170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2383 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2383  transcriptional regulator PadR-like  100 
 
 		 211 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  63.47 
 
 		 195 aa  203  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  62.05 
 
 		 194 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  63.03 
 
 		 196 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  53.71 
 
 		 197 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 200 aa  151  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  57.95 
 
 		 210 aa  105  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 152 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  40 
 
 		 204 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  48.48 
 
 		 150 aa  99.8  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  45.61 
 
 		 191 aa  98.2  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 201 aa  96.7  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  44.54 
 
 		 191 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  38.75 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  52.75 
 
 		 215 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 208 aa  93.2  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 237 aa  91.7  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 237 aa  91.7  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 236 aa  91.3  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 237 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 237 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 237 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1127  transcriptional regulator, PadR-like family  51.04 
 
 		 209 aa  91.3  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.378753  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  49.44 
 
 		 203 aa  88.6  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 209 aa  88.2  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 176 aa  87.8  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  34.57 
 
 		 238 aa  87.4  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5307  PadR-like family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 250 aa  86.3  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4273  PadR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 232 aa  84.7  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3009  transcriptional regulator, PadR-like  45.36 
 
 		 141 aa  83.2  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0024  PadR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.589564  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  41.94 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0022  PadR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1530  PadR-like family regulatory protein  48.05 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1174  PadR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1454  PadR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0030  PadR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000428656  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0028  PadR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0027  PadR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1070  PadR-like family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 141 aa  82  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.408045  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4198  PadR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  33.54 
 
 		 287 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03708  hypothetical protein  48.96 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  37.39 
 
 		 180 aa  78.2  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  30.13 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1057  PadR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  30.92 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1087  PadR-like family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4355  PadR-like family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371852 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  30.26 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  30.26 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1098  PadR-like family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.216996 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  30.26 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0364  transcriptional regulator, PadR-like family  36.96 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  42.67 
 
 		 255 aa  71.6  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1242  PadR-like family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 218 aa  71.6  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000724616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4067  transcriptional regulator, PadR-like family  46.88 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.690798 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  45.45 
 
 		 195 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3954  transcriptional regulator, PadR-like family  46.88 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.564811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4572  PadR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 191 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  37.17 
 
 		 195 aa  68.2  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4192  hypothetical protein  42.5 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2546  PadR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3926  transcriptional regulator PadR-like  50 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.171272 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  40.24 
 
 		 191 aa  64.7  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 155 aa  63.9  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3571  PadR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.333448 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3405  transcriptional regulator, PadR family  31.25 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3475  PadR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.108637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3509  PadR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000686547 
 
 
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NC_011149  SeAg_B3401  transcriptional regulator, PadR family  31.25 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  46.91 
 
 		 277 aa  62.4  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  34.62 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  40.62 
 
 		 183 aa  62  0.000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  40.26 
 
 		 148 aa  60.8  0.00000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  36.36 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
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NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
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NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  43.42 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
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NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  37.18 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  36.99 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
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NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  40.26 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
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