More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0563 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  534  1e-151  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  57.54 
 
 		 371 aa  268  7e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  51.65 
 
 		 247 aa  182  6e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  46.69 
 
 		 243 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  46.89 
 
 		 238 aa  172  5e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  56.3 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1213  transcriptional regulator, PadR-like family  55.38 
 
 		 202 aa  113  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2382  transcriptional regulator, PadR-like family  51.69 
 
 		 204 aa  106  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000270616 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2649  PadR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00573866  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 176 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0364  transcriptional regulator, PadR-like family  38.24 
 
 		 186 aa  88.2  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  50.6 
 
 		 150 aa  85.9  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 226 aa  85.9  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  36.59 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  50 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  51.9 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 182 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  35 
 
 		 238 aa  80.5  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  50 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  36.29 
 
 		 195 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  39.05 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  45.12 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  44.87 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  45 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  43.59 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  42.55 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  48 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  53.25 
 
 		 277 aa  75.5  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  43.01 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 154 aa  73.6  0.000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 236 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  72  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  45.78 
 
 		 203 aa  72  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4572  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  46.48 
 
 		 183 aa  72  0.000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  41.89 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4192  hypothetical protein  36.67 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  42.22 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  42.22 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5307  PadR-like family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  42.22 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  42.22 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  37.7 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3926  transcriptional regulator PadR-like  36.67 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.171272 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 254 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  43.59 
 
 		 316 aa  68.9  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 152 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0022  PadR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1530  PadR-like family regulatory protein  52.94 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  43.04 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0027  PadR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  47.06 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1174  PadR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1454  PadR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 207 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0030  PadR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000428656  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0028  PadR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0024  PadR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  34.51 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 148 aa  67  0.0000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  53.33 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1401  PadR-like family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 155 aa  65.9  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_003296  RS03708  hypothetical protein  36.08 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473027  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2866  transcriptional regulator, PadR-like family  47.37 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4355  PadR-like family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371852 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1057  PadR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 181 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  41.77 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0651  PadR-like family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 150 aa  64.7  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.991167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>