239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5903 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 316 aa  598  1e-170  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  58.57 
 
 		 220 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  58.57 
 
 		 220 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  58.57 
 
 		 213 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 189 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  55.15 
 
 		 195 aa  151  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  51.02 
 
 		 250 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  49.68 
 
 		 217 aa  143  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 203 aa  140  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  46.93 
 
 		 180 aa  139  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  53.28 
 
 		 205 aa  139  6e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  45.58 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  54.23 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  47.74 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  43.33 
 
 		 271 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 234 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  45.83 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3245  transcriptional regulator, PadR-like family  45.95 
 
 		 206 aa  110  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  47.65 
 
 		 219 aa  110  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 240 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  45.71 
 
 		 263 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  44.37 
 
 		 230 aa  108  2e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  43.23 
 
 		 251 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  39.6 
 
 		 334 aa  100  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  37.82 
 
 		 195 aa  99.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  40.43 
 
 		 183 aa  94.7  2e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  52.7 
 
 		 250 aa  87  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 189 aa  82.8  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  45.35 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 204 aa  75.9  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  43.33 
 
 		 191 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 176 aa  75.5  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  36.61 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  36.61 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  36.61 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  36.61 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  36.61 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  32.17 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 226 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  46.34 
 
 		 197 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 226 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 207 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 226 aa  72.4  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 152 aa  69.7  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1401  PadR-like family transcriptional regulator  53.25 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  45.21 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 157 aa  69.3  0.00000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  35.29 
 
 		 277 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  34.48 
 
 		 204 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 154 aa  68.9  0.0000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  28.26 
 
 		 131 aa  68.2  0.0000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  36.89 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2546  PadR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  35.71 
 
 		 148 aa  66.6  0.0000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1087  PadR-like family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.7443 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  43.06 
 
 		 150 aa  66.2  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0038  PadR-like family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 141 aa  65.9  0.0000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1057  PadR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 181 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4192  hypothetical protein  35.82 
 
 		 199 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 232 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0411  PadR-like family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 144 aa  65.5  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  46.48 
 
 		 203 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1087  PadR-like family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 181 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1098  PadR-like family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 181 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.216996 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4355  PadR-like family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 181 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371852 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3926  transcriptional regulator PadR-like  35.82 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.171272 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0247  PadR-like family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 157 aa  64.3  0.000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.917894 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1242  PadR-like family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000724616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0953  PadR-like family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 141 aa  62.8  0.000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000151261  hitchhiker  0.000286609 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4572  PadR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5307  PadR-like family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  41.56 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0311  PadR-like family transcriptional regulator  40 
 
 		 159 aa  60.8  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>