240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0619 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  589  1e-167  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  78.61 
 
 
325 aa  230  2e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  55.23 
 
 
203 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  53.38 
 
 
250 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  46.73 
 
 
217 aa  149  5e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  50.94 
 
 
255 aa  142  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  44.69 
 
 
180 aa  138  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  53.96 
 
 
316 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  53.33 
 
 
263 aa  137  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  49.67 
 
 
251 aa  132  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  51.15 
 
 
195 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  53.95 
 
 
277 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  45.21 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  47.43 
 
 
240 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  36.46 
 
 
195 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  45.07 
 
 
240 aa  117  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  46.85 
 
 
213 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  46.85 
 
 
220 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  46.85 
 
 
220 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  41.33 
 
 
250 aa  112  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  44.14 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
234 aa  108  8.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  41.5 
 
 
334 aa  108  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  44.06 
 
 
189 aa  105  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  39.87 
 
 
205 aa  102  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3245  transcriptional regulator, PadR-like family  45.21 
 
 
206 aa  98.6  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  43.17 
 
 
230 aa  94.4  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  42.67 
 
 
219 aa  94  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  41.26 
 
 
183 aa  93.2  5e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
182 aa  85.9  8e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  45.36 
 
 
191 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  45.36 
 
 
191 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
154 aa  80.1  0.00000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
236 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  34.04 
 
 
247 aa  75.9  0.0000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  50.54 
 
 
277 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  44.44 
 
 
201 aa  74.3  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  41.41 
 
 
189 aa  74.3  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
208 aa  73.9  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
236 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  45.68 
 
 
215 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  39.13 
 
 
238 aa  72.8  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  50.59 
 
 
237 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  50.59 
 
 
237 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  50.59 
 
 
237 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  42.86 
 
 
152 aa  72.4  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  41.77 
 
 
196 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  50.59 
 
 
237 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  50.59 
 
 
237 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1087  PadR-like family transcriptional regulator  40.91 
 
 
144 aa  72  0.00000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.7443 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  40.77 
 
 
210 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2546  PadR family transcriptional regulator  49.3 
 
 
214 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  41.77 
 
 
204 aa  71.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  41.94 
 
 
268 aa  70.9  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  35.34 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
204 aa  70.1  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  40.79 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  38.16 
 
 
238 aa  69.7  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  41.25 
 
 
197 aa  69.3  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  34.82 
 
 
371 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  40.54 
 
 
150 aa  68.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0953  PadR-like family transcriptional regulator  45.98 
 
 
141 aa  68.2  0.0000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000151261  hitchhiker  0.000286609 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0364  transcriptional regulator, PadR-like family  33.68 
 
 
186 aa  67.8  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  40.24 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
247 aa  67  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1401  PadR-like family transcriptional regulator  42 
 
 
141 aa  66.6  0.0000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0038  PadR-like family transcriptional regulator  43.68 
 
 
141 aa  65.9  0.0000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  34.18 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  30.84 
 
 
114 aa  66.2  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5307  PadR-like family transcriptional regulator  50.59 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
157 aa  65.9  0.0000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  30.77 
 
 
131 aa  64.7  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0024  PadR family transcriptional regulator  45.24 
 
 
235 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  45.59 
 
 
209 aa  64.3  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0022  PadR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
235 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1530  PadR-like family regulatory protein  44.62 
 
 
234 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  40.79 
 
 
203 aa  64.3  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1174  PadR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
207 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1454  PadR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
207 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0030  PadR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
234 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000428656  n/a   
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0028  PadR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
234 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0027  PadR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
207 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  41.35 
 
 
116 aa  63.9  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  33.62 
 
 
209 aa  63.5  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  38.16 
 
 
195 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal 
 
 
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NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  43.59 
 
 
210 aa  63.2  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal 
 
 
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NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
155 aa  62.4  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.179924 
 
 
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NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 
254 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
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NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  42.17 
 
 
232 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009975  MmarC6_0782  PadR-like family transcriptional regulator  43.66 
 
 
152 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.661391  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  28.49 
 
 
287 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal 
 
 
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CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  31.65 
 
 
148 aa  60.8  0.00000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
281 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0148193 
 
 
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NC_014151  Cfla_1213  transcriptional regulator, PadR-like family  42.67 
 
 
202 aa  60.5  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
115 aa  60.8  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  38.27 
 
 
191 aa  60.8  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
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NC_007406  Nwi_3009  transcriptional regulator, PadR-like  38.46 
 
 
141 aa  60.1  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
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