More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5149 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5149  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 117 aa  235  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0918525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2308  transcriptional regulator, PadR-like family  62.81 
 
 		 124 aa  140  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00197276 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6512  transcriptional regulator, PadR-like family  49.09 
 
 		 114 aa  108  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.299933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3772  transcriptional regulator, PadR-like family  42.34 
 
 		 124 aa  101  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.852524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  43.4 
 
 		 111 aa  96.3  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  38.38 
 
 		 123 aa  72  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 109 aa  71.2  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  39.62 
 
 		 107 aa  70.5  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  34.29 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  36.19 
 
 		 115 aa  67.4  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  33.02 
 
 		 114 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  32.11 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  37.62 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  35.64 
 
 		 122 aa  64.7  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 115 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  38 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0778  transcriptional regulator, PadR-like family  33.64 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1891  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.0316492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  38.53 
 
 		 128 aa  62  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2816  transcriptional regulator, PadR-like family  37.61 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 111 aa  60.8  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  35 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  46.05 
 
 		 277 aa  60.1  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1035  PadR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00460025  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3025  transcriptional regulator, PadR-like family  33.98 
 
 		 112 aa  58.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361179  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  41.77 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  41.25 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  37 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5217  PadR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5597  PadR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.459425  normal  0.499532 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5305  PadR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  31 
 
 		 110 aa  58.5  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  40.23 
 
 		 255 aa  58.5  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  33.33 
 
 		 110 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1507  transcriptional regulator, PadR-like family  41.56 
 
 		 175 aa  58.2  0.00000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2975  PadR-like family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 117 aa  57.8  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.351973  hitchhiker  0.000108839 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  34.95 
 
 		 263 aa  57  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2348  PadR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 101 aa  57  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.203957  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2060  PadR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 101 aa  57  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05700  transcriptional regulator, PadR family  35.24 
 
 		 114 aa  57  0.00000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.182738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 113 aa  56.6  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1201  PadR-like family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695362  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35110  predicted transcriptional regulator  37.37 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1475  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  39.74 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  38.96 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0870  transcriptional regulator, PadR-like family  33 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.126206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  34.65 
 
 		 111 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  36.17 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  33 
 
 		 124 aa  55.1  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1858  PadR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000789415  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  33.73 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2223  PadR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 372 aa  55.1  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0957891  hitchhiker  0.0000188934 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1070  transcriptional regulator, PadR-like family  42.11 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188637  hitchhiker  0.000000498444 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  40.79 
 
 		 217 aa  54.3  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0180  transcriptional regulator, PadR-like family  37.08 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0216  transcriptional regulator, PadR-like family  36.14 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  34.69 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12940  predicted transcriptional regulator  32.77 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 203 aa  54.3  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  38.89 
 
 		 250 aa  53.9  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6088  transcriptional regulator protein-like protein  36.63 
 
 		 117 aa  53.9  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 112 aa  53.5  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  34.34 
 
 		 119 aa  53.5  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 112 aa  53.5  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  36.71 
 
 		 106 aa  53.5  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 240 aa  53.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1303  PadR-like family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 156 aa  53.1  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.213126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 157 aa  53.5  0.000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0734  hypothetical protein  33.33 
 
 		 118 aa  52  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  42.11 
 
 		 250 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0763  PadR-like family transcriptional regulator  40 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.31288  normal  0.603278 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2046  PadR family transcriptional regulator  34 
 
 		 109 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3563  PadR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0699  PadR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 110 aa  52.4  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000596024  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0411  PadR-like family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 144 aa  51.6  0.000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0318  PadR family transcriptional regulator  40 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.490678  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1270  PadR-like family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 105 aa  51.6  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000169455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  32 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1641  PadR-like family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.103704 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1119  transcriptional regulator, PadR-like family  33.68 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000828793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  32 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  32 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  32 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  32 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>