226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4192 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4192  hypothetical protein  100 
 
 		 199 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3926  transcriptional regulator PadR-like  94.87 
 
 		 196 aa  309  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.171272 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4572  PadR family transcriptional regulator  81.62 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4355  PadR-like family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 181 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371852 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1057  PadR family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 181 aa  235  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1098  PadR-like family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 181 aa  235  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.216996 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1087  PadR-like family transcriptional regulator  72.78 
 
 		 181 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 236 aa  122  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 189 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  39.86 
 
 		 226 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 226 aa  108  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 226 aa  108  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 226 aa  108  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  38.26 
 
 		 238 aa  106  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 152 aa  104  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  40.51 
 
 		 197 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  45.67 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  38.26 
 
 		 150 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  36.21 
 
 		 191 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  35.63 
 
 		 191 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  41.89 
 
 		 204 aa  96.3  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0364  transcriptional regulator, PadR-like family  37.33 
 
 		 186 aa  95.9  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 204 aa  95.1  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 201 aa  94  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  49.46 
 
 		 195 aa  92  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 208 aa  91.7  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 176 aa  90.9  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 215 aa  89.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 210 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 247 aa  86.7  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  42.98 
 
 		 203 aa  84.7  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 237 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 237 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 237 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 181 aa  81.3  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  40.86 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  41.57 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  41.57 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  41.57 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  41.57 
 
 		 207 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5307  PadR-like family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1242  PadR-like family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000724616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  34.97 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  29.89 
 
 		 195 aa  74.7  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 247 aa  74.7  0.0000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  35.21 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  39.5 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  32.69 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3571  PadR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.333448 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3401  transcriptional regulator, PadR family  28.77 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  38.66 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3475  PadR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3509  PadR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000686547 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3405  transcriptional regulator, PadR family  28.77 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 254 aa  72  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0024  PadR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 235 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2546  PadR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 214 aa  71.2  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0022  PadR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1530  PadR-like family regulatory protein  49.23 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  37.27 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1174  PadR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1454  PadR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0030  PadR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000428656  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0028  PadR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0027  PadR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  43.66 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  38.46 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  40.26 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 268 aa  68.9  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  35.48 
 
 		 371 aa  68.6  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  29.1 
 
 		 217 aa  68.2  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 277 aa  68.2  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  44.12 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2383  transcriptional regulator PadR-like  50.59 
 
 		 211 aa  67.8  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  38.55 
 
 		 263 aa  66.6  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
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CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  37.97 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010483  TRQ2_0651  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.991167  n/a   
 
 
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NC_009486  Tpet_0626  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  45.07 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007406  Nwi_3009  transcriptional regulator, PadR-like  39.74 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  40.54 
 
 		 271 aa  65.1  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
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NC_007964  Nham_1070  PadR-like family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.408045  n/a   
 
 
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