240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2305 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 250 aa  484  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  49.65 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  47.89 
 
 		 180 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  41.09 
 
 		 217 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  43.42 
 
 		 250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  44.29 
 
 		 263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  41.1 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  42.36 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  43.38 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  39.89 
 
 		 195 aa  104  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 203 aa  101  9e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  39.16 
 
 		 334 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 189 aa  93.2  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  92.4  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 176 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 325 aa  89.4  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  29.74 
 
 		 195 aa  89  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 240 aa  88.6  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  40.14 
 
 		 230 aa  88.2  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  47.3 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  36.5 
 
 		 183 aa  86.7  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  35.1 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3245  transcriptional regulator, PadR-like family  39.44 
 
 		 206 aa  85.9  6e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 208 aa  85.5  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 249 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  34.53 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  51.95 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 189 aa  83.2  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  35.1 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  42.68 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  42.22 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  36.45 
 
 		 191 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  34 
 
 		 219 aa  78.2  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 182 aa  77.8  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 200 aa  77  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  36.64 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 194 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 181 aa  74.7  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 154 aa  75.1  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  48.57 
 
 		 150 aa  74.7  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  41.89 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 152 aa  73.6  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  35.54 
 
 		 371 aa  72.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  41.03 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  41.03 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  41.03 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  41.03 
 
 		 207 aa  72  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 215 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  41.03 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 207 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1401  PadR-like family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 141 aa  70.9  0.00000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 254 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  37.27 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1087  PadR-like family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 144 aa  68.9  0.00000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.7443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0038  PadR-like family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 141 aa  68.2  0.0000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 157 aa  68.2  0.0000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  39.08 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 155 aa  67.8  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  28.21 
 
 		 148 aa  67  0.0000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4572  PadR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0782  PadR-like family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.661391  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3571  PadR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.333448 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3509  PadR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000686547 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A3475  PadR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0651  PadR-like family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 150 aa  65.1  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.991167  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3405  transcriptional regulator, PadR family  38.46 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0626  PadR-like family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 150 aa  65.1  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011149  SeAg_B3401  transcriptional regulator, PadR family  38.46 
 
 		 214 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
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NC_010525  Tneu_0953  PadR-like family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 141 aa  64.7  0.000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000151261  hitchhiker  0.000286609 
 
 
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NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
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CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  45 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
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NC_009832  Spro_1242  PadR-like family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000724616  normal  1 
 
 
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NC_008701  Pisl_1303  PadR-like family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 156 aa  63.5  0.000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.213126  normal  1 
 
 
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NC_006349  BMAA0022  PadR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007650  BTH_II0024  PadR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
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NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
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NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
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