212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4198 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  76.16 
 
 		 232 aa  249  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0022  PadR family transcriptional regulator  66.27 
 
 		 235 aa  201  8e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1530  PadR-like family regulatory protein  66.27 
 
 		 234 aa  201  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0024  PadR family transcriptional regulator  64.5 
 
 		 235 aa  201  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0030  PadR family transcriptional regulator  66.27 
 
 		 234 aa  201  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000428656  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0028  PadR family transcriptional regulator  66.27 
 
 		 234 aa  201  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  64.53 
 
 		 254 aa  201  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1174  PadR family transcriptional regulator  66.27 
 
 		 207 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1454  PadR family transcriptional regulator  66.27 
 
 		 207 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0027  PadR family transcriptional regulator  66.27 
 
 		 207 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 281 aa  192  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 237 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 237 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 237 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 237 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 237 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  62.2 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5307  PadR-like family transcriptional regulator  58.14 
 
 		 250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  47.19 
 
 		 191 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  46.67 
 
 		 191 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  52.17 
 
 		 209 aa  142  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 200 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 209 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03708  hypothetical protein  47.59 
 
 		 218 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 189 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3954  transcriptional regulator, PadR-like family  46.11 
 
 		 219 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.564811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4067  transcriptional regulator, PadR-like family  46.11 
 
 		 219 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.690798 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  38.27 
 
 		 238 aa  111  9e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 152 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  38.99 
 
 		 203 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 195 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  36.53 
 
 		 197 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  37.34 
 
 		 196 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  35.37 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 194 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  35.76 
 
 		 150 aa  100  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  52.75 
 
 		 210 aa  99  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  40 
 
 		 208 aa  99  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 176 aa  97.4  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  37.65 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  37.65 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  37.65 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  37.65 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  38.27 
 
 		 207 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 207 aa  95.9  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 201 aa  95.1  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 207 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3475  PadR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3405  transcriptional regulator, PadR family  36.42 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3401  transcriptional regulator, PadR family  36.42 
 
 		 214 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3571  PadR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.333448 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3509  PadR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000686547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4572  PadR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 191 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 181 aa  90.5  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  43.61 
 
 		 204 aa  90.1  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 215 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3926  transcriptional regulator PadR-like  36.6 
 
 		 196 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.171272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4192  hypothetical protein  35.95 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  56 
 
 		 205 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4355  PadR-like family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371852 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  44.74 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2383  transcriptional regulator PadR-like  33.33 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1098  PadR-like family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.216996 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1242  PadR-like family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000724616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1087  PadR-like family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  46.34 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  32.45 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1057  PadR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  42.5 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  44.23 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1070  PadR-like family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 141 aa  73.6  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.408045  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  45.33 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  41.25 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  41.25 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3009  transcriptional regulator, PadR-like  36.63 
 
 		 141 aa  72.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  37.78 
 
 		 183 aa  72.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 249 aa  72  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  43.75 
 
 		 334 aa  72  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  46.91 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  45.45 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  41.98 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0626  PadR-like family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0651  PadR-like family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.991167  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 189 aa  68.6  0.00000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  35.58 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 247 aa  68.2  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>