_3215  PadR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 106 aa  72  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_07890  transcriptional regulator, PadR family  36.56 
 
 		 99 aa  72.8  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.312386  normal  0.193392 
 
 
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NC_006274  BCZK3152  PadR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 106 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_3495  hypothetical protein  37.76 
 
 		 106 aa  72  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_3150  PadR-like family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 106 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00478917  n/a   
 
 
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NC_013530  Xcel_2076  transcriptional regulator, PadR-like family  34.21 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.668384  n/a   
 
 
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