284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3585 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 203 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  60.9 
 
 		 204 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 189 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  52.32 
 
 		 150 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 152 aa  144  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  45.75 
 
 		 201 aa  125  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  38.36 
 
 		 207 aa  122  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  38.19 
 
 		 207 aa  119  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 208 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 207 aa  118  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  37.5 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 207 aa  115  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 215 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3571  PadR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.333448 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3475  PadR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 214 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  40.83 
 
 		 197 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3405  transcriptional regulator, PadR family  37.41 
 
 		 214 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3509  PadR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000686547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3401  transcriptional regulator, PadR family  37.41 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  41.92 
 
 		 287 aa  112  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 181 aa  112  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 200 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  42.14 
 
 		 204 aa  111  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 281 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  35.29 
 
 		 238 aa  107  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 194 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 236 aa  104  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  38.51 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  33.77 
 
 		 226 aa  102  4e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2546  PadR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 214 aa  101  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 232 aa  99  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  37.57 
 
 		 191 aa  98.6  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  49.52 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  42.17 
 
 		 209 aa  95.5  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1242  PadR-like family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 218 aa  95.1  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000724616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  36.99 
 
 		 191 aa  93.2  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4572  PadR family transcriptional regulator  44 
 
 		 191 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 182 aa  91.7  8e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 209 aa  91.3  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 236 aa  90.1  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 237 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  47.66 
 
 		 195 aa  89.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1087  PadR-like family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 181 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5307  PadR-like family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 250 aa  87.8  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0022  PadR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 235 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1530  PadR-like family regulatory protein  38.41 
 
 		 234 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0030  PadR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 234 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000428656  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0028  PadR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 234 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1174  PadR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 207 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1454  PadR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 207 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0027  PadR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 207 aa  86.7  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1057  PadR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 181 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4355  PadR-like family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 181 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371852 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0024  PadR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 235 aa  85.5  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2383  transcriptional regulator PadR-like  36.57 
 
 		 211 aa  85.5  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3926  transcriptional regulator PadR-like  44.44 
 
 		 196 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.171272 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1098  PadR-like family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 181 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.216996 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  37.25 
 
 		 180 aa  84.3  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_003296  RS03708  hypothetical protein  51.28 
 
 		 218 aa  81.3  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473027  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4192  hypothetical protein  43.31 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  35.1 
 
 		 217 aa  79.7  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3954  transcriptional regulator, PadR-like family  50 
 
 		 219 aa  78.2  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.564811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4067  transcriptional regulator, PadR-like family  50 
 
 		 219 aa  78.2  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.690798 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  48.98 
 
 		 277 aa  77.8  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  40.51 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2382  transcriptional regulator, PadR-like family  50 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000270616 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  43.88 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  37.6 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  51.25 
 
 		 371 aa  70.9  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0364  transcriptional regulator, PadR-like family  32.54 
 
 		 186 aa  69.7  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3009  transcriptional regulator, PadR-like  37.89 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  47.22 
 
 		 183 aa  68.9  0.00000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  36.08 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1213  transcriptional regulator, PadR-like family  51.19 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1070  PadR-like family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.408045  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  35.11 
 
 		 255 aa  68.2  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  45.33 
 
 		 263 aa  67.8  0.00000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  45.83 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  43.68 
 
 		 195 aa  67.8  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>