More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3562 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 109 aa  219  7e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  53.21 
 
 		 116 aa  115  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  51.85 
 
 		 114 aa  114  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 115 aa  114  6e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  53.21 
 
 		 115 aa  111  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  48.54 
 
 		 114 aa  104  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  48.6 
 
 		 111 aa  95.9  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  45.74 
 
 		 110 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  37.14 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  36.19 
 
 		 118 aa  85.9  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  38.95 
 
 		 122 aa  82.8  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 110 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 111 aa  82.4  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 121 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 109 aa  79  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  40.43 
 
 		 109 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  33.01 
 
 		 128 aa  76.3  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  43.88 
 
 		 113 aa  74.3  0.0000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  38 
 
 		 119 aa  73.9  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1641  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 103 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 108 aa  71.6  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0175  transcriptional regulator, PadR-like family  36.7 
 
 		 110 aa  71.6  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3025  transcriptional regulator, PadR-like family  36.46 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361179  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4418  PadR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0279  PadR-like family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.360828  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3483  hypothetical protein  32.41 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.134487  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3757  hypothetical protein  32.41 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 113 aa  70.5  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4516  PadR-like family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3448  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3399  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314118  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0055  PadR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 113 aa  70.1  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4436  PadR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 122 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 108 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3380  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 107 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.114558  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  31.37 
 
 		 119 aa  70.1  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3730  hypothetical protein  34.74 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4828  30S ribosomal protein S14 homolog-related  36.27 
 
 		 114 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3753  hypothetical protein  34.74 
 
 		 107 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.722643  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  32.65 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0699  PadR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 110 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000596024  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3711  hypothetical protein  34.74 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0645400000000003e-18 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  33.01 
 
 		 123 aa  68.2  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  30.1 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0211  transcriptional regulator, PadR-like family  35.96 
 
 		 114 aa  67.8  0.00000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.635433  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3469  hypothetical protein  36.78 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0557218  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3488  transcriptional regulator, PadR family  36.78 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00705716  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  33.98 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  30.84 
 
 		 111 aa  67  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1513  hypothetical protein  33.68 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0927138 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3802  hypothetical protein  33.68 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.991383  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 103 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  31.43 
 
 		 116 aa  65.1  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05700  transcriptional regulator, PadR family  33.65 
 
 		 114 aa  65.1  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.182738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2045  PadR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 116 aa  65.5  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 112 aa  64.7  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 112 aa  64.7  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1102  transcriptional regulator, PadR family  37.14 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4050  transcriptional regulator, PadR family  36.19 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  36.9 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  37.14 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 110 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6512  transcriptional regulator, PadR-like family  34.58 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.299933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5149  transcriptional regulator, PadR-like family  35.48 
 
 		 117 aa  63.9  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0918525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  35.14 
 
 		 125 aa  63.5  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  31 
 
 		 125 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 109 aa  63.5  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  29.81 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1921  PadR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4335  transcriptional regulator, PadR family  36.84 
 
 		 105 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1035  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00460025  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4083  PadR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  38.54 
 
 		 109 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3563  PadR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4285  PadR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 110 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3814  transcriptional regulator, PadR-like family  32.58 
 
 		 106 aa  62.4  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.375382  normal  0.563614 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4665  PadR-like family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 100 aa  61.6  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4156  transcriptional regulator, PadR family  35.24 
 
 		 110 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.20651  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0264  hypothetical protein  35.35 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0415601  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4772  PadR-like family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 100 aa  61.6  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3772  PadR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 110 aa  62  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3787  PadR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 110 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1119  transcriptional regulator, PadR-like family  33.65 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000828793  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4626  PadR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 114 aa  61.6  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.658032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>